[日本語] English
万見
- PDB-3i02: Crystal structure of S54-10 antibody in complex with antigen Kdo(... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3i02
タイトルCrystal structure of S54-10 antibody in complex with antigen Kdo(2.4)Kdo(2.4)Kdo
要素
  • Immunoglobulin heavy chain
  • Immunoglobulin light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / antibody / Fab / IgG / carbohydrate
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Brooks, C.L. / Muller-Loennies, S. / Borisova, S.N. / Brade, L. / Kosma, P. / Hirama, T. / MacKenzie, C.R. / Brade, H. / Evans, S.V.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Antibodies raised against chlamydial lipopolysaccharide antigens reveal convergence in germline gene usage and differential epitope recognition
著者: Brooks, C.L. / Muller-Loennies, S. / Borisova, S.N. / Brade, L. / Kosma, P. / Hirama, T. / Mackenzie, C.R. / Brade, H. / Evans, S.V.
履歴
登録2009年6月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_atom_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_ref_seq.db_align_end
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Immunoglobulin light chain
B: Immunoglobulin heavy chain
C: Immunoglobulin light chain
D: Immunoglobulin heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,6786
ポリマ－97,2414
非ポリマー1,4372
水4,630257
1
A: Immunoglobulin light chain
B: Immunoglobulin heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,3393
ポリマ－48,6202
非ポリマー7191
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3550 Å2
ΔGint-20.9 kcal/mol
Surface area19550 Å2
手法PISA
2
C: Immunoglobulin light chain
D: Immunoglobulin heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,3393
ポリマ－48,6202
非ポリマー7191
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3570 Å2
ΔGint-19.7 kcal/mol
Surface area18830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.980, 53.360, 142.230
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.13, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: 抗体 Immunoglobulin light chain


分子量: 24327.041 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ascites / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: Balb/c
#2: 抗体 Immunoglobulin heavy chain


分子量: 24293.379 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ascites / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: Balb/c
#3: 多糖 3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid-(2-4)-3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic ...3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid-(2-4)-3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid-(2-4)-prop-2-en-1-yl 3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosidonic acid


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 718.610 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,3,2/[Aad1122h-2a_2-6_2*OCC=C][Aad1122h-2a_2-6]/1-2-2/a4-b2_b4-c2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][propyl]{[(1+2)][a-D-Kdop]{[(4+2)][a-D-Kdop]{[(4+2)][a-D-Kdop]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 257 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.39 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG 4000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-002+ / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年12月14日 / 詳細: Osmic Blue
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→19.99 Å / Num. obs: 28890 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 3.69 % / Rmerge(I) obs: 0.097
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obs% possible all
2.6-2.693.810.3253.295.8
2.69-2.83.780.2873.495.9
2.8-2.933.780.234.295.7
2.93-3.083.710.1825.195.9
3.08-3.273.640.1366.696.3
3.27-3.523.580.1028.597.3
3.52-3.883.520.08410.398.9
3.88-4.433.570.07211.399.1
4.43-5.573.730.06214.398.8
5.57-19.993.80.06712.999

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.6 Å19.99 Å
Translation2.6 Å19.99 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREK9.4SSIデータスケーリング
PHASER1.3.2位相決定
PHENIX1.4_4精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
CrystalClearデータ収集
d*TREKデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1Q9T

1q9t
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.6→19.99 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.96 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2683 1461 5.06 %
Rwork0.2114 --
obs0.2144 28866 97.21 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 42.716 Å2 / ksol: 0.372 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 35.257 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.151 Å2-0 Å21.295 Å2
2---3.542 Å2-0 Å2
3----2.609 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→19.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6509 0 98 257 6864
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0046764
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0269196
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.5422428
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061055
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041154
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.69260.31021370.25432670X-RAY DIFFRACTION96
2.6926-2.80020.371470.24882699X-RAY DIFFRACTION96
2.8002-2.92730.29461300.24412662X-RAY DIFFRACTION96
2.9273-3.08110.33431400.2542679X-RAY DIFFRACTION96
3.0811-3.27330.34921440.23572703X-RAY DIFFRACTION96
3.2733-3.52480.2831630.21242711X-RAY DIFFRACTION97
3.5248-3.87720.24331350.18812790X-RAY DIFFRACTION99
3.8772-4.43290.21381530.17422823X-RAY DIFFRACTION99
4.4329-5.56490.2121520.16592796X-RAY DIFFRACTION99
5.5649-19.99020.24251600.21532872X-RAY DIFFRACTION98

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る