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- PDB-3hym: Insights into Anaphase Promoting Complex TPR subdomain assembly f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hym
タイトルInsights into Anaphase Promoting Complex TPR subdomain assembly from a CDC26-APC6 structure
要素
  • Anaphase-promoting complex subunit CDC26
  • Cell division cycle protein 16 homolog
キーワードCELL CYCLE / LIGASE / APC / Anaphase Promoting Complex / Mitosis / Cyclosome / TPR / Ubiquitin / Ubiquitin Ligase / E3 / twinning / Alternative splicing / Cell division / Phosphoprotein / TPR repeat / Ubl conjugation pathway / Coiled coil / Nucleus
機能・相同性
機能・相同性情報


Conversion from APC/C:Cdc20 to APC/C:Cdh1 in late anaphase / Inactivation of APC/C via direct inhibition of the APC/C complex / APC/C:Cdc20 mediated degradation of mitotic proteins / anaphase-promoting complex / Aberrant regulation of mitotic exit in cancer due to RB1 defects / regulation of meiotic cell cycle / anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / Phosphorylation of the APC/C / positive regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / protein K11-linked ubiquitination ...Conversion from APC/C:Cdc20 to APC/C:Cdh1 in late anaphase / Inactivation of APC/C via direct inhibition of the APC/C complex / APC/C:Cdc20 mediated degradation of mitotic proteins / anaphase-promoting complex / Aberrant regulation of mitotic exit in cancer due to RB1 defects / regulation of meiotic cell cycle / anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / Phosphorylation of the APC/C / positive regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / protein K11-linked ubiquitination / Regulation of APC/C activators between G1/S and early anaphase / Transcriptional Regulation by VENTX / regulation of mitotic cell cycle / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / Assembly of the pre-replicative complex / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / mitotic spindle / Separation of Sister Chromatids / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / protein ubiquitination / cell cycle / cell division / centrosome / nucleoplasm / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Anaphase-promoting complex, subunit CDC26 / Anaphase-promoting complex APC subunit CDC26 / Anaphase-promoting complex, cyclosome, subunit 3 / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat domain / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat ...Anaphase-promoting complex, subunit CDC26 / Anaphase-promoting complex APC subunit CDC26 / Anaphase-promoting complex, cyclosome, subunit 3 / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat domain / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Cell division cycle protein 16 homolog / Anaphase-promoting complex subunit CDC26
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Wang, J. / Dye, B.T. / Rajashankar, K.R. / Kurinov, I. / Schulman, B.A.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Insights into anaphase promoting complex TPR subdomain assembly from a CDC26-APC6 structure.
著者: Wang, J. / Dye, B.T. / Rajashankar, K.R. / Kurinov, I. / Schulman, B.A.
履歴
登録2009年6月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年8月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Anaphase-promoting complex subunit CDC26
B: Cell division cycle protein 16 homolog
C: Anaphase-promoting complex subunit CDC26
D: Cell division cycle protein 16 homolog
E: Anaphase-promoting complex subunit CDC26
F: Cell division cycle protein 16 homolog
G: Anaphase-promoting complex subunit CDC26
H: Cell division cycle protein 16 homolog
I: Anaphase-promoting complex subunit CDC26
J: Cell division cycle protein 16 homolog
K: Anaphase-promoting complex subunit CDC26
L: Cell division cycle protein 16 homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)249,11812
ポリマ－249,11812
非ポリマー00
水3,801211
1
A: Anaphase-promoting complex subunit CDC26
B: Cell division cycle protein 16 homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,5202
ポリマ－41,5202
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3400 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area15160 Å2
手法PISA
2
C: Anaphase-promoting complex subunit CDC26
D: Cell division cycle protein 16 homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,5202
ポリマ－41,5202
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3360 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area15120 Å2
手法PISA
3
E: Anaphase-promoting complex subunit CDC26
F: Cell division cycle protein 16 homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,5202
ポリマ－41,5202
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3320 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area15480 Å2
手法PISA
4
G: Anaphase-promoting complex subunit CDC26
H: Cell division cycle protein 16 homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,5202
ポリマ－41,5202
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3370 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area15340 Å2
手法PISA
5
I: Anaphase-promoting complex subunit CDC26
J: Cell division cycle protein 16 homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,5202
ポリマ－41,5202
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3410 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area15250 Å2
手法PISA
6
K: Anaphase-promoting complex subunit CDC26
L: Cell division cycle protein 16 homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,5202
ポリマ－41,5202
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3380 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area15280 Å2
手法PISA
7
A: Anaphase-promoting complex subunit CDC26
B: Cell division cycle protein 16 homolog
E: Anaphase-promoting complex subunit CDC26
F: Cell division cycle protein 16 homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,0394
ポリマ－83,0394
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9100 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area28260 Å2
手法PISA
8
C: Anaphase-promoting complex subunit CDC26
D: Cell division cycle protein 16 homolog
K: Anaphase-promoting complex subunit CDC26
L: Cell division cycle protein 16 homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,0394
ポリマ－83,0394
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8950 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area28190 Å2
手法PISA
9
G: Anaphase-promoting complex subunit CDC26
H: Cell division cycle protein 16 homolog
I: Anaphase-promoting complex subunit CDC26
J: Cell division cycle protein 16 homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,0394
ポリマ－83,0394
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8930 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area28430 Å2
手法PISA
10


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area31960 Å2
ΔGint-184 kcal/mol
Surface area79910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)301.897, 301.897, 80.168
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41
51
61
12
22
32
42
52
62

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain B and (resseq 229:347 or resseq 350:422 or resseq 444:528)
211chain D and (resseq 229:347 or resseq 350:422 or resseq 444:528)
311chain F and (resseq 229:347 or resseq 350:422 or resseq 444:528)
411chain H and (resseq 229:347 or resseq 350:422 or resseq 444:528)
511chain J and (resseq 229:347 or resseq 350:422 or resseq 444:528)
611chain L and (resseq 229:347 or resseq 350:422 or resseq 444:528)
112chain A
212chain C
312chain E
412chain G
512chain I
612chain K

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
Anaphase-promoting complex subunit CDC26 / Cell division cycle protein 26 homolog


分子量: 3713.150 Da / 分子数: 6 / 断片: CDC26N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDC26, C9orf17 / Plasmid details: pRSFDuetHISMBPAPC6TPR-CDC26N / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8NHZ8
#2: タンパク質
Cell division cycle protein 16 homolog / CDC16Hs / Anaphase-promoting complex subunit 6 / APC6 / Cyclosome subunit 6


分子量: 37806.457 Da / 分子数: 6 / 断片: APC6TPR / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDC16, ANAPC6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13042
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 211 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.98 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.4
詳細: 1:1 mix with well buffer: 0.2M MgCl2, 7% isopropanol, 0.1 M Tris-Cl pH 8.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97926 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→49.4 Å / Num. all: 199802 / Num. obs: 197947 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 3.6 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 65.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.127 / Rsym value: 0.127 / Net I/σ(I): 19
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.475 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique all: 19867 / Rsym value: 0.475 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHELXS位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.8→49.4 Å / 交差検証法: random / σ(F): 0.02 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F / 詳細: Twin operator: k, h, -l Twin fraction: 0.44
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2197 9730 4.92 %5%
Rwork0.1879 ---
obs0.1894 197777 98.33 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60.278 Å2 / ksol: 0.328 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→49.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15306 0 0 211 15517
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11B2166X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12D2166X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.461
13F2175X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.626
14H2162X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.597
15J2171X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.613
16L2153X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.609
21A199X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22C199X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.568
23E203X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.538
24G204X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.75
25I203X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.601
26K183X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.557
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8005-2.84880.32094400.28598446X-RAY DIFFRACTION98
2.8488-2.90050.33394560.27429048X-RAY DIFFRACTION98
2.9005-2.95630.32634700.26329197X-RAY DIFFRACTION98
2.9563-3.01670.32194640.25529242X-RAY DIFFRACTION98
3.0167-3.08230.28314850.24749405X-RAY DIFFRACTION98
3.0823-3.15390.29344760.24339282X-RAY DIFFRACTION98
3.1539-3.23280.29174860.23069481X-RAY DIFFRACTION98
3.2328-3.32020.27024820.22169522X-RAY DIFFRACTION98
3.3202-3.41790.2494790.21359476X-RAY DIFFRACTION98
3.4179-3.52820.22014830.19589518X-RAY DIFFRACTION98
3.5282-3.65420.22394910.19499571X-RAY DIFFRACTION98
3.6542-3.80050.21944860.17719595X-RAY DIFFRACTION98
3.8005-3.97340.17624880.16659571X-RAY DIFFRACTION98
3.9734-4.18280.19144820.15519538X-RAY DIFFRACTION98
4.1828-4.44470.17324900.14699608X-RAY DIFFRACTION98
4.4447-4.78760.17614890.14119471X-RAY DIFFRACTION98
4.7876-5.26890.19694920.16129541X-RAY DIFFRACTION98
5.2689-6.03010.22064890.20649585X-RAY DIFFRACTION98
6.0301-7.59290.19594870.18049562X-RAY DIFFRACTION98
7.5929-49.41720.16774960.15249507X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0288-0.0612-0.02250.1036-0.01540.0349-0.09030.06440.11330.09220.15110.0903-0.0715-0.0426-0.04580.08760.2521-0.0139-0.23530.1956-0.1428-87.469-102.3084-23.5773
20.0516-0.0162-0.0531-0.00850.02320.03420.04620.01330.03960.01470.0035-0.0702-0.07340.1092-0.0471-0.06340.14990.32810.13740.0185-0.1383-76.2797-119.7765-1.935
3-0.04310.02830.0086-0.14590.05040.0259-0.18460.00810.06240.0215-0.08380.02960.17670.1346-0.33480.05290.3252-0.1165-0.2720.35830.2133-87.4402-73.2947-6.5783
40.1952-0.01940.22340.0093-0.030.23260.00260.12720.00020.0566-0.0905-0.0318-0.04870.28770.1274-0.1922-0.0908-0.38570.31080.49180.4714-75.4882-56.2151-28.126
50.18580.15720.12230.22390.27230.25450.06930.0973-0.0760.16090.0778-0.07820.08530.01770.2126-0.1134-0.0236-0.12290.2304-0.1443-0.187-43.532-128.5834-7.9323
60.0614-0.01510.02940.03860.0690.46360.04350.1274-0.03960.00560.1013-0.0329-0.12340.19390.3404-0.01540.02190.05370.16-0.1029-0.34-62.8019-125.3845-30.8117
7-0.00980.00360.0325-0.0362-0.03030.0474-0.0739-0.0266-0.09920.0425-0.0204-0.13590.03-0.2071-0.1715-0.3529-0.0931-0.42640.3043-0.27060.211-16.7355-113.2311-22.0816
80.0311-0.01520.00360.0095-0.03040.024-0.12050.0091-0.00260.12510.0193-0.1334-0.2089-0.07680.02190.30180.317-0.56830.0119-0.12870.2962-9.352-95.56261.138
90.08520.05460.01240.40910.08150.25830.15760.1224-0.08220.3650.2866-0.32730.12060.10570.78820.03460.4941-0.40750.0807-0.0281-0.056-17.2208-62.1656-5.6335
100.01890.06180.11090.11260.05650.22560.016-0.05460.1381-0.0350.3384-0.26740.08130.03280.1014-0.2067-0.1793-0.0460.3173-0.45910.6029-8.5327-79.9247-28.3425
110.30690.0476-0.10210.3273-0.01840.1429-0.09530.14580.08630.12930.48930.32630.0132-0.17660.3291-0.22220.3186-0.09310.2340.43830.1641-43.1883-47.3509-21.108
120.0739-0.0465-0.01270.1373-0.07210.10870.18030.13610.18560.03820.0297-0.0132-0.0701-0.13890.24040.11980.39070.08550.070.11610.35-62.9398-50.19511.7209
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain B and resid 229:421)
2X-RAY DIFFRACTION2chain B and resid 422:529)
3X-RAY DIFFRACTION3chain D and resid 229:421)
4X-RAY DIFFRACTION4chain D and resid 422:529)
5X-RAY DIFFRACTION5chain F and resid 229:421)
6X-RAY DIFFRACTION6chain F and resid 422:529)
7X-RAY DIFFRACTION7chain H and resid 229:421)
8X-RAY DIFFRACTION8chain H and resid 422:529)
9X-RAY DIFFRACTION9chain J and resid 229:421)
10X-RAY DIFFRACTION10chain J and resid 422:529)
11X-RAY DIFFRACTION11chain L and resid 229:421)
12X-RAY DIFFRACTION12chain L and resid 422:529)

+
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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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