PDB-5dxl: Structure of Aspergillus fumigatus trehalose-6-phosphate phosphat...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5dxl

タイトル

Structure of Aspergillus fumigatus trehalose-6-phosphate phosphatase crystal form 1

要素

trehalose-6-phosphate phosphatase

キーワード

HYDROLASE / trehalose-6-phosphate / phosphatase

機能・相同性

機能・相同性情報

asexual sporulation resulting in formation of a cellular spore / alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase complex (UDP-forming) / : / alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase (UDP-forming) / hyphal growth / trehalose-phosphatase activity / alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase (UDP-forming) activity / trehalose biosynthetic process / fungal-type cell wall organization / cellular response to nitrogen starvation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Neosartorya fumigata (カビ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.573 Å

データ登録者

Miao, Y. / Brennan, R.G.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: Structures of trehalose-6-phosphate phosphatase from pathogenic fungi reveal the mechanisms of substrate recognition and catalysis.
著者: Miao, Y. / Tenor, J.L. / Toffaletti, D.L. / Washington, E.J. / Liu, J. / Shadrick, W.R. / Schumacher, M.A. / Lee, R.E. / Perfect, J.R. / Brennan, R.G.

履歴

登録	2015年9月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年6月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年6月29日	Group: Database references
改定 1.2	2016年7月13日	Group: Database references
改定 1.3	2017年9月13日	Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.4	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2024年10月23日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5dxl.cif.gz	82.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5dxl.ent.gz	59.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5dxl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dx/5dxl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dx/5dxl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5dx9C 5dxfC 5dxiC 5dxnC 5dxoC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5c1t-2 3hym-1 5w33-d 1gn8-d 3hym-3 4etz-1 6b7a-d 2fnp-d 6chq-d 1h1t-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: trehalose-6-phosphate phosphatase

33.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.383, 65.472, 118.517
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

#1: タンパク質	trehalose-6-phosphate phosphatase / Alpha / alpha-trehalose-phosphate synthase subunit Tps2 分子量: 33098.043 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 674-949 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neosartorya fumigata (カビ) / 株: ATCC MYA-4609 / Af293 / CBS 101355 / FGSC A1100 / 遺伝子: AFUA_3G05650 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q4WWF5, alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase (UDP-forming)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 392 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.35 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1 M sodium citrate, 16% PEG8000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 200 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-BM / 波長: 0.97918 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月21日

放射

モノクロメーター: double crystal Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97918 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.57→50 Å / Num. obs: 49890 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 14.4 % / B_iso Wilson estimate: 16.58 Å² / R_merge(I) obs: 0.108 / R_pim(I) all: 0.029 / R_rim(I) all: 0.112 / Χ²: 1.582 / Net I/av σ(I): 31.58 / Net I/σ(I): 8.8 / Num. measured all: 718057

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.57-1.6	11.7	0.637	2034	0.918	0.192	0.665	0.732	82.6
1.6-1.63	13.2	0.558	2499	0.952	0.159	0.58	0.757	100
1.63-1.66	14.5	0.522	2457	0.962	0.141	0.541	0.789	100
1.66-1.69	14.6	0.432	2484	0.971	0.116	0.447	0.797	100
1.69-1.73	14.6	0.359	2480	0.975	0.097	0.372	0.848	100
1.73-1.77	14.6	0.316	2471	0.984	0.085	0.327	0.897	100
1.77-1.81	14.7	0.261	2504	0.989	0.07	0.27	0.966	100
1.81-1.86	14.7	0.225	2457	0.991	0.06	0.233	1.044	100
1.86-1.92	14.7	0.186	2494	0.993	0.05	0.193	1.18	100
1.92-1.98	14.7	0.157	2499	0.995	0.042	0.163	1.372	100
1.98-2.05	14.7	0.137	2518	0.995	0.037	0.142	1.554	100
2.05-2.13	14.7	0.122	2479	0.996	0.033	0.127	1.863	100
2.13-2.23	14.7	0.116	2513	0.996	0.031	0.12	1.999	100
2.23-2.35	14.7	0.111	2526	0.996	0.03	0.115	2.032	100
2.35-2.49	14.7	0.108	2512	0.996	0.029	0.112	2.099	100
2.49-2.68	14.7	0.108	2530	0.997	0.029	0.111	2.459	100
2.68-2.95	14.6	0.111	2545	0.996	0.03	0.115	2.691	100
2.95-3.38	14.6	0.105	2561	0.996	0.028	0.108	2.418	100
3.38-4.26	14.5	0.082	2586	0.997	0.022	0.085	1.991	100
4.26-50	13.8	0.081	2741	0.997	0.022	0.084	2.604	99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.573→36.03 Å / FOM work R set: 0.845 / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.73 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2296	1987	3.99 %
R_work	0.2003	90835	-
obs	0.2015	49831	99.87 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 69.74 Å² / B_iso mean: 21.32 Å² / B_iso min: 6.43 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.573→36.03 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2240	0	0	392	2632
B_iso mean	-	-	-	29.66	-
残基数	-	-	-	-	280

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2313
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.007	3133
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	332
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	412
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.605	863

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 27

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.573-1.5929	0.3237	135	0.2749	3248	3383	97
1.5929-1.6139	0.2551	143	0.2523	3368	3511	100
1.6139-1.636	0.2683	137	0.2509	3333	3470	100
1.636-1.6594	0.2893	141	0.2353	3353	3494	100
1.6594-1.6841	0.2208	139	0.231	3409	3548	100
1.6841-1.7105	0.2655	139	0.2313	3333	3472	100
1.7105-1.7385	0.2644	142	0.2237	3445	3587	100
1.7385-1.7685	0.262	141	0.2278	3324	3465	100
1.7685-1.8006	0.265	141	0.2176	3372	3513	100
1.8006-1.8353	0.3055	145	0.2198	3360	3505	100
1.8353-1.8727	0.2593	142	0.2219	3397	3539	100
1.8727-1.9135	0.2564	138	0.2122	3336	3474	100
1.9135-1.958	0.2194	136	0.212	3390	3526	100
1.958-2.0069	0.2609	145	0.2086	3346	3491	100
2.0069-2.0612	0.2396	138	0.2086	3386	3524	100
2.0612-2.1218	0.2598	135	0.2063	3361	3496	100
2.1218-2.1903	0.2043	144	0.2007	3367	3511	100
2.1903-2.2686	0.1941	140	0.2028	3407	3547	100
2.2686-2.3594	0.2479	140	0.2034	3351	3491	100
2.3594-2.4667	0.2671	138	0.2031	3354	3492	100
2.4667-2.5968	0.2399	137	0.2088	3380	3517	100
2.5968-2.7594	0.2237	138	0.2092	3380	3518	100
2.7594-2.9724	0.1908	140	0.2052	3365	3505	100
2.9724-3.2713	0.2201	141	0.2052	3370	3511	100
3.2713-3.7442	0.2355	142	0.1807	3365	3507	100
3.7442-4.7157	0.1902	136	0.1618	3376	3512	100
4.7157-36.0399	0.1994	144	0.1771	3359	3503	100

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