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万見
- PDB-3hy8: Crystal Structure of Human Pyridoxine 5'-Phosphate Oxidase R229W ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hy8
タイトルCrystal Structure of Human Pyridoxine 5'-Phosphate Oxidase R229W Mutant
要素Pyridoxine-5'-phosphate oxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / FMN binding protein / oxidase / Disease mutation / Epilepsy / Flavoprotein / FMN / Phosphoprotein / Pyridoxal phosphate / Pyridoxine biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


pyridoxamine metabolic process / pyridoxal 5'-phosphate synthase / Vitamin B6 activation to pyridoxal phosphate / pyridoxamine phosphate oxidase activity / pyridoxal phosphate biosynthetic process / pyridoxine biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / FMN binding / protein homodimerization activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase, conserved site / Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase signature. / Pyridoxine 5'-phosphate oxidase, dimerisation, C-terminal / Pyridoxine 5'-phosphate oxidase C-terminal dimerisation region / Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase / Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase, putative / Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase / Electron Transport, Fmn-binding Protein; Chain A / Pnp Oxidase; Chain A / FMN-binding split barrel ...Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase, conserved site / Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase signature. / Pyridoxine 5'-phosphate oxidase, dimerisation, C-terminal / Pyridoxine 5'-phosphate oxidase C-terminal dimerisation region / Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase / Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase, putative / Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase / Electron Transport, Fmn-binding Protein; Chain A / Pnp Oxidase; Chain A / FMN-binding split barrel / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / PHOSPHATE ION / Pyridoxine-5'-phosphate oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Safo, M.K. / Musayev, F.N. / Di Salvo, M.L. / Saavedra, M.K. / Schirch, V.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Molecular basis of reduced pyridoxine 5'-phosphate oxidase catalytic activity in neonatal epileptic encephalopathy disorder
著者: Musayev, F.N. / Di Salvo, M.L. / Saavedra, M.A. / Contestabile, R. / Ghatge, M.S. / Haynes, A. / Schirch, V. / Safo, M.K.
履歴
登録2009年6月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22021年10月13日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyridoxine-5'-phosphate oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,0466
ポリマ－30,0581
非ポリマー9885
水90150
1
A: Pyridoxine-5'-phosphate oxidase
ヘテロ分子

A: Pyridoxine-5'-phosphate oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,09312
ポリマ－60,1162
非ポリマー1,97710
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z+2/31
Buried area9420 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area19170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.270, 82.270, 58.788
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Pyridoxine-5'-phosphate oxidase / Pyridoxamine-phosphate oxidase


分子量: 30058.041 Da / 分子数: 1 / 変異: R229W / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PNPO / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(lambdaDE3)pLysS / 参照: UniProt: Q9NVS9, pyridoxal 5'-phosphate synthase
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.62 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.7
詳細: mono-ammonium dihydrogen phosphate, Sodium Citrate, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年10月23日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→35.63 Å / Num. obs: 8215 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.66 % / Biso Wilson estimate: 62.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Χ2: 0.92 / Net I/σ(I): 22.5 / Scaling rejects: 7613
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 9.79 % / Rmerge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 6.5 / Num. measured all: 8447 / Num. unique all: 800 / Χ2: 0.98 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREKデータスケーリング
CNS1精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
CrystalClearデータ収集
d*TREKデータ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB Entry 1NRG

1nrg


解像度: 2.5→22.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.7 / Data cutoff high absF: 1931652 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.287 382 4.7 %RANDOM
Rwork0.226 ---
all0.229 8195 --
obs0.229 8195 99.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 45.775 Å2 / ksol: 0.322 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 99.62 Å2 / Biso mean: 61.287 Å2 / Biso min: 26.67 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.31 Å28.31 Å20 Å2
2--0.31 Å20 Å2
3----0.63 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.47 Å0.33 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.48 Å0.36 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→22.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1732 0 62 50 1844
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.96
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it5.451.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it7.382
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it7.32
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it9.292.5
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.61 Å / Rfactor Rfree error: 0.054 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.399 54 5.4 %
Rwork0.324 946 -
all-1000 -
obs-1000 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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