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万見
- PDB-3hx3: Crystal structure of CRALBP mutant R234W -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hx3
タイトルCrystal structure of CRALBP mutant R234W
要素Retinaldehyde-binding protein 1
キーワードTRANSPORT PROTEIN / lipid transfer protein / 11-cis-retinal / bothnia dystrophy / Acetylation / Cytoplasm / Disease mutation / Retinitis pigmentosa / Retinol-binding / Sensory transduction / Transport / Vision
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective visual phototransduction due to RDH5 loss of function / The retinoid cycle in cones (daylight vision) / 11-cis retinal binding / vitamin A metabolic process / retinol binding / phosphatidylinositol bisphosphate binding / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / visual perception / cell body / centrosome ...Defective visual phototransduction due to RDH5 loss of function / The retinoid cycle in cones (daylight vision) / 11-cis retinal binding / vitamin A metabolic process / retinol binding / phosphatidylinositol bisphosphate binding / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / visual perception / cell body / centrosome / nucleoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
N-terminal domain of phosphatidylinositol transfer protein sec14p / Phosphatidylinositol Transfer Protein Sec14p / CRAL-TRIO lipid binding domain / CRAL/TRIO, N-terminal domain / CRAL/TRIO, N-terminal domain / CRAL/TRIO, N-terminal domain / CRAL/TRIO, N-terminal domain superfamily / CRAL/TRIO domain / CRAL-TRIO lipid binding domain profile. / Domain in homologues of a S. cerevisiae phosphatidylinositol transfer protein (Sec14p) ...N-terminal domain of phosphatidylinositol transfer protein sec14p / Phosphatidylinositol Transfer Protein Sec14p / CRAL-TRIO lipid binding domain / CRAL/TRIO, N-terminal domain / CRAL/TRIO, N-terminal domain / CRAL/TRIO, N-terminal domain / CRAL/TRIO, N-terminal domain superfamily / CRAL/TRIO domain / CRAL-TRIO lipid binding domain profile. / Domain in homologues of a S. cerevisiae phosphatidylinositol transfer protein (Sec14p) / CRAL-TRIO lipid binding domain / CRAL-TRIO lipid binding domain superfamily / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RETINAL / Retinaldehyde-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.69 Å
データ登録者Stocker, A. / He, X. / Lobsiger, J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: Bothnia dystrophy is caused by domino-like rearrangements in cellular retinaldehyde-binding protein mutant R234W.
著者: He, X. / Lobsiger, J. / Stocker, A.
履歴
登録2009年6月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年10月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月13日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月9日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Retinaldehyde-binding protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,9782
ポリマ－36,6931
非ポリマー2841
水6,900383
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.930, 57.880, 75.150
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 122.850, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-401-

HOH

21A-679-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Retinaldehyde-binding protein 1 / Cellular retinaldehyde-binding protein


分子量: 36693.340 Da / 分子数: 1 / 変異: R234W / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CRALBP, RLBP1 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P12271
#2: 化合物 ChemComp-RET / RETINAL / 7-cis-レチナ-ル


分子量: 284.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 383 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.81 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: PEG 3000, NaCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2008年9月22日
放射モノクロメーター: Si(111) Channel / プロトコル: SAD / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.69→45.577 Å / Num. all: 69614 / Num. obs: 67824 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 30.96 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 19.8
反射 シェル解像度: 1.69→1.8 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.576 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 11226 / Num. unique obs: 9663 / % possible all: 86.1

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing MADD res high: 1.78 Å / D res low: 19.45 Å / FOM : 0.53 / FOM acentric: 0.547 / FOM centric: 0.169 / 反射: 30506 / Reflection acentric: 29134 / Reflection centric: 1362
Phasing dmFOM : 0.69 / FOM acentric: 0.7 / FOM centric: 0.52 / 反射: 30515 / Reflection acentric: 29153 / Reflection centric: 1362
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
5.1-19.4510.940.950.8513421187155
3.2-5.10.930.950.7340923833259
2.5-3.20.840.850.5951134867246
2.2-2.50.750.760.4451394930209
1.9-2.20.580.590.3291578840317
1.8-1.90.440.440.2856725496176

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
RESOLVE2.13位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
MOSFLMデータ削減
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.69→45.577 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.2 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: The Friedel pairs were used in phasing and in refinement.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.184 6775 9.99 %RANDOM
Rwork0.167 ---
all0.169 67814 --
obs0.169 67814 97.72 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 56.973 Å2 / ksol: 0.354 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 110.75 Å2 / Biso mean: 32.6 Å2 / Biso min: 12.09 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.166 Å20 Å21.778 Å2
2---3.148 Å2-0 Å2
3----5.018 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.2039 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.69→45.577 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2047 0 21 383 2451
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0052115
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1762855
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.165301
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004375
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.824773
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.69-1.7120.3541030.336939104245
1.712-1.7320.2932040.2641821202588
1.732-1.7530.2782360.24621312367100
1.753-1.7750.242210.22720002221100
1.775-1.7980.2522340.2121092343100
1.798-1.8230.2032330.18521172350100
1.823-1.8490.2222240.1820232247100
1.849-1.8770.212400.18421832423100
1.877-1.9060.2142230.18319832206100
1.906-1.9370.2072390.16921182357100
1.937-1.9710.1992250.16720482273100
1.971-2.0070.1952330.17120862319100
2.007-2.0450.1782350.16221052340100
2.045-2.0870.1812290.16220452274100
2.087-2.1320.182350.16120962331100
2.132-2.1820.192300.15620882318100
2.182-2.2370.1792290.16420722301100
2.237-2.2970.1772330.16320832316100
2.297-2.3650.1882300.15520722302100
2.365-2.4410.1772350.16720842319100
2.441-2.5280.1952300.15520742304100
2.528-2.6290.2142320.16921332365100
2.629-2.7490.1832260.17120782304100
2.749-2.8940.1772320.17420792311100
2.894-3.0750.1772270.17220592286100
3.075-3.3130.1652370.1621002337100
3.313-3.6460.162330.1520892322100
3.646-4.1730.1542290.14320642293100
4.173-5.2560.1592300.13921012331100
5.256-45.5770.1632280.1742059228799
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.60190.48180.4186-0.3050.16754.4604-0.16310.00660.4085-0.1645-0.05560.2029-0.974-0.27370.23020.32030.1716-0.08410.1459-0.03390.2933-14.247531.98989.0131
2-0.0307-1.4097-1.16312.81010.91481.95590.00180.2903-0.48570.1249-0.12290.706-0.1689-0.34670.13840.09150.0990.01650.1851-0.06190.2869-17.087923.549113.8514
3-0.3663-0.30890.40310.8804-0.03971.357-0.0161-0.0367-0.00650.0154-0.0360.2672-0.0855-0.24630.01340.03140.01160.03210.10690.00630.1078-9.733916.36712.8236
40.98040.43960.58811.70950.05031.35670.0864-0.0443-0.17160.40.02950.0470.1934-0.0592-0.10940.1075-0.0150.01340.04070.01780.077-3.32164.740620.545
50.3725-0.04760.54571.0938-0.3040.61190.01640.12490.02110.1296-0.0285-0.089-0.02470.14340.01090.04020.01210.00280.08230.00460.07213.3587.3915.0643
60.64590.0970.64611.3420.37090.20420.01730.05750.00630.41040.0021-0.1442-0.01740.12510.00550.1218-0.0136-0.04690.05130.01310.08799.1968.06124.3765
70.03030.33851.0908-0.80370.3452-0.41330.3929-0.4911-0.0240.2935-0.02250.1425-0.2543-0.2914-0.35490.2483-0.01290.12660.24750.13560.1667-11.2113.228229.1944
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 57:85)A57 - 85
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 86:98)A86 - 98
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 99:143)A99 - 143
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 144:185)A144 - 185
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 186:255)A186 - 255
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 256:295)A256 - 295
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 296:306)A296 - 306

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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