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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3hwe | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Siderocalin (NGAL, Lipocalin 2) complexed with Fe-BisHaCam | ||||||
![]() | Neutrophil gelatinase-associated lipocalin | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / Lipocalin / siderophore / beta-barrel / Disulfide bond / Glycoprotein / Pyrrolidone carboxylic acid / Secreted | ||||||
機能・相同性 | ![]() siderophore transport / Metal sequestration by antimicrobial proteins / iron ion sequestering activity / enterobactin binding / Iron uptake and transport / specific granule lumen / positive regulation of cold-induced thermogenesis / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / defense response to bacterium / iron ion binding ...siderophore transport / Metal sequestration by antimicrobial proteins / iron ion sequestering activity / enterobactin binding / Iron uptake and transport / specific granule lumen / positive regulation of cold-induced thermogenesis / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / defense response to bacterium / iron ion binding / innate immune response / apoptotic process / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Clifton, M.C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Parsing the functional specificity of Siderocalin / Lipocalin 2 / NGAL for siderophores and related small-molecule ligands 著者: Clifton, M.C. / Rupert, P.B. / Hoette, T.M. / Raymond, K.N. / Abergel, R.J. / Strong, R.K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 122.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 94.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.4 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 24.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 31.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 3分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 22597.963 Da / 分子数: 3 / 変異: C87S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 6種, 100分子 ![](data/chem/img/FE.gif)
![](data/chem/img/RKS.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/RKS.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-RKS / #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-NA / #6: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.03 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 1.3M Ammonium sulfate, 0.2M Lithium sulfate, 50mM sodium chloride, 0.1M sodium acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD |
放射 | モノクロメーター: Single crystal, cylindrically bent, Si(220) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 19821 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 12.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.24 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique all: 1909 / % possible all: 96 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: Used previously-determined structure 開始モデル: PDB ENTRY 1L6M 解像度: 2.8→48.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.906 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.861 / SU B: 13.984 / SU ML: 0.279 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 2.204 / ESU R Free: 0.412 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.198 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→48.17 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.805→2.877 Å / Total num. of bins used: 20
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