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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3hvt | |||||||||
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タイトル | STRUCTURAL BASIS OF ASYMMETRY IN THE HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS TYPE 1 REVERSE TRANSCRIPTASE HETERODIMER | |||||||||
要素 |
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キーワード | NUCLEOTIDYLTRANSFERASE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency ...HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / symbiont-mediated suppression of host gene expression / RNA-directed DNA polymerase activity / host cell / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | |||||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Steitz, T.A. / Smerdon, S.J. / Jaeger, J. / Wang, J. / Kohlstaedt, L.A. / Chirino, A.J. / Friedman, J.M. / Rice, P.A. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 1994 タイトル: Structure of the binding site for nonnucleoside inhibitors of the reverse transcriptase of human immunodeficiency virus type 1. 著者: Smerdon, S.J. / Jager, J. / Wang, J. / Kohlstaedt, L.A. / Chirino, A.J. / Friedman, J.M. / Rice, P.A. / Steitz, T.A. #1: ジャーナル: To be Published タイトル: Comparison of Three Different Crystal Forms Shows HIV-1 Reverse Transcriptase Displays an Internal Swivel Motion 著者: Jaeger, J. / Smerdon, S.J. / Wang, J. / Boisvert, D.C. / Steitz, T.A. #2: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1994 タイトル: Structure of the Binding Site for Nonnucleoside Inhibitors of the Reverse Transcriptase of Human Immunodeficiency Virus Type 1 著者: Smerdon, S.J. / Jaeger, J. / Wang, J. / Kohlstaedt, L.A. / Chirino, A.J. / Friedman, J. / Rice, P.A. / Steitz, T.A. #3: ジャーナル: Cold Spring Harbor Symp.Quant.Biol. / 年: 1993 タイトル: Two DNA Polymerases: HIV Reverse Transcriptase and Klenow Fragment of E. Coli DNA Polymerase I. (In: DNA & Chromosomes: Abstracts of Papers Presented at the LVIII Cold Spring Harbor ...タイトル: Two DNA Polymerases: HIV Reverse Transcriptase and Klenow Fragment of E. Coli DNA Polymerase I. (In: DNA & Chromosomes: Abstracts of Papers Presented at the LVIII Cold Spring Harbor Symposium on Quantitative Biology) 著者: Steitz, T.A. / Smerdon, S.J. / Jaeger, J. / Wang, J. / Kohlstaedt, L.A. / Friedman, J. / Beese, L. / Rice, P.A. #4: ジャーナル: Science / 年: 1992 タイトル: Crystal Structure at 3.5 Angstroms Resolution of HIV-1 Reverse Transcriptase Complexed with an Inhibitor 著者: Kohlstaedt, L.A. / Wang, J. / Friedman, J.M. / Rice, P.A. / Steitz, T.A. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3hvt.cif.gz | 196.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3hvt.ent.gz | 152.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3hvt.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hv/3hvt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hv/3hvt | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: CIS PROLINE - PRO B 4 / 2: CIS PROLINE - PRO B 294 / 3: CIS PROLINE - PRO B 420 |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 64004.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 属: Lentivirus / 参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase |
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#2: タンパク質 | 分子量: 50055.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 属: Lentivirus / 参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase |
#3: 化合物 | ChemComp-NVP / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.5 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: Kohlstaedt, L.A., (1992) Science, 256, 1783. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.9 Å / Num. obs: 33169 / % possible obs: 0.96 % / Rmerge(I) obs: 0.09 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.9→8 Å / σ(F): 2 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.266 / Rfactor Rwork: 0.266 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 2.5 |