PDB-3hut: Crystal structure of a putative branched-chain amino acid ABC tra...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3hut

タイトル

Crystal structure of a putative branched-chain amino acid ABC transporter from Rhodospirillum rubrum

要素

putative branched-chain amino acid ABC transporter

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Extracellular ligand-binding receptor / Receptor or Singnal protein / 11236m / PSI-2 / NEW YORK SGX RESEARCH CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / NYSGXRC / Protein Structure Initiative / Receptor

機能・相同性

: / Leucine-binding protein domain / Periplasmic binding protein / Response regulator / Periplasmic binding protein-like I / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Extracellular ligand-binding receptor

機能・相同性情報

生物種

Rhodospirillum rubrum ATCC 11170 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.93 Å

データ登録者

Satyanarayana, L. / Burley, S.K. / Swaminathan, S. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a putative branched-chain amino acid ABC transporter from Rhodospirillum rubrum
著者: Satyanarayana, L. / Burley, S.K. / Swaminathan, S.

履歴

登録	2009年6月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年6月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2021年2月10日	Group: Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: audit_author / citation_author / struct_conn Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3hut.cif.gz	82.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3hut.ent.gz	64.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3hut.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3hut_validation.pdf.gz	425.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3hut_full_validation.pdf.gz	430.1 KB	表示
XML形式データ	3hut_validation.xml.gz	17.8 KB	表示
CIF形式データ	3hut_validation.cif.gz	27.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hu/3hut ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hu/3hut	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4etj-1 6dwu-7 2vrn-d 3pa2-3 3awg-3 6dwu-22 4yof-d 6dwu-32 4fna-1 1zj6-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: NYSGXRC-11236m

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: putative branched-chain amino acid ABC transporter

38.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.341, 92.706, 44.432
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 115.10, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	putative branched-chain amino acid ABC transporter / Extracellular ligand-binding receptor 分子量: 38694.480 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 40-386 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: TOP10(Invitrogen) 由来: (組換発現) Rhodospirillum rubrum ATCC 11170 (バクテリア) 株: ATCC 11170 or NCIB 8255 / 遺伝子: Rru_A2873 / プラスミド: BC-pSGX3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q2RQC5
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 338 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

putative branched-chain amino acid ABC transporter / Extracellular ligand-binding receptor

分子量: 38694.480 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 40-386 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: TOP10(Invitrogen)
由来: (組換発現)

Rhodospirillum rubrum ATCC 11170 (バクテリア)
株: ATCC 11170 or NCIB 8255 / 遺伝子: Rru_A2873 / プラスミド: BC-pSGX3 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q2RQC5

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 338 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.12 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 200mM Magnesium Acetate tetrahydrate + 100mM Sodium Cacodylate pH 6.5 + 20% PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月8日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.93→50 Å / Num. all: 23896 / Num. obs: 23896 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.3 % / B_iso Wilson estimate: 8.2 Å² / R_sym value: 0.083 / Net I/σ(I): 7.4
反射シェル	解像度: 1.93→2 Å / 冗長度: 6.3 % / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / Num. unique all: 2347 / R_sym value: 0.354 / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CBASS		データ収集
SHELXCD		位相決定
SHARP		位相決定
CNS	1.1	精密化
DENZO		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.93→40.24 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.228	899	-	RANDOM
R_work	0.183	-	-	-
all	0.198	23149	-	-
obs	0.183	23149	96.7 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.4 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.8 Å²	0 Å²	-1.65 Å²
2-	-	-1.77 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.57 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.26 Å	0.2 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.19 Å	0.13 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.93→40.24 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2606	0	0	338	2944

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.006
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.3
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_degree	22.4
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_deg	0.8

LS精密化シェル

解像度: 1.93→2.05 Å / R_factor R_free error: 0.024

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.289	146	-
R_work	0.22	-	-
obs	-	3471	91 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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