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- PDB-3hu5: CRYSTAL STRUCTURE OF isochorismatase family protein from Desulfov... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hu5
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF isochorismatase family protein from Desulfovibrio vulgaris subsp. vulgaris str. Hildenborough
要素Isochorismatase family protein
キーワードHYDROLASE / STRUCTURAL GENOMICS / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / NEW YORK STRUCTURAL GENOMIX RESEARCH CONSORTIUM / NYSGXRC / isochorismatase hydrolase. Desulfovibrio vulgaris / PSI-2 / New York SGX Research Center for Structural Genomics
機能・相同性Isochorismatase-like / Isochorismatase-like / Isochorismatase-like superfamily / Isochorismatase family / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Isochorismatase family protein
機能・相同性情報
生物種Desulfovibrio vulgaris (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Malashkevich, V.N. / Toro, R. / Morano, C. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: CRYSTAL STRUCTURE OF isochorismatase family protein from Desulfovibrio vulgaris subsp. vulgaris str. Hildenborough
著者: Malashkevich, V.N. / Toro, R. / Morano, C. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C.
履歴
登録2009年6月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description ...Advisory / Refinement description / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22012年10月24日Group: Structure summary
改定 1.32017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42018年11月21日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.52021年2月10日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author / struct_conn
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.62024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isochorismatase family protein
B: Isochorismatase family protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,0862
ポリマ－44,0862
非ポリマー00
水7,638424
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Isochorismatase family protein

A: Isochorismatase family protein

B: Isochorismatase family protein

B: Isochorismatase family protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,1724
ポリマ－88,1724
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
crystal symmetry operation5_545x+1/2,y-1/2,z1
crystal symmetry operation7_545-x+1/2,y-1/2,-z+1/21
Buried area8280 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area27020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.663, 116.790, 105.661
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
詳細biological unit is the same as asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質 Isochorismatase family protein


分子量: 22043.014 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Desulfovibrio vulgaris (バクテリア)
株: Hildenborough / 遺伝子: DVU_0033 / プラスミド: BC-PSGX3(BC) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)CODON+RIL / 参照: UniProt: Q72G28
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 424 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.78 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M Tris-HCl, 25% PEG 3350, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 3 % / Av σ(I) over netI: 23.32 / 数: 356345 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Χ2: 2.42 / D res high: 1.5 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 119171 / % possible obs: 97.3
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.075098.110.0596.5973.1
3.234.0799.510.0616.3112.9
2.823.2399.710.0725.3973
2.562.8299.710.0834.4993.1
2.382.5699.810.0833.493.1
2.242.3899.910.0893.0413.1
2.132.2410010.0982.4333.1
2.042.1399.910.1082.1033.1
1.962.0410010.1271.7133.1
1.891.9610010.1511.4283.1
1.831.8910010.1841.2833.1
1.781.8310010.231.1563.1
1.731.7810010.2561.1243.1
1.691.7310010.3131.0183.1
1.651.6999.910.3660.9783
1.621.6598.210.4010.942.9
1.581.629510.4340.9412.8
1.551.5891.110.4560.9432.8
1.531.5585.710.480.8932.7
1.51.5380.210.5690.8832.6
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 119171 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Χ2: 2.423 / Net I/σ(I): 23.318
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.5-1.532.60.56948960.883180.2
1.53-1.552.70.4852620.893185.7
1.55-1.582.80.45655750.943191.1
1.58-1.622.80.43457690.941195
1.62-1.652.90.40160470.94198.2
1.65-1.6930.36660990.978199.9
1.69-1.733.10.31361171.0181100
1.73-1.783.10.25661111.1241100
1.78-1.833.10.2361221.1561100
1.83-1.893.10.18461131.2831100
1.89-1.963.10.15161711.4281100
1.96-2.043.10.12760781.7131100
2.04-2.133.10.10861552.103199.9
2.13-2.243.10.09861082.4331100
2.24-2.383.10.08961333.041199.9
2.38-2.563.10.08361073.49199.8
2.56-2.823.10.08360754.499199.7
2.82-3.2330.07261035.397199.7
3.23-4.072.90.06160896.311199.5
4.07-503.10.05960416.597198.1

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELX位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
CBASSデータ収集
HKL-2000データ削減
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.5→30.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / WRfactor Rfree: 0.225 / WRfactor Rwork: 0.186 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.843 / SU B: 3.825 / SU ML: 0.062 / SU R Cruickshank DPI: 0.077 / SU Rfree: 0.082 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.077 / ESU R Free: 0.082 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.225 3024 5.1 %RANDOM
Rwork0.187 ---
obs0.189 59514 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 68.08 Å2 / Biso mean: 19.482 Å2 / Biso min: 5.42 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å20 Å20 Å2
2---0.02 Å20 Å2
3----0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→30.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2772 0 0 424 3196
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0280.0222810
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3371.9723820
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9735378
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.56123.148108
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.3615446
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.971526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1390.2462
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.0212104
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4061.51876
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.19823000
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.6393934
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.1714.5820
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.345 198 -
Rwork0.294 3332 -
all-3530 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3822-0.0267-0.18110.60040.01760.23670.0141-0.0136-0.00110.1374-0.01180.0401-0.00460.0467-0.00240.0329-0.00340.00850.0468-0.00240.003929.020249.164339.5729
20.3616-0.4673-0.14970.78580.26180.1793-0.1537-0.0422-0.07750.1660.05780.01950.04470.03640.09590.08550.02790.05050.02610.0370.14179.031678.093236.0801
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A6 - 195
2X-RAY DIFFRACTION1A205 - 502
3X-RAY DIFFRACTION2B6 - 195
4X-RAY DIFFRACTION2B205 - 499

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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