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- PDB-3ht1: 1.2A structure of the polyketide cyclase RemF from Streptomyces r... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ht1
タイトル1.2A structure of the polyketide cyclase RemF from Streptomyces resistomycificus
要素RemF protein
キーワードLYASE / cupin fold / ZN-binding / antibiotic biosynthesis / resistomycin / metalloprotein / cyclase
機能・相同性
機能・相同性情報


kinase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Cupin 2, conserved barrel / Cupin domain / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / Cupin 2 conserved barrel domain protein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces resistomycificus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Silvennoinen, L. / Sandalova, T. / Schneider, G.
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2009
タイトル: The polyketide cyclase RemF from Streptomyces resistomycificus contains an unusual octahedral zinc binding site
著者: Silvennoinen, L. / Sandalova, T. / Schneider, G.
履歴
登録2009年6月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RemF protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,4422
ポリマ－16,3831
非ポリマー591
水3,747208
1
A: RemF protein
ヘテロ分子

A: RemF protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,8844
ポリマ－32,7672
非ポリマー1172
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_545x,-y-1,-z1
Buried area3840 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area12980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.471, 47.907, 96.946
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number17
Space group name H-MP2221

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要素

#1: タンパク質 RemF protein / polyketide cyclase RemF


分子量: 16383.433 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces resistomycificus (バクテリア)
遺伝子: remF / プラスミド: pRARE2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold (DE3) / 参照: UniProt: Q70DX5
#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 208 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.65 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1M tri-sodium citrate, 0.1M sodium cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンESRF ID14-410.975
シンクロトロンESRF BM1620.9787
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 315r1CCD2008年2月9日
ADSC QUANTUM 210r2CCD2007年12月14日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9751
20.97871
反射解像度: 1.15→47.9 Å / Num. all: 53620 / Num. obs: 53620 / % possible obs: 92.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 20.6
反射 シェル解像度: 1.15→1.21 Å / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / Num. unique all: 5150 / Rsym value: 0.137 / % possible all: 68

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解析

ソフトウェア
名称分類
ProDCデータ収集
SOLVE位相決定
SHELXL-97精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.2→40 Å / Num. parameters: 12611 / Num. restraintsaints: 15950 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: The structure was refined also with REFMAC 5.2.0019
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17 2554 5 %RANDOM
Rwork0.1291 ---
all0.1295 49453 --
obs0.1291 49453 97 %-
Refine analyzeNum. disordered residues: 35 / Occupancy sum hydrogen: 1083 / Occupancy sum non hydrogen: 1345
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1181 0 1 209 1391
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.036
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0299
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.089
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.081
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.055
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.005
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.054
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.105

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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