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- PDB-3hsw: Crystal Structure of Porcine Pancreatic Phospholipase A2 in Compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hsw
タイトルCrystal Structure of Porcine Pancreatic Phospholipase A2 in Complex with 2-methoxycyclohexa-2-5-diene-1,4-dione
要素Phospholipase A2, major isoenzyme
キーワードHYDROLASE / Curcumin binding / PLA2 / Pancreatic Enzyme / Disulfide bond / Lipid degradation / Lipoprotein / Metal-binding / Palmitate / Pyrrolidone carboxylic acid / Secreted
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of podocyte apoptotic process / regulation of glucose import / phosphatidylglycerol metabolic process / phosphatidylcholine metabolic process / phospholipase A2 activity / leukotriene biosynthetic process / neutrophil mediated immunity / calcium-dependent phospholipase A2 activity / phospholipase A2 / bile acid binding ...positive regulation of podocyte apoptotic process / regulation of glucose import / phosphatidylglycerol metabolic process / phosphatidylcholine metabolic process / phospholipase A2 activity / leukotriene biosynthetic process / neutrophil mediated immunity / calcium-dependent phospholipase A2 activity / phospholipase A2 / bile acid binding / positive regulation of calcium ion transport into cytosol / phospholipid metabolic process / lipid catabolic process / neutrophil chemotaxis / positive regulation of interleukin-8 production / positive regulation of MAP kinase activity / phospholipid binding / fatty acid biosynthetic process / cellular response to insulin stimulus / positive regulation of immune response / positive regulation of fibroblast proliferation / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / intracellular signal transduction / signaling receptor binding / calcium ion binding / positive regulation of cell population proliferation / cell surface / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain ...Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
2-methoxycyclohexa-2,5-diene-1,4-dione / Phospholipase A2, major isoenzyme
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Dileep, K.V. / Tintu, I. / Karthe, P. / Mandal, P.K. / Haridas, M. / Sadasivan, C.
引用ジャーナル: Frontiers in life sci. / 年: 2012
タイトル: Crystal structure of porcine pancreatic phospholipase A2 in complex with 2-methoxycyclohexa-2-5-diene-1,4-dione
著者: Dileep, K.V. / Tintu, I. / Mandal, P.K. / Karthe, P. / Haridas, M. / Sadasivan, C.
履歴
登録2009年6月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22012年8月29日Group: Database references
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phospholipase A2, major isoenzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2284
ポリマ－14,0101
非ポリマー2183
水57632
1
A: Phospholipase A2, major isoenzyme
ヘテロ分子

A: Phospholipase A2, major isoenzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,4568
ポリマ－28,0192
非ポリマー4376
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_554x-y,-y,-z-1/31
Buried area1560 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area12870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.360, 68.360, 70.120
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-502-

CA

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要素

#1: タンパク質 Phospholipase A2, major isoenzyme / Phosphatidylcholine 2-acylhydrolase / Group IB phospholipase A2


分子量: 14009.714 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Pancreas / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P00592, phospholipase A2
#2: 化合物 ChemComp-MCW / 2-methoxycyclohexa-2,5-diene-1,4-dione / 2-メトキシ-1,4-ベンゾキノン


分子量: 138.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O3
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.57 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 15% MPD, 0.05M Tris Maleate, 5mM Calcium Chloride, pH7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.542 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年3月22日 / 詳細: Mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.542 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→45.24 Å / Num. all: 6789 / Num. obs: 6759 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(F): 2.5 / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / Rmerge(I) obs: 0.073 / Num. unique all: 955 / Rsym value: 0.065 / % possible all: 70.79

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
AutoMRモデル構築
REFMAC5.5.0072精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AutoMR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1P2P

1p2p


解像度: 2.5→13.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 17.329 / SU ML: 0.174 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.5 / σ(I): 2 / ESU R: 0.333 / ESU R Free: 0.241 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22883 349 5.2 %RANDOM
Rwork0.17965 ---
all0.2303 6811 --
obs0.18214 6356 98.44 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.783 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→13.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数971 0 12 32 1015
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0211010
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0791.9511369
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1375123
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.2952550
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.79215163
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg28.049154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1350.2138
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021788
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.841.5619
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.6442993
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5453391
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2244.5376
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.563 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.417 27 -
Rwork0.282 438 -
obs--97.08 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -35.291 Å / Origin y: 14.13 Å / Origin z: -2.717 Å
111213212223313233
T0.1635 Å2-0.0893 Å2-0.0062 Å2-0.2206 Å2-0.0362 Å2--0.1219 Å2
L1.4708 °21.205 °20.6102 °2-9.9967 °22.5009 °2--2.6842 °2
S0.2397 Å °-0.167 Å °0.2022 Å °0.3095 Å °-0.6234 Å °0.3245 Å °-0.175 Å °-0.2479 Å °0.3837 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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