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万見
- PDB-3hsb: Crystal structure of YmaH (Hfq) from Bacillus subtilis in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hsb
タイトルCrystal structure of YmaH (Hfq) from Bacillus subtilis in complex with an RNA aptamer
要素
  • Protein hfq
  • RNA (5'-R(*AP*GP*AP*GP*AP*GP*A)-3')
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / Sm-like motif / Protein-RNA complex / RNA-binding / Stress response / RNA BINDING PROTEIN-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of translation, ncRNA-mediated / regulation of RNA stability / regulation of DNA-templated transcription / RNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
RNA-binding protein Hfq / Hfq protein / SH3 type barrels. - #100 / : / Sm domain profile. / LSM domain superfamily / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA-binding protein Hfq
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Baba, S. / Someya, T. / Kumasaka, T. / Kawai, G. / Nakamura, K.
引用
ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2012
タイトル: Crystal structure of Hfq from Bacillus subtilis in complex with SELEX-derived RNA aptamer: insight into RNA-binding properties of bacterial Hfq
著者: Someya, T. / Baba, S. / Fujimoto, M. / Kawai, G. / Kumasaka, T. / Nakamura, K.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: Expression, crystallization and preliminary crystallographic analysis of YmaH (Hfq) from Bacillus subtilis in complex with an RNA aptamer.
著者: Baba, S. / Someya, T. / Kumasaka, T. / Kawai, G. / Nakamura, K.
履歴
登録2009年6月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年10月3日Group: Database references
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein hfq
B: Protein hfq
C: Protein hfq
D: Protein hfq
E: Protein hfq
F: Protein hfq
X: RNA (5'-R(*AP*GP*AP*GP*AP*GP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,9137
ポリマ－55,9137
非ポリマー00
水2,486138
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9150 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area19070 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)123.700, 123.700, 119.131
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422

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要素

#1: タンパク質
Protein hfq


分子量: 8934.214 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: 168 / 遺伝子: ymaH / プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O31796
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*AP*GP*AP*GP*AP*GP*A)-3')


分子量: 2307.483 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Sequence of an RNA aptamer for Protein Hfq.
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.64 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.015 M Cobalt (II) chloride hexahydrate, 0.1 M MES monohydrate, 1.8 M Ammonium sulfate, 119 uM RNA, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月5日 / 詳細: Toroidal Mirror
放射モノクロメーター: Fixed exit Si 111 double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→25 Å / Num. all: 23732 / Num. obs: 23732 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 14.8 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rsym value: 0.042 / Net I/σ(I): 38.02
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 14.9 % / Rmerge(I) obs: 0.325 / Mean I/σ(I) obs: 7.07 / Num. unique all: 2309 / Rsym value: 0.291 / % possible all: 9.72

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BSSデータ収集
MOLREP位相決定
CNS1.2精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1KQ2

1kq2


解像度: 2.2→25 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.228 2310 -RANDOM
Rwork0.214 ---
obs0.214 23224 97.9 %-
all-23732 --
溶媒の処理Bsol: 52.753 Å2
原子変位パラメータBiso max: 68.55 Å2 / Biso mean: 33.353 Å2 / Biso min: 7.15 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.086 Å20 Å20 Å2
2---1.086 Å20 Å2
3---2.172 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3327 154 0 138 3619
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5761.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.1222
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.5232
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.232.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2ion.param
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION4GOL.param
X-RAY DIFFRACTION5dna-rna_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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