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- PDB-3hpt: Crystal structure of human FxA in complex with (S)-2-cyano-1-(2-m... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hpt
タイトルCrystal structure of human FxA in complex with (S)-2-cyano-1-(2-methylbenzofuran-5-yl)-3-(2-oxo-1-(2-oxo-2-(pyrrolidin-1-yl)ethyl)azepan-3-yl)guanidine
要素(Coagulation factor ...) x 2
キーワードHYDROLASE / BLOOD CLOTTING / SERINE PROTEASE / EPIDERMAL GROWTH FACTOR LIKE DOMAIN / BLOOD COAGULATION FACTOR / CLEAVAGE ON PAIR OF BASIC RESIDUES / EGF-LIKE DOMAIN / GAMMA-CARBOXYGLUTAMIC ACID / GLYCOPROTEIN / HYDROXYLATION / ZYMOGEN / Blood coagulation / Disulfide bond / Protease / Secreted
機能・相同性
機能・相同性情報


coagulation factor Xa / Defective factor IX causes thrombophilia / Defective cofactor function of FVIIIa variant / Defective F9 variant does not activate FX / Extrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / positive regulation of leukocyte chemotaxis / positive regulation of TOR signaling / Gamma-carboxylation of protein precursors / Transport of gamma-carboxylated protein precursors from the endoplasmic reticulum to the Golgi apparatus / Common Pathway of Fibrin Clot Formation ...coagulation factor Xa / Defective factor IX causes thrombophilia / Defective cofactor function of FVIIIa variant / Defective F9 variant does not activate FX / Extrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / positive regulation of leukocyte chemotaxis / positive regulation of TOR signaling / Gamma-carboxylation of protein precursors / Transport of gamma-carboxylated protein precursors from the endoplasmic reticulum to the Golgi apparatus / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / Removal of aminoterminal propeptides from gamma-carboxylated proteins / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / phospholipid binding / Golgi lumen / blood coagulation / positive regulation of cell migration / endoplasmic reticulum lumen / external side of plasma membrane / serine-type endopeptidase activity / calcium ion binding / proteolysis / extracellular space / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Peptidase S1A, coagulation factor VII/IX/X/C/Z / Coagulation factor-like, Gla domain superfamily / Laminin / Coagulation Factor Xa inhibitory site / Laminin / EGF-like domain / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. ...Peptidase S1A, coagulation factor VII/IX/X/C/Z / Coagulation factor-like, Gla domain superfamily / Laminin / Coagulation Factor Xa inhibitory site / Laminin / EGF-like domain / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Vitamin K-dependent carboxylation/gamma-carboxyglutamic (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain superfamily / Vitamin K-dependent carboxylation domain. / Gla domain profile. / Domain containing Gla (gamma-carboxyglutamate) residues. / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain / Ribbon / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Chem-YET / Coagulation factor X
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.19 Å
データ登録者Klei, H.E. / Ghosh, K. / Rushith, A. / Kish, K.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2009
タイトル: Cyanoguanidine-based lactam derivatives as a novel class of orally bioavailable factor Xa inhibitors.
著者: Shi, Y. / Zhang, J. / Shi, M. / O'Connor, S.P. / Bisaha, S.N. / Li, C. / Sitkoff, D. / Pudzianowski, A.T. / Chong, S. / Klei, H.E. / Kish, K. / Yanchunas, J. / Liu, E.C. / Hartl, K.S. / ...著者: Shi, Y. / Zhang, J. / Shi, M. / O'Connor, S.P. / Bisaha, S.N. / Li, C. / Sitkoff, D. / Pudzianowski, A.T. / Chong, S. / Klei, H.E. / Kish, K. / Yanchunas, J. / Liu, E.C. / Hartl, K.S. / Seiler, S.M. / Steinbacher, T.E. / Schumacher, W.A. / Atwal, K.S. / Stein, P.D.
履歴
登録2009年6月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Coagulation factor X
B: Coagulation factor X
C: Coagulation factor X
D: Coagulation factor X
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,64927
ポリマ－74,1704
非ポリマー2,47923
水9,980554
1
A: Coagulation factor X
B: Coagulation factor X
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,37014
ポリマ－37,0852
非ポリマー1,28512
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1740 Å2
ΔGint-8.1 kcal/mol
Surface area15780 Å2
手法PISA
2
C: Coagulation factor X
D: Coagulation factor X
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,27813
ポリマ－37,0852
非ポリマー1,19311
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1590 Å2
ΔGint-10.4 kcal/mol
Surface area15840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.980, 78.660, 73.670
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.49, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細THE BIOLOGICAL UNIT CONSISTS OF ONE LIGHT CHAIN (EGF-LIKE DOMAIN) AND ONE HEAVY CHAIN (CATALYTIC DOMAIN). THE ASYMMETRIC UNIT CONTAINS TWO BIOLOGICAL UNITS (CHAINS A,B AND CHAINS C,D). CHAINS A AND C ARE EGF-LIKE DOMAINS. CHAINS B AND D ARE CATALYTIC DOMAINS.

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要素

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Coagulation factor ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Coagulation factor X / Stuart factor / Stuart-Prower factor / Factor X light chain


分子量: 10213.346 Da / 分子数: 2 / 断片: Factor X light chain: UNP residues 85-178 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 組織: Blood / 参照: UniProt: P00742, coagulation factor Xa
#2: タンパク質 Coagulation factor X / Stuart factor / Stuart-Prower factor / Activated factor Xa heavy chain


分子量: 26871.623 Da / 分子数: 2
断片: Activated factor Xa heavy chain: UNP residues 235-472
由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 組織: Blood / 参照: UniProt: P00742, coagulation factor Xa

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非ポリマー , 8種, 577分子

#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-YET / 1-cyano-2-(2-methyl-1-benzofuran-5-yl)-3-[(3S)-2-oxo-1-(2-oxo-2-pyrrolidin-1-ylethyl)azepan-3-yl]guanidine


分子量: 436.507 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H28N6O3
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#8: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#9: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 554 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.97 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 15-22% w/v PEG MME 5000, 0.01 M Calcium acetate, 0.35 M Sodium acetate, 0.1 M Lithium sulfate, 0.1 M MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年1月7日 / 詳細: Osmic mirrors
放射モノクロメーター: Yale/MSC / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.19→50 Å / Num. obs: 35677 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル解像度: 2.19→2.28 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.438 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.19→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 5.665 / SU ML: 0.147 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.28 / ESU R Free: 0.218 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23868 1781 5 %RANDOM
Rwork0.17567 ---
obs0.17886 33872 99.38 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.605 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.78 Å20 Å2-0.59 Å2
2---0.05 Å20 Å2
3----0.98 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.19→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4915 0 162 554 5631
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0225236
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3261.9757070
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8315647
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.07824.267232
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.07915842
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.2781530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2750
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023974
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2050.22444
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.30.23533
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1490.2561
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1210.210
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1830.271
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1570.238
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6621.53223
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.23625131
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.54132093
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5444.51931
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.19→2.24 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.28 102 -
Rwork0.21 2393 -
obs--94.08 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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