PDB-3hpe: Crystal structure of yceI (HP1286) from Helicobacter pylori

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3hpe

タイトル

Crystal structure of yceI (HP1286) from Helicobacter pylori

要素

Conserved hypothetical secreted protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / HP1286 / HELICOBACTER PYLORI / ERUCAMIDE / fatty-acid binding

機能・相同性

機能・相同性情報

Lipid/polyisoprenoid-binding, YceI-like / Lipid/polyisoprenoid-binding, YceI-like / Lipid/polyisoprenoid-binding, YceI-like superfamily / YceI-like domain / YceI-like domain / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Helicobacter pylori (ピロリ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Sisinni, L. / Cendron, L. / Zanotti, G.

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2010
タイトル: Helicobacter pylori acidic stress response factor HP1286 is a YceI homolog with new binding specificity.
著者: Sisinni, L. / Cendron, L. / Favaro, G. / Zanotti, G.

履歴

登録	2009年6月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年4月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3hpe.cif.gz	81.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3hpe.ent.gz	61.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3hpe.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3hpe_validation.pdf.gz	755.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3hpe_full_validation.pdf.gz	764.9 KB	表示
XML形式データ	3hpe_validation.xml.gz	16.4 KB	表示
CIF形式データ	3hpe_validation.cif.gz	21.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hp/3hpe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hp/3hpe	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1wubS 1y0g S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2ehb-d 4kwy-d 6ryi-2 4a61-d 1hsk-d 6cey-3 5g23-2 4iua-4 2zfd-d 3pst-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Conserved hypothetical secreted protein

B: Conserved hypothetical secreted protein

ヘテロ分子

38 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	30.936, 61.312, 88.316
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 92.88, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

#1: タンパク質	Conserved hypothetical secreted protein 分子量: 18662.395 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 18-181 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: CCUG17874 / 遺伝子: HP1286 / プラスミド: pET151-HP1286 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q1CRX8
#2: 化合物	ChemComp-ERU / (13Z)-docos-13-enamide / Erucamide / erucylamide / エルカミド分子量: 337.583 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₄₃NO
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.12 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5 詳細: 0.1M Tris-HCl, 2M Ammonium sulfate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→50.3 Å / Num. all: 19367 / Num. obs: 19367 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.1 % / B_iso Wilson estimate: 33.5 Å² / R_merge(I) obs: 0.124 / Net I/σ(I): 10.5
反射シェル	解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 6 % / R_merge(I) obs: 0.424 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / Num. unique all: 2823 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345	CCD	データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0072	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1WUB

1wub

解像度: 2.1→50.3 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.935 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.894 / SU B: 14.711 / SU ML: 0.183 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.293 / ESU R Free: 0.233 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27425	1519	7.8 %	RANDOM
R_work	0.21242	-	-	-
all	0.21708	19367	-	-
obs	0.21708	19367	99.89 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 7.54 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.35 Å²	0 Å²	2.06 Å²
2-	-	-1.27 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.88 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→50.3 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2632	0	48	79	2759

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.022	2732
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.921	1.969	3650
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.658	5	326
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.696	25.323	124
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.491	15	518
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	25.502	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.129	0.2	388
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	2012
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.665	1.5	1630
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.217	2	2636
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.368	3	1102
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.801	4.5	1014
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
656	medium positional	0.16	0.5
660	loose positional	0.28	5
656	medium thermal	2.59	2
660	loose thermal	2.97	10

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.278	103	-
R_work	0.23	1284	-
obs	-	2258	99.78 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7872	-1.875	-0.8022	6.2495	1.1195	3.2039	0.1097	-0.0733	0.0562	-0.318	0.0763	0.0675	-0.2412	0.2372	-0.186	0.065	-0.0357	0.017	0.242	-0.0073	0.2277	7.3473	-4.5739	28.0847
2	2.9181	2.0026	-0.757	8.7141	1.7208	2.8706	-0.2187	-0.061	-0.1921	-0.0619	0.2277	0.011	0.3281	0.1863	-0.009	0.051	0.0199	0.0199	0.1961	0.0135	0.1735	5.4396	-14.3629	31.2895
3	6.1315	2.7867	0.3834	3.3617	0.1976	6.0988	0.0391	-0.4196	0.1726	0.3433	0.0982	-0.3795	-0.6144	0.6867	-0.1373	0.118	-0.0157	-0.0488	0.2432	-0.0957	0.1415	13.0759	0.8987	40.0973
4	3.8353	2.4669	2.4013	5.1959	4.9297	7.8158	-0.1908	-0.191	0.1679	-0.1314	-0.0754	0.4639	0.075	-0.5079	0.2661	0.0382	0.0099	0.0025	0.2589	0.0479	0.2486	-3.9134	-10.9888	37.7639
5	5.6033	-0.663	-5.172	5.1746	3.0261	13.0122	-0.2794	0.2997	-0.267	-0.9425	-0.0647	0.0159	0.2518	0.1421	0.3441	0.3291	0.0168	-0.0917	0.0473	0.0054	0.1742	6.683	-21.4414	18.2083
6	8.297	-14.7991	-13.736	27.3421	25.5522	27.2687	0.1839	0.1533	-0.224	-0.3376	-0.3787	0.5959	-0.3982	-0.5067	0.1948	0.0405	-0.0534	-0.0264	0.2089	0.02	0.2762	1.2782	-9.9071	27.3825
7	3.0311	-2.2524	-4.414	8.7964	2.0542	6.6445	0.2472	0.1158	0.185	0.0725	0.1246	0.1517	-0.4773	-0.2082	-0.3717	0.1166	0.0142	0.0876	0.0735	-0.0124	0.1221	1.4382	7.6073	39.7471
8	7.9532	-13.3115	-6.1336	25.5776	11.7546	7.4246	0.1355	0.0988	0.0014	-0.3256	-0.0736	0.0856	-0.0898	0.1846	-0.0619	0.0494	-0.0489	-0.0557	0.2245	0.0137	0.2218	6.4126	-12.3991	25.9728
9	0.8665	-0.5671	-0.6659	9.9672	2.4944	3.3454	0.3457	-0.1493	0.2264	0.3518	-0.2052	-0.3134	-0.4847	0.0385	-0.1405	0.2493	-0.1101	0.1229	0.1403	-0.0735	0.1734	13.0454	12.9503	20.1489
10	3.6803	4.7453	0.503	11.1231	1.0733	1.5256	0.1522	-0.307	0.14	0.1952	-0.1824	0.3115	0.18	0.0665	0.0302	0.102	-0.064	0.0318	0.2156	-0.0133	0.1566	11.9975	-5.4449	17.0399
11	4.3971	-3.7836	0.3999	9.8088	-2.315	3.4882	0.2558	0.0022	0.6497	-0.2948	0.0899	-0.4642	-0.8773	0.0785	-0.3456	0.4961	-0.1594	0.1934	0.1025	-0.056	0.184	13.3983	16.7659	13.3727
12	5.8014	-0.7047	0.803	7.7452	-3.288	13.5889	0.1455	-0.2706	0.0622	-0.3347	-0.1301	-0.4494	0.0839	0.7299	-0.0154	0.0406	-0.0583	0.0056	0.3169	-0.036	0.2342	24.2809	-5.4533	14.0769
13	4.4574	-4.6024	-1.3904	8.0462	-1.3741	2.9398	0.4711	0.2865	0.0636	-0.5554	-0.1988	0.0999	-0.2855	-0.1462	-0.2723	0.4309	-0.1461	0.107	0.1684	-0.0077	0.1881	12.5792	10.7696	4.4305
14	1.4953	0.4436	-0.9952	5.3958	7.9914	13.707	0.2305	0.0282	0.1943	0.131	-0.0176	0.0083	-0.057	-0.0571	-0.213	0.4293	-0.0483	0.0902	0.083	-0.0024	0.2363	5.113	18.8549	22.0811
15	4.2539	-4.7544	-2.5472	15.666	5.1632	3.0559	0.1588	0.0793	0.0346	-0.4545	-0.1289	-0.1617	-0.0368	0.0358	-0.0299	0.1117	-0.0332	-0.0229	0.1382	-0.0127	0.0942	13.7139	-4.4728	5.3557
16	0.9278	-1.4034	-0.3205	27.7866	10.8288	4.6797	0.1346	-0.0467	0.1241	-0.0821	-0.3622	0.3226	-0.2072	-0.1788	0.2276	0.1457	-0.0189	0.0022	0.1061	0.0149	0.0922	10.0225	4.412	15.4775

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	18 - 39
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	40 - 69
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	70 - 101
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	102 - 125
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	126 - 141
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	142 - 152
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	153 - 171
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	172 - 181
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	18 - 32
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	33 - 48
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	49 - 73
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	74 - 95
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	96 - 122
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	123 - 146
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	147 - 164
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	165 - 181

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)