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万見
- PDB-3hp6: Crystal structure of fragment DNA polymerase I from Bacillus stea... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hp6
タイトルCrystal structure of fragment DNA polymerase I from Bacillus stearothermophilus F710Y mutant bound to G:T mismatch
要素
  • 5'-D(*AP*CP*GP*CP*CP*GP*TP*GP*AP*TP*CP*G)-3'
  • 5'-D(*CP*GP*AP*TP*CP*AP*CP*GP*(DDG))-3'
  • DNA polymerase I, large fragment
キーワードTRANSFERASE/DNA / protein-DNA complex / DNA polymerase I / DNA replication / DNA-binding / DNA-directed DNA polymerase / Hydrolase / Nuclease / Nucleotidyltransferase / Transferase / TRANSFERASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


5'-3' exonuclease activity / 3'-5' exonuclease activity / DNA-templated DNA replication / double-strand break repair / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase I, ribonuclease H-like domain / DNA polymerase I-like, H3TH domain / 5'-3' exonuclease, C-terminal SAM fold / 5'-3' exonuclease, alpha-helical arch, N-terminal / 5'-3' exonuclease, N-terminal resolvase-like domain / 5'-3' exonuclease / 5'-3' exonuclease / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 / DNA polymerase 1 ...DNA polymerase I, ribonuclease H-like domain / DNA polymerase I-like, H3TH domain / 5'-3' exonuclease, C-terminal SAM fold / 5'-3' exonuclease, alpha-helical arch, N-terminal / 5'-3' exonuclease, N-terminal resolvase-like domain / 5'-3' exonuclease / 5'-3' exonuclease / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 / DNA polymerase 1 / Alpha-Beta Plaits - #370 / 3'-5' exonuclease / 3'-5' exonuclease domain / Helix-hairpin-helix motif, class 2 / Helix-hairpin-helix class 2 (Pol1 family) motifs / 5'-3' exonuclease, C-terminal domain superfamily / DNA polymerase A / DNA polymerase family A / DNA-directed DNA polymerase, family A, conserved site / DNA polymerase family A signature. / DNA-directed DNA polymerase, family A, palm domain / DNA polymerase A domain / PIN-like domain superfamily / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / DNA polymerase; domain 1 / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Alpha-Beta Plaits / DNA/RNA polymerase superfamily / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
sucrose / 2',3'-DIDEOXY-THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase I
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.81 Å
データ登録者Wu, E.Y. / Beese, L.S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: The structure of a high fidelity DNA polymerase bound to a mismatched nucleotide reveals an "ajar" intermediate conformation in the nucleotide selection mechanism.
著者: Wu, E.Y. / Beese, L.S.
履歴
登録2009年6月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_asym.entity_id / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12021年10月13日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.22023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase I, large fragment
D: DNA polymerase I, large fragment
B: 5'-D(*CP*GP*AP*TP*CP*AP*CP*GP*(DDG))-3'
C: 5'-D(*AP*CP*GP*CP*CP*GP*TP*GP*AP*TP*CP*G)-3'
E: 5'-D(*CP*GP*AP*TP*CP*AP*CP*GP*(DDG))-3'
F: 5'-D(*AP*CP*GP*CP*CP*GP*TP*GP*AP*TP*CP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,17215
ポリマ－145,2186
非ポリマー1,9549
水15,655869
1
A: DNA polymerase I, large fragment
B: 5'-D(*CP*GP*AP*TP*CP*AP*CP*GP*(DDG))-3'
C: 5'-D(*AP*CP*GP*CP*CP*GP*TP*GP*AP*TP*CP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,5387
ポリマ－72,6093
非ポリマー9294
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4400 Å2
ΔGint-19.8 kcal/mol
Surface area27870 Å2
手法PISA
2
D: DNA polymerase I, large fragment
E: 5'-D(*CP*GP*AP*TP*CP*AP*CP*GP*(DDG))-3'
F: 5'-D(*AP*CP*GP*CP*CP*GP*TP*GP*AP*TP*CP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,6348
ポリマ－72,6093
非ポリマー1,0255
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4290 Å2
ΔGint-18.8 kcal/mol
Surface area27740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.170, 108.710, 152.210
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological unit is a complex of enzyme and DNA. There are two biological units in the asymmetric unit (chains A,B,C and chains D,E,F).

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要素

-
DNA鎖 , 2種, 4分子 BECF

#2: DNA鎖 5'-D(*CP*GP*AP*TP*CP*AP*CP*GP*(DDG))-3'


分子量: 2724.812 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic oligonucleotide DNA template strand
#3: DNA鎖 5'-D(*AP*CP*GP*CP*CP*GP*TP*GP*AP*TP*CP*G)-3'


分子量: 3663.392 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic oligonucleotide DNA primer strand

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AD

#1: タンパク質 DNA polymerase I, large fragment


分子量: 66220.961 Da / 分子数: 2 / 断片: Residues 297-876 / 変異: D598A, F710Y / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Isolate from Idaho hot spring
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
遺伝子: DPO1 / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5KWC1*PLUS, DNA-directed DNA polymerase
#4: 多糖 beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose / sucrose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: sucrose
記述子タイププログラム
DFrufb2-1DGlcpaGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[ha122h-2b_2-5][a2122h-1a_1-5]/1-2/a2-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf]{[(2+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 4種, 876分子

#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物 ChemComp-D3T / 2',3'-DIDEOXY-THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / ddTTP


タイプ: DNA OH 3 prime terminus / 分子量: 466.169 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N2O13P3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 869 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.66 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8
詳細: 50% Saturated ammonium sulfate, 0.1M MES, 2.5% v/v MPD, 10mM Magnesium sulfate, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1ammonium sulfate11
2MES11
3MPD11
4Magnesium sulfate11
5ammonium sulfate12
6MES12
7MPD12
8Magnesium sulfate12

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月4日
放射モノクロメーター: Si(111) crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.81→42.84 Å / Num. all: 140976 / Num. obs: 139378 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 33.25 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058
反射 シェル解像度: 1.81→1.86 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.592 / Mean I/σ(I) obs: 2.61 / % possible all: 98.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
SERGUIserguiデータ収集
XDSデータ削減
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2HVI

2hvi


解像度: 1.81→42.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 2.809 / SU ML: 0.089 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.138 / ESU R Free: 0.132 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24723 6014 4.3 %RANDOM
Rwork0.21134 ---
obs0.21295 139376 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.473 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.131 Å0.137 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.81→42.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9312 848 119 869 11148
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.02210620
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4552.08914559
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.51751180
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.43424.134462
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.124151768
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.7541578
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.21634
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0217652
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7691.55832
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.42529419
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.21934788
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6014.55130
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.81→1.857 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.323 505 -
Rwork0.285 9598 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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