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- PDB-3hp0: Crystal structure of a Putative polyketide biosynthesis enoyl-CoA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hp0
タイトルCrystal structure of a Putative polyketide biosynthesis enoyl-CoA hydratase (pksH) from Bacillus subtilis
要素Putative polyketide biosynthesis enoyl-CoA hydratase homolog pksH
キーワードLYASE / polyketide synthase / enoyl CoA hydratase / isomerase / Antibiotic biosynthesis / 11251f / PSI2 / NYSGXRC / Structural Genomics / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; デヒドラターゼ類 / antibiotic biosynthetic process / lyase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Enoyl-CoA hydratase/isomerase, conserved site / Enoyl-CoA hydratase/isomerase signature. / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable polyketide biosynthesis enoyl-CoA hydratase PksH
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.32 Å
データ登録者Satyanarayana, L. / Eswaramoorthy, S. / Burley, S.K. / Swaminathan, S. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a Putative polyketide biosynthesis enoyl-CoA hydratase (pksH) from Bacillus subtilis
著者: Satyanarayana, L. / Eswaramoorthy, S. / Burley, S.K. / Swaminathan, S.
履歴
登録2009年6月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年2月10日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author / struct_conn
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative polyketide biosynthesis enoyl-CoA hydratase homolog pksH
B: Putative polyketide biosynthesis enoyl-CoA hydratase homolog pksH
C: Putative polyketide biosynthesis enoyl-CoA hydratase homolog pksH
D: Putative polyketide biosynthesis enoyl-CoA hydratase homolog pksH
E: Putative polyketide biosynthesis enoyl-CoA hydratase homolog pksH
F: Putative polyketide biosynthesis enoyl-CoA hydratase homolog pksH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)184,8306
ポリマ－184,8306
非ポリマー00
水3,765209
1
A: Putative polyketide biosynthesis enoyl-CoA hydratase homolog pksH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,8051
ポリマ－30,8051
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Putative polyketide biosynthesis enoyl-CoA hydratase homolog pksH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,8051
ポリマ－30,8051
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Putative polyketide biosynthesis enoyl-CoA hydratase homolog pksH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,8051
ポリマ－30,8051
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Putative polyketide biosynthesis enoyl-CoA hydratase homolog pksH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,8051
ポリマ－30,8051
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Putative polyketide biosynthesis enoyl-CoA hydratase homolog pksH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,8051
ポリマ－30,8051
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Putative polyketide biosynthesis enoyl-CoA hydratase homolog pksH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,8051
ポリマ－30,8051
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
C: Putative polyketide biosynthesis enoyl-CoA hydratase homolog pksH

A: Putative polyketide biosynthesis enoyl-CoA hydratase homolog pksH
E: Putative polyketide biosynthesis enoyl-CoA hydratase homolog pksH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,4153
ポリマ－92,4153
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation1_445x-1,y-1,z1
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7150 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area30160 Å2
手法PISA
8
B: Putative polyketide biosynthesis enoyl-CoA hydratase homolog pksH

D: Putative polyketide biosynthesis enoyl-CoA hydratase homolog pksH
F: Putative polyketide biosynthesis enoyl-CoA hydratase homolog pksH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,4153
ポリマ－92,4153
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation1_665x+1,y+1,z1
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6980 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area30110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.908, 80.908, 218.592
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

-
要素

#1: タンパク質
Putative polyketide biosynthesis enoyl-CoA hydratase homolog pksH


分子量: 30804.918 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: TOP10(Invitrogen) / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: BSU17160, pksH / プラスミド: pSGX3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-Codon+RIL / 参照: UniProt: P40805, enoyl-CoA hydratase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 209 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.96 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 20% PEG 3350 200mM Ammonium(tri-) Citrate (pH 7), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月23日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.32→50 Å / Num. all: 67711 / Num. obs: 67711 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9 % / Biso Wilson estimate: 24.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rsym value: 0.11 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 2.32→2.4 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 6.5 / Num. unique all: 6229 / Rsym value: 0.065 / % possible all: 90.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
SHELXCD位相決定
SHARP位相決定
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.32→43.09 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: phi-psi violation is due to disorder and high B factor.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27 5004 -RANDOM
Rwork0.232 ---
all0.259 66562 --
obs0.232 66562 96.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 42.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.07 Å21.2 Å20 Å2
2---3.07 Å20 Å2
3---6.13 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.4 Å0.32 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.38 Å0.35 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.32→43.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11649 0 0 209 11858
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_degree22.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_degree0.81
LS精密化 シェル解像度: 2.32→2.47 Å / Rfactor Rfree error: 0.014
Rfactor反射数%反射
Rfree0.362 680 -
Rwork0.325 --
obs-16445 74.1 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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