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- PDB-3hm2: Crystal Structure of Putative Precorrin-6Y C5,15-Methyltransferas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hm2
タイトルCrystal Structure of Putative Precorrin-6Y C5,15-Methyltransferase Targeted Domain from Corynebacterium diphtheriae
要素precorrin-6Y C5,15-methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / alpha-beta-sandwich / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Methyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


protein methyltransferase activity / cobalamin biosynthetic process / methylation / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CobL/Precorrin-6Y C(5,15)-methyltransferase / Precorrin-6Y methyltransferase / Cobalamin biosynthesis, precorrin-6Y methyltransferase, CbiT subunit / : / Tetrapyrrole methylase / Tetrapyrrole (Corrin/Porphyrin) Methylases / Tetrapyrrole methylase, subdomain 1 / Tetrapyrrole methylase superfamily / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily ...Cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CobL/Precorrin-6Y C(5,15)-methyltransferase / Precorrin-6Y methyltransferase / Cobalamin biosynthesis, precorrin-6Y methyltransferase, CbiT subunit / : / Tetrapyrrole methylase / Tetrapyrrole (Corrin/Porphyrin) Methylases / Tetrapyrrole methylase, subdomain 1 / Tetrapyrrole methylase superfamily / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / Precorrin-6Y C5,15-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Corynebacterium diphtheriae (ジフテリア菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.205 Å
データ登録者Kim, Y. / Bigelow, L. / Keigher, L. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Putative Precorrin-6Y C5,15-Methyltransferase Targeted Domain from Corynebacterium diphtheriae
著者: Kim, Y. / Bigelow, L. / Keigher, L. / Joachimiak, A.
履歴
登録2009年5月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: precorrin-6Y C5,15-methyltransferase
B: precorrin-6Y C5,15-methyltransferase
C: precorrin-6Y C5,15-methyltransferase
D: precorrin-6Y C5,15-methyltransferase
E: precorrin-6Y C5,15-methyltransferase
F: precorrin-6Y C5,15-methyltransferase
G: precorrin-6Y C5,15-methyltransferase
H: precorrin-6Y C5,15-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)153,83315
ポリマ－153,5248
非ポリマー3097
水5,693316
1
A: precorrin-6Y C5,15-methyltransferase
B: precorrin-6Y C5,15-methyltransferase
C: precorrin-6Y C5,15-methyltransferase
D: precorrin-6Y C5,15-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,9468
ポリマ－76,7624
非ポリマー1844
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7050 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area30970 Å2
手法PISA
2
E: precorrin-6Y C5,15-methyltransferase
F: precorrin-6Y C5,15-methyltransferase
G: precorrin-6Y C5,15-methyltransferase
H: precorrin-6Y C5,15-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,8867
ポリマ－76,7624
非ポリマー1243
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6850 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area30710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.782, 113.853, 84.650
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.12, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
precorrin-6Y C5,15-methyltransferase


分子量: 19190.488 Da / 分子数: 8 / 断片: residues 236-410 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium diphtheriae (ジフテリア菌)
株: NCTC13129 / 遺伝子: DIP1236 / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 magic / 参照: UniProt: Q6NHA4
#2: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 316 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.62 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M Calcium acetate hydrate 20 %w/v Polyethylene glycol 3,350, pH ----, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月7日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→47.24 Å / Num. all: 72372 / Num. obs: 72372 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 38 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.114 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.65 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 3635 / % possible all: 97.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ収集
HKL-3000位相決定
SHELXD位相決定
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
RESOLVEモデル構築
Cootモデル構築
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
直接法位相決定
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.205→47.238 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F / 詳細: twin_law=h,-k,-l
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26 3638 5.5 %random
Rwork0.21 ---
all0.213 66106 --
obs0.213 66106 88.93 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 48.84 Å2 / ksol: 0.316 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.303 Å20 Å2-6.0597 Å2
2--2.2797 Å20 Å2
3----0.6522 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.205→47.238 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10368 0 4 328 10700
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_deg1.356
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.04
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / % reflection obs: 98 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs
2.2047-2.24270.33411260.289826102736
2.2427-2.28350.34481380.292799
2.2835-2.32740.3651450.27992830
2.3274-2.37490.35831450.27112921
2.3749-2.42660.30581780.26062956
2.4266-2.4830.32081540.26312972
2.483-2.54510.331460.25672970
2.5451-2.61390.26791780.26123040
2.6139-2.69080.30251550.24943092
2.6908-2.77760.2961620.24063130
2.7776-2.87690.27941920.23793167
2.8769-2.99210.2831730.22993204
2.9921-3.12820.28591780.21613233
3.1282-3.29310.2311700.20163312
3.2931-3.49940.2751810.19423336
3.4994-3.76950.21611950.17573337
3.7695-4.14860.2282180.16943411
4.1486-4.74840.18791700.15093472
4.7484-5.98060.23731690.19213466
5.9806-47.24910.26581690.21643506

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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