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万見
- PDB-3hm1: Crystal structure of human Estrogen Receptor Alpha Ligand-Binding... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hm1
タイトルCrystal structure of human Estrogen Receptor Alpha Ligand-Binding Domain in complex with a Glucocorticoid Receptor Interacting Protein 1 Nr Box II Peptide and estrone ((8R,9S,13S,14S)-3-hydroxy-13-methyl-7,8,9,11,12,14,15,16-octahydro-6H-cyclopenta[a]phenanthren-17-one)
要素
  • Estrogen receptor
  • Nuclear receptor coactivator 2
キーワードTRANSCRIPTION / estrogen receptor / LBD / GRIP peptide / estrone / Alternative splicing / DNA-binding / Glycoprotein / Lipid-binding / Metal-binding / Nucleus / Phosphoprotein / Polymorphism / Receptor / Steroid-binding / Transcription regulation / Zinc / Zinc-finger / Activator / HORMONE / NUCLEAR RECEPTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


HATs acetylate histones / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / Recycling of bile acids and salts / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / Cytoprotection by HMOX1 ...HATs acetylate histones / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / Recycling of bile acids and salts / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / Cytoprotection by HMOX1 / positive regulation of nuclear receptor-mediated glucocorticoid signaling pathway / nuclear glucocorticoid receptor binding / nuclear retinoic acid receptor binding / positive regulation of female receptivity / nuclear thyroid hormone receptor binding / regulation of epithelial cell apoptotic process / steroid hormone receptor signaling pathway / RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / antral ovarian follicle growth / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / nuclear estrogen receptor activity / regulation of toll-like receptor signaling pathway / epithelial cell proliferation involved in mammary gland duct elongation / prostate epithelial cord elongation / prostate epithelial cord arborization involved in prostate glandular acinus morphogenesis / epithelial cell development / locomotor rhythm / mammary gland branching involved in pregnancy / uterus development / aryl hydrocarbon receptor binding / vagina development / TFIIB-class transcription factor binding / androgen metabolic process / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / regulation of glucose metabolic process / regulation of lipid metabolic process / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / mammary gland alveolus development / cellular response to estrogen stimulus / : / estrogen response element binding / : / Mitochondrial unfolded protein response (UPRmt) / Nuclear signaling by ERBB4 / nuclear retinoid X receptor binding / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / transcription regulator inhibitor activity / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / cellular response to hormone stimulus / estrogen receptor signaling pathway / steroid binding / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / protein localization to chromatin / DNA polymerase binding / response to progesterone / 14-3-3 protein binding / ESR-mediated signaling / negative regulation of miRNA transcription / TBP-class protein binding / cerebellum development / nitric-oxide synthase regulator activity / nuclear estrogen receptor binding / nuclear receptor binding / transcription corepressor binding / stem cell differentiation / transcription coregulator binding / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / SUMOylation of intracellular receptors / negative regulation of smoothened signaling pathway / cellular response to estradiol stimulus / circadian regulation of gene expression / euchromatin / circadian rhythm / Nuclear Receptor transcription pathway / beta-catenin binding / response to estrogen / male gonad development / nuclear receptor activity / transcription coactivator binding / positive regulation of fibroblast proliferation / RNA polymerase II transcription regulator complex / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / Regulation of RUNX2 expression and activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / Ovarian tumor domain proteases / response to estradiol / PIP3 activates AKT signaling / ATPase binding / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / regulation of gene expression / regulation of inflammatory response / fibroblast proliferation / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription regulator complex / Estrogen-dependent gene expression
類似検索 - 分子機能
Nuclear receptor coactivator 2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal domain / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal / Estrogen receptor / : / Oestrogen receptor / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 ...Nuclear receptor coactivator 2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal domain / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal / Estrogen receptor / : / Oestrogen receptor / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / : / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / Nuclear receptor coactivators bHLH domain / PAS domain / : / Nuclear receptor coactivator, interlocking / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / PAS domain superfamily / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-J3Z / Estrogen receptor / Nuclear receptor coactivator 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.33 Å
データ登録者Rajan, S.S. / Kim, Y. / Vanek, K. / Liwanag, M. / Joachimiak, A. / Greene, G.L.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of human Estrogen Receptor Alpha Ligand-Binding Domain in complex with a Glucocorticoid Receptor Interacting Protein 1 Nr Box II Peptide and estrone ((8R,9S,13S,14S)-3- ...タイトル: Crystal structure of human Estrogen Receptor Alpha Ligand-Binding Domain in complex with a Glucocorticoid Receptor Interacting Protein 1 Nr Box II Peptide and estrone ((8R,9S,13S,14S)-3-hydroxy-13-methyl-7,8,9,11,12,14,15, 16-octahydro-6H-cyclopenta[a]phenanthren-17-one)
著者: Rajan, S.S. / Kim, Y. / Vanek, K. / Joachimiak, A. / Greene, G.L.
履歴
登録2009年5月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年6月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月13日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Estrogen receptor
B: Estrogen receptor
C: Nuclear receptor coactivator 2
D: Nuclear receptor coactivator 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,0436
ポリマ－61,5034
非ポリマー5412
水18010
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5360 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area20390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.267, 82.666, 58.989
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.18, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Estrogen receptor / ER / Estradiol receptor / ER-alpha / Nuclear receptor subfamily 3 group A member 1


分子量: 29171.514 Da / 分子数: 2 / 変異: Y537S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ESR, ESR1, NR3A1 / プラスミド: MCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P03372
#2: タンパク質・ペプチド Nuclear receptor coactivator 2 / NCoA-2 / Transcriptional intermediary factor 2


分子量: 1579.866 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 参照: UniProt: Q9WUI9
#3: 化合物 ChemComp-J3Z / (9beta,13alpha)-3-hydroxyestra-1,3,5(10)-trien-17-one / Estrone


分子量: 270.366 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H22O2 / コメント: ホルモン*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.62 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.3
詳細: 0.15 M potassium bromide 30 %w/v polyethylene glycol MME 2000 , pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月27日
放射モノクロメーター: Si(III) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.33→50 Å / Num. all: 19088 / Num. obs: 18967 / % possible obs: 86.3 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.072
反射 シェル解像度: 2.33→2.38 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.204 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / Num. unique all: 200 / % possible all: 45.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
XFITデータ削減
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB 2G50

2g50


解像度: 2.33→33.368 Å / SU ML: 0.39 / σ(F): 1.33 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2889 966 5.12 %
Rwork0.2307 --
obs0.2337 18884 86.03 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 42.61 Å2 / ksol: 0.311 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.33→33.368 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3979 0 40 10 4029
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_deg1.091
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.33-2.4510.359850.24931572165753
2.451-2.60450.31471170.27112707282491
2.6045-2.80550.34281460.3182792293893
2.8055-3.08760.32881630.243129323095100
3.0876-3.5340.33761490.24732769291893
3.534-4.45080.25391480.19972412256082
4.4508-33.37110.24611580.19772734289290
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.25530.17160.19362.54240.14014.60560.01840.3588-0.0674-0.2159-0.0560.10960.0633-0.2469-0.00020.3975-0.00060.03750.36260.00020.34714.10530.1688-1.0511
24.3839-0.1419-0.2161.45190.00362.6430.0188-0.28710.01920.0446-0.00250.094-0.11260.005500.37380.0162-0.0030.39290.04030.33765.9991-0.69922.8697
30.00910.01040.02850.0048-0.00090.00610.03070.1869-0.4125-0.30370.08460.27720.1377-0.2072-0.00041.5393-0.18640.05010.6381-0.2341.08189.6964-18.0468-10.7312
40.33850.1622-0.33460.1316-0.24550.32970.1964-0.37490.9338-0.13010.22520.5649-0.7199-0.43930.00761.0305-0.01510.06880.5757-0.32211.0592-3.272415.870927.9757
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B
3X-RAY DIFFRACTION3chain C
4X-RAY DIFFRACTION4chain D

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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