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- PDB-3hlt: The crystal structure of human haloacid dehalogenase-like hydrola... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hlt
タイトルThe crystal structure of human haloacid dehalogenase-like hydrolase domain containing 2 (HDHD2)
要素HDHD2
キーワードHYDROLASE / HDHD2 / haloacid dehalogenase-like hydrolase domain containing 2 / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphatase activity / enzyme binding / extracellular exosome / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
HAD hydrolase, LHPP/HDHD2 / HAD-superfamily hydrolase, subfamily IIA / Haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD-hyrolase-like / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Haloacid dehalogenase-like hydrolase domain-containing protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Ugochukwu, E. / Shafqat, N. / Yue, W.W. / Cocking, R. / Bray, J.E. / Muniz, J.R.C. / Krojer, T. / von Delft, F. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. ...Ugochukwu, E. / Shafqat, N. / Yue, W.W. / Cocking, R. / Bray, J.E. / Muniz, J.R.C. / Krojer, T. / von Delft, F. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Edwards, A. / Oppermann, U. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of human haloacid dehalogenase-like hydrolase domain containing 2 (HDHD2)
著者: Ugochukwu, E. / Shafqat, N. / Yue, W.W. / Cocking, R. / Bray, J.E. / Muniz, J.R.C. / Krojer, T. / von Delft, F. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Edwards, A. / Oppermann, U. / ...著者: Ugochukwu, E. / Shafqat, N. / Yue, W.W. / Cocking, R. / Bray, J.E. / Muniz, J.R.C. / Krojer, T. / von Delft, F. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Edwards, A. / Oppermann, U. / Structural Genomics Consortium (SGC)
履歴
登録2009年5月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HDHD2
C: HDHD2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,1918
ポリマ－58,8822
非ポリマー3096
水1,15364
1
A: HDHD2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,5954
ポリマ－29,4411
非ポリマー1553
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: HDHD2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,5954
ポリマ－29,4411
非ポリマー1553
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: HDHD2
ヘテロ分子

C: HDHD2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,1918
ポリマ－58,8822
非ポリマー3096
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area2600 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area21950 Å2
手法PISA
4
A: HDHD2
ヘテロ分子

A: HDHD2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,1918
ポリマ－58,8822
非ポリマー3096
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area2660 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area22290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.940, 77.680, 103.990
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12A
22C

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1116A7 - 70
2116C7 - 70
1216A179 - 260
2216C179 - 260
1124A71 - 178
2124C71 - 178

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質 HDHD2 / Haloacid dehalogenase-like hydrolase domain-containing protein 2


分子量: 29440.852 Da / 分子数: 2 / 断片: HDHD2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HDHD2 / プラスミド: pNIC-CTHF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-R3-pRARE2 / 参照: UniProt: Q9H0R4
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.98 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2.6 M Ammonium sulphate, 1% MPD, 0.1M HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9724 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9724 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→28.36 Å / Num. obs: 25410 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.804 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique all: 12741 / Rsym value: 0.804 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0089精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2HO4

2ho4


解像度: 2.3→28.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 19.07 / SU ML: 0.21 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.32 / ESU R Free: 0.245 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2658 1264 5 %RANDOM
Rwork0.21346 ---
all0.21598 21115 --
obs0.21598 24115 99.45 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.195 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.27 Å20 Å20 Å2
2---1.33 Å20 Å2
3---1.59 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→28.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3630 0 14 64 3708
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0223745
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4221.9795105
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9635505
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.48823.239142
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.01115565
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.6771527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2602
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212835
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.481.52499
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.87123969
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.78431246
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7234.51131
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A868LOOSE POSITIONAL0.345
1C868LOOSE THERMAL2.1710
2A787MEDIUM POSITIONAL0.260.5
2C787MEDIUM THERMAL0.82
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.357 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.432 98 -
Rwork0.347 1740 -
obs--99.89 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.07526.63841.81929.93860.35777.0184-0.1471-0.4938-0.0620.0704-0.3292-0.2184-0.05990.8110.47630.10080.0537-0.02980.510.14340.12329.8165-13.0707-15.6677
29.9749-1.0072-5.3273.6551-0.89284.8670.0092-0.1076-0.0915-0.4245-0.0314-0.02240.10760.42190.02220.17410.02570.01940.37880.06370.039824.7791-8.589-20.1187
38.7104-1.5554-0.70560.6282-0.23691.35680.06540.51270.1596-0.1597-0.0430.0312-0.0033-0.0988-0.02240.1544-0.01820.01190.29290.09340.080610.5529-3.6736-20.1507
47.29420.0621-1.36742.68080.47956.15780.04670.0510.2341-0.1365-0.0076-0.05560.14140.1263-0.03920.0412-0.02390.00480.10340.04080.02972.3557-6.7046-5.8477
58.34461.5959-1.60496.8614-2.07964.5945-0.2084-0.4435-0.915-0.1155-0.274-0.20470.92880.47490.48240.34310.12130.08260.33930.07240.246723.8222-22.49-14.026
68.84713.7449-2.253410.1969-2.98585.40660.2270.8476-0.977-2.1921-0.4879-0.74591.72270.57060.2611.41410.4926-0.11780.51-0.10950.768427.548424.0335-15.3292
78.12040.6368-4.40435.3876-0.61884.02420.2844-1.0425-0.9326-1.1262-0.3848-0.28290.5590.9170.10040.84020.2852-0.42860.4467-0.0130.826921.713316.662-0.8794
88.4376-0.2015-5.10362.1533-0.03973.8404-0.0792-0.29140.14270.20210.1172-0.26040.36020.2017-0.0380.69130.0468-0.48190.1192-0.06160.55576.382920.12950.3445
98.1238-4.40841.333410.8088-6.20429.01220.39940.20680.52-1.0263-0.31590.44260.4990.0982-0.08350.56720.06-0.11310.2022-0.04930.581423.701634.8859-10.0959
102.6227-1.6354-2.371211.35313.984712.38990.27371.12770.009-1.6503-0.43940.11370.58850.02310.16580.9750.2539-0.07410.65610.06910.707322.679338.2535-22.6753
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 31
2X-RAY DIFFRACTION2A32 - 59
3X-RAY DIFFRACTION3A60 - 117
4X-RAY DIFFRACTION4A118 - 179
5X-RAY DIFFRACTION5A180 - 260
6X-RAY DIFFRACTION6C6 - 59
7X-RAY DIFFRACTION7C60 - 119
8X-RAY DIFFRACTION8C120 - 180
9X-RAY DIFFRACTION9C181 - 224
10X-RAY DIFFRACTION10C225 - 259

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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