PDB-3hln: Crystal structure of ClpP A153C mutant with inter-heptamer disulf...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3hln

タイトル

Crystal structure of ClpP A153C mutant with inter-heptamer disulfide bonds

要素

ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

キーワード

HYDROLASE / disulfide bond / disordered equatorial loops / ATP-binding / Nucleotide-binding / Protease / Serine protease / Stress response / Zymogen

機能・相同性

機能・相同性情報

HslUV protease complex / endopeptidase Clp / endopeptidase Clp complex / positive regulation of programmed cell death / response to temperature stimulus / ATP-dependent peptidase activity / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / proteasomal protein catabolic process / serine-type peptidase activity / response to radiation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Kimber, M.S. / Yu, A.Y.H. / Borg, M. / Chan, H.S. / Houry, W.A.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2010
タイトル: Structural and Theoretical Studies Indicate that the Cylindrical Protease ClpP Samples Extended and Compact Conformations.
著者: Kimber, M.S. / Yu, A.Y. / Borg, M. / Leung, E. / Chan, H.S. / Houry, W.A.

履歴

登録	2009年5月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年7月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2021年10月13日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3hln.cif.gz	846.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3hln.ent.gz	700.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3hln.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3hln_validation.pdf.gz	581.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3hln_full_validation.pdf.gz	656.9 KB	表示
XML形式データ	3hln_validation.xml.gz	91 KB	表示
CIF形式データ	3hln_validation.cif.gz	134.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hl/3hln ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hl/3hln	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2fzsS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6nay-1 6nay-2 6naw-d 2zl0-d 6w9t-1 2f6i-1 2zl3-d 6vgk-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

B: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

C: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

D: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

E: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

F: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

G: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

H: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

I: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

J: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

K: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

L: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

M: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

N: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

O: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

P: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

Q: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

R: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

S: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

T: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

U: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

V: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

W: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

X: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

Y: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

Z: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

1: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

2: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

ヘテロ分子

606 kDa, 28 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

B: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

C: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

D: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

E: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

F: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

G: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

H: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

I: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

J: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

K: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

L: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

M: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

N: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
303 kDa, 14 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

O: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

P: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

Q: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

R: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

S: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

T: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

U: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

V: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

W: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

X: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

Y: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

Z: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

1: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

2: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
303 kDa, 14 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	182.299, 182.299, 476.859
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	6	2	2 - 200
2	1	1	6	1	2 - 200
1	1	2	6	Z	2 - 200
2	1	2	6	1	2 - 200
1	1	3	6	A	2 - 200
2	1	3	6	1	2 - 200
1	1	4	6	B	2 - 200
2	1	4	6	1	2 - 200
1	1	5	6	C	2 - 200
2	1	5	6	1	2 - 200
1	1	6	6	D	2 - 200
2	1	6	6	1	2 - 200
1	1	7	6	E	2 - 200
2	1	7	6	1	2 - 200
1	1	8	6	F	2 - 200
2	1	8	6	1	2 - 200
1	1	9	6	G	2 - 200
2	1	9	6	1	2 - 200
1	1	10	6	H	2 - 200
2	1	10	6	1	2 - 200
1	1	11	6	I	2 - 200
2	1	11	6	1	2 - 200
1	1	12	6	J	2 - 200
2	1	12	6	1	2 - 200
1	1	13	6	K	2 - 200
2	1	13	6	1	2 - 200
1	1	14	6	L	2 - 200
2	1	14	6	1	2 - 200
1	1	15	6	M	2 - 200
2	1	15	6	1	2 - 200
1	1	16	6	N	2 - 200
2	1	16	6	1	2 - 200
1	1	17	6	O	2 - 200
2	1	17	6	1	2 - 200
1	1	18	6	P	2 - 200
2	1	18	6	1	2 - 200
1	1	19	6	Q	2 - 200
2	1	19	6	1	2 - 200
1	1	20	6	R	2 - 200
2	1	20	6	1	2 - 200
1	1	21	6	S	2 - 200
2	1	21	6	1	2 - 200
1	1	22	6	T	2 - 200
2	1	22	6	1	2 - 200
1	1	23	6	U	2 - 200
2	1	23	6	1	2 - 200
1	1	24	6	V	2 - 200
2	1	24	6	1	2 - 200
1	1	25	6	W	2 - 200
2	1	25	6	1	2 - 200
1	1	26	6	X	2 - 200
2	1	26	6	1	2 - 200
1	1	27	6	Y	2 - 200
2	1	27	6	1	2 - 200

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	... ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit / Endopeptidase Clp / Caseinolytic protease / Protease Ti / Heat shock protein F21.5 分子量: 21618.928 Da / 分子数: 28 / 断片: UNP residues 15-207 / 変異: A153C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: b0437, clpP, JW0427, lopP / プラスミド: pET9a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SG1146(DE3)clpP / 参照: UniProt: P0A6G7, endopeptidase Clp
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

#1: タンパク質

...
ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit / Endopeptidase Clp / Caseinolytic protease / Protease Ti / Heat shock protein F21.5

分子量: 21618.928 Da / 分子数: 28 / 断片: UNP residues 15-207 / 変異: A153C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: b0437, clpP, JW0427, lopP / プラスミド: pET9a / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SG1146(DE3)clpP / 参照: UniProt: P0A6G7, endopeptidase Clp

#2: 化合物

ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン

分子量: 40.078 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.45 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 1 M 1,6-hexanediol, 0.1 M Sodium acetate pH 4.6, 10 mM CoCl2, 100 mM CaCl2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月18日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.2→42.22 Å / Num. all: 148306 / Num. obs: 148306 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / R_sym value: 0.045 / Net I/σ(I): 14.2
反射シェル	解像度: 3.2→3.31 Å / 冗長度: 2.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / R_sym value: 0.394 / % possible all: 91.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 2FZS

2fzs

解像度: 3.2→42.22 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.942 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.922 / SU B: 49.832 / SU ML: 0.364 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC + TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.419 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25274	7454	5 %	RANDOM
R_work	0.21342	-	-	-
obs	0.21542	140770	97.5 %	-
all	-	148224	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 99.003 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.52 Å²	0.26 Å²	0 Å²
2-	-	0.52 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.78 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.2→42.22 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	35831	0	13	0	35844

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.022	36377
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	24985
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.987	1.974	48959
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.794	3.001	60900
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.94	5	4498
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.109	23.92	1653
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.014	15	6800
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.749	15	280
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.058	0.2	5571
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	39974
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	7146
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.201	0.2	9332
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.171	0.2	26970
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.173	0.2	17592
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.081	0.2	20172
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.132	0.2	781
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.019	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.031	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.165	0.2	68
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.174	0.2	143
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.191	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.247	1.5	23573
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.031	1.5	9250
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.44	2	36344
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.477	3	14541
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.798	4.5	12615
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	2	2163	loose positional	0.62	5
2	Z	2176	loose positional	0.75	5
3	A	2163	loose positional	0.62	5
4	B	2163	loose positional	0.76	5
5	C	2163	loose positional	0.66	5
6	D	2163	loose positional	0.64	5
7	E	2163	loose positional	0.63	5
8	F	2176	loose positional	0.51	5
9	G	2163	loose positional	0.63	5
10	H	2176	loose positional	0.53	5
11	I	2163	loose positional	0.71	5
12	J	2163	loose positional	0.78	5
13	K	2147	loose positional	0.58	5
14	L	2163	loose positional	0.7	5
15	M	2163	loose positional	0.66	5
16	N	2163	loose positional	0.73	5
17	O	2176	loose positional	0.67	5
18	P	2163	loose positional	0.65	5
19	Q	2163	loose positional	0.66	5
20	R	2163	loose positional	0.66	5
21	S	2163	loose positional	0.63	5
22	T	2147	loose positional	0.52	5
23	U	2163	loose positional	0.62	5
24	V	2176	loose positional	0.68	5
25	W	2147	loose positional	0.79	5
26	X	2148	loose positional	0.8	5
27	Y	2176	loose positional	0.79	5
1	2	2163	loose thermal	1.48	10
2	Z	2176	loose thermal	1.3	10
3	A	2163	loose thermal	2.32	10
4	B	2163	loose thermal	2.66	10
5	C	2163	loose thermal	3.59	10
6	D	2163	loose thermal	3.04	10
7	E	2163	loose thermal	1.52	10
8	F	2176	loose thermal	2.23	10
9	G	2163	loose thermal	0.82	10
10	H	2176	loose thermal	3.18	10
11	I	2163	loose thermal	1.13	10
12	J	2163	loose thermal	2.19	10
13	K	2147	loose thermal	0.84	10
14	L	2163	loose thermal	1.82	10
15	M	2163	loose thermal	2.53	10
16	N	2163	loose thermal	3.45	10
17	O	2176	loose thermal	2.54	10
18	P	2163	loose thermal	0.85	10
19	Q	2163	loose thermal	3.17	10
20	R	2163	loose thermal	4.36	10
21	S	2163	loose thermal	2.73	10
22	T	2147	loose thermal	2.96	10
23	U	2163	loose thermal	1.01	10
24	V	2176	loose thermal	1.33	10
25	W	2147	loose thermal	1.13	10
26	X	2148	loose thermal	1.48	10
27	Y	2176	loose thermal	4.17	10

LS精密化シェル

解像度: 3.2→3.281 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.369	519	-
R_work	0.3	9285	-
obs	-	-	88.99 %

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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