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万見
- PDB-3hlg: Simvastatin Synthase (LovD), from Aspergillus terreus, S5 mutant,... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hlg
タイトルSimvastatin Synthase (LovD), from Aspergillus terreus, S5 mutant, S76A mutant, complex with lovastatin
要素Transesterase
キーワードTRANSFERASE / alpha/beta hydrolase fold
機能・相同性
機能・相同性情報


monacolin J acid methylbutanoate transferase / lovastatin biosynthetic process / polyketide synthase activity / polyketide biosynthetic process / acyltransferase activity / antibiotic biosynthetic process / defense response to fungus / hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
: / Beta-lactamase-related / Beta-lactamase / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LVA / Monacolin J acid methylbutanoyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus terreus (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.01 Å
データ登録者Sawaya, M.R. / Yeates, T.O. / Pashkov, I. / Gao, X. / Tang, Y.
引用ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2009
タイトル: Directed evolution and structural characterization of a simvastatin synthase
著者: Gao, X. / Xie, X. / Pashkov, I. / Sawaya, M.R. / Laidman, J. / Zhang, W. / Cacho, R. / Yeates, T.O. / Tang, Y.
履歴
登録2009年5月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年10月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32021年10月13日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5702
ポリマ－48,1481
非ポリマー4231
水4,143230
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.042, 75.189, 131.696
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Transesterase / LovD


分子量: 48147.660 Da / 分子数: 1 / 変異: C40A C60N D12G K26E A86V H161Y A190T G275S S76A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus terreus (カビ) / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)with bioH knockout / 参照: UniProt: Q9Y7D1
#2: 化合物 ChemComp-LVA / (3R,5R)-7-((1R,2R,6S,8R,8AS)-2,6-DIMETHYL-8-{[(2R)-2-METHYLBUTANOYL]OXY}-1,2,6,7,8,8A-HEXAHYDRONAPHTHALEN-1-YL)-3,5-DIHYDROXYHEPTANOIC ACID / ロバスタチン酸


分子量: 422.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H38O6
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 230 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.48 %
結晶化温度: 298 K / pH: 8
詳細: 15% PEG MME 550, 0.1M HEPES pH 8.0, 0.1 M magnesium chloride, 10 mM dithiothreitol, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9795
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→60 Å / Num. obs: 39042 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.119 / Net I/σ(I): 13.333
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.411 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB entry 3HLF

3hlf


解像度: 2.01→46.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 5.859 / SU ML: 0.075 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.133 / ESU R Free: 0.122 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.189 1951 5 %RANDOM
Rwork0.162 ---
obs0.163 38956 97.9 %-
all-38956 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.86 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.3 Å20 Å20 Å2
2---0.1 Å20 Å2
3----0.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.01→46.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3322 0 30 230 3582
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0213449
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022402
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1931.9794678
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.85835812
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7395430
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.71123.072166
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.76115575
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.2561536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2509
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0213884
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02723
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.72722121
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.4782865
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.67733400
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.02621328
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.09731275
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.01→2.06 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.218 145 -
Rwork0.183 2526 -
obs--91.6 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7338-0.1129-0.30760.65680.30331.30340.0094-0.06370.0417-0.00360.0356-0.096-0.0287-0.004-0.0450.006-0.00580.00640.0154-0.00790.0543-3.214216.5719-12.7272
21.0248-0.3177-0.26182.13530.27042.09370.09340.18640.0059-0.42880.0149-0.0433-0.0633-0.0531-0.10830.1471-0.00840.06440.0401-0.01170.05921.09498.1136-38.3269
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-11 - 92
2X-RAY DIFFRACTION1A204 - 413
3X-RAY DIFFRACTION2A93 - 203

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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