PDB-3hkx: Crystal structure analysis of an amidase from Nesterenkonia sp.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3hkx

タイトル

Crystal structure analysis of an amidase from Nesterenkonia sp.

要素

Amidase

キーワード

HYDROLASE / ALPHA-BETA-BETA-ALPHA:ALPHA-BETA-BETA-ALPHA DIMERIC SANDWICH

機能・相同性

機能・相同性情報

indoleacetamide hydrolase activity / amidase / N-carbamoylputrescine amidase activity / putrescine biosynthetic process from arginine / amidase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Nesterenkonia sp. 10004 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.66 Å

データ登録者

Sewell, B.T. / Nel, A.J.M. / Cowan, D.A.

引用

ジャーナル: Appl.Environ.Microbiol. / 年: 2011
タイトル: Unique aliphatic amidase from a psychrotrophic and haloalkaliphilic nesterenkonia isolate.
著者: Nel, A.J. / Tuffin, I.M. / Sewell, B.T. / Cowan, D.A.

履歴

登録	2009年5月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年6月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2013年2月20日	Group: Database references / Other
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3hkx.cif.gz	68.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3hkx.ent.gz	48.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3hkx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3hkx_validation.pdf.gz	421.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3hkx_full_validation.pdf.gz	423.7 KB	表示
XML形式データ	3hkx_validation.xml.gz	13.3 KB	表示
CIF形式データ	3hkx_validation.cif.gz	19.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hk/3hkx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hk/3hkx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1f89S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5nyb-1 5nye-1 5ny7-1 4izw-1 5nz5-1 4izt-1 4s2i-d 5hk0-d 4izv-1 4cxx-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Amidase

30.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Amidase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
60.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.999, 115.639, 65.321
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Amidase 分子量: 30116.795 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Nesterenkonia sp. 10004 (バクテリア) 株: AN1 / 遺伝子: Nit2 / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: D0VWZ1, amidase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 194 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.58 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1M Sodium acetate trihydrate and 2M ammonium sulphate, pH 4.6, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 123 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: BM14 / 波長: 0.9778 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年1月25日
詳細: J. Synchrotron Rad. (1999). 6, 822-833 Development of instrumentation and methods for MAD and structural genomics at the SRS, ESRF, CHESS and Elettra facilities A. Cassetta, A. M. Deacon, S. ...

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9778 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 7.03 % / 数: 242641 / R_merge(I) obs: 0.046 / Χ²: 0.94 / D res high: 1.66 Å / D res low: 38 Å / Num. obs: 34232 / % possible obs: 99.6

Diffraction reflection shell

ID: 1

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy	Rejects
3.58	38	99.5	0.024	0.68	7.01	132
2.84	3.58	100	0.044	0.71	7.26	137
2.48	2.84	99.9	0.068	0.78	7.26	121
2.25	2.48	99.9	0.072	0.79	7.19	130
2.09	2.25	99.7	0.087	0.85	7.04	183
1.97	2.09	99.7	0.114	0.94	6.96	221
1.87	1.97	99.7	0.157	1.03	6.95	171
1.79	1.87	99.4	0.225	1.17	6.89	258
1.72	1.79	99.6	0.294	1.25	6.87	257
1.66	1.72	98.9	0.366	1.33	6.92	210

反射

解像度: 1.66→63.511 Å / Num. all: 34246 / Num. obs: 34232 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 7.03 % / R_merge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 15.6

反射シェル

解像度: 1.66→1.72 Å / 冗長度: 6.92 % / R_merge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 98.9

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R_factor: 26.9 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	38 Å
Translation	2.5 Å	38 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER	2.1.1	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
MxCuBE		データ収集
d*TREK		データ削減
d*TREK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1F89

1f89

解像度: 1.66→63.5 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.954 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU B: 1.835 / SU ML: 0.062 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.095 / ESU R Free: 0.094 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21433	1727	5 %	RANDOM
R_work	0.18566	-	-	-
obs	0.18713	32495	99.58 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.576 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.73 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.38 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.66→63.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1970	0	0	194	2164

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.022	2033
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.674	1.987	2777
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.565	5	266
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.856	23.933	89
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.035	15	306
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.311	15	17
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.156	0.2	309
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.022	1598
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.76	1.5	1323
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.704	2	2114
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.965	3	710
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.238	4.5	663
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.66→1.703 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.329	120	-
R_work	0.309	2358	-
obs	-	-	99.12 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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