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- PDB-3hjs: Crystal structure of catechol 1,2-dioxygenase from Rhodococcus op... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hjs
タイトルCrystal structure of catechol 1,2-dioxygenase from Rhodococcus opacus 1CP in complex with 4-methylcatechol
要素Catechol 1,2-dioxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / BETA-SANDWICH / Aromatic hydrocarbons catabolism / Dioxygenase / Iron / Metal-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


: / catechol-containing compound metabolic process / catechol 1,2-dioxygenase / catechol 1,2-dioxygenase activity / catabolic process / ferric iron binding
類似検索 - 分子機能
Catechol 1,2-dioxygenase multimerisation domain-like / Catechol 1,2-dioxygenase, actinobacteria / Catechol 1,2-dioxygenase multimerisation domain / Chlorocatechol 1,2-dioxygenase / Catechol dioxygenase, N-terminal / Catechol dioxygenase N terminus / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Protocatechuate 3,4-Dioxygenase, subunit A / Aromatic compound dioxygenase / Intradiol ring-cleavage dioxygenases signature. ...Catechol 1,2-dioxygenase multimerisation domain-like / Catechol 1,2-dioxygenase, actinobacteria / Catechol 1,2-dioxygenase multimerisation domain / Chlorocatechol 1,2-dioxygenase / Catechol dioxygenase, N-terminal / Catechol dioxygenase N terminus / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Protocatechuate 3,4-Dioxygenase, subunit A / Aromatic compound dioxygenase / Intradiol ring-cleavage dioxygenases signature. / : / Intradiol ring-cleavage dioxygenase, C-terminal / Intradiol ring-cleavage dioxygenase, core / Dioxygenase / Helix non-globular / Special / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6PL / : / 4-METHYLCATECHOL / Catechol 1,2-dioxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodococcus opacus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Matera, I. / Ferraroni, M. / Briganti, F. / Scozzafava, A.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2010
タイトル: Catechol 1,2-dioxygenase from the Gram-positive Rhodococcus opacus 1CP: Quantitative structure/activity relationship and the crystal structures of native enzyme and catechols adducts.
著者: Matera, I. / Ferraroni, M. / Kolomytseva, M. / Golovleva, L. / Scozzafava, A. / Briganti, F.
履歴
登録2009年5月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Catechol 1,2-dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,6925
ポリマ－30,7251
非ポリマー9674
水2,900161
1
A: Catechol 1,2-dioxygenase
ヘテロ分子

A: Catechol 1,2-dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,38510
ポリマ－61,4502
非ポリマー1,9358
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area9720 Å2
ΔGint-105 kcal/mol
Surface area21600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.200, 37.363, 74.702
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.82, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-299-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Catechol 1,2-dioxygenase / 1 / 2-CTD


分子量: 30725.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: grown on benzoate / 由来: (天然) Rhodococcus opacus (バクテリア) / 株: 1CP / 参照: UniProt: P95607, catechol 1,2-dioxygenase

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非ポリマー , 5種, 165分子

#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-MCT / 4-METHYLCATECHOL / 4-METHYL-1,2-BENZENEDIOL / 4-メチルカテコ-ル


分子量: 124.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H8O2
#5: 化合物 ChemComp-6PL / (4S,7R)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE / 1-PALMITOYL-2-STEAROYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / O-(1-O-パルミトイル-2-O-ステアロイル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン


分子量: 763.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H85NO8P / コメント: リン脂質*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 161 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細THE SEQUENCE MATCHES THE GENBANK DEPOSITION WITH ACCESSION CODE CAA67941, IN WHICH ALL 280 RESIDUES ...THE SEQUENCE MATCHES THE GENBANK DEPOSITION WITH ACCESSION CODE CAA67941, IN WHICH ALL 280 RESIDUES ARE PRESENT.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.27 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 39% PEG 400, 0.1 M Hepes, 0.1 M magnesium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→74.3 Å / Num. obs: 22751 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rsym value: 0.085 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.234 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique all: 3317 / Rsym value: 0.234 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
REFMAC5.5.0044精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: pdb entry 3HGI

3hgi


解像度: 1.8→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 3.277 / SU ML: 0.104 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.155 / ESU R Free: 0.15 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25507 1164 5.1 %RANDOM
Rwork0.20247 ---
obs0.20524 21564 99.74 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.448 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.15 Å20 Å20.16 Å2
2---0.44 Å20 Å2
3----0.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1988 0 52 161 2201
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0222114
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6321.9642880
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8965259
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.99324.68896
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.31915311
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.416159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1210.2306
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0211640
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0661.51282
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.84322073
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9823832
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.6754.5805
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.846 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.355 78 -
Rwork0.233 1609 -
obs--99.94 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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