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万見
- PDB-3hjf: Crystal structure of T. thermophilus Argonaute E546 mutant protei... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hjf
タイトルCrystal structure of T. thermophilus Argonaute E546 mutant protein complexed with DNA guide strand and 15-nt RNA target strand
要素
  • 5'-D(P*TP*GP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*TP*GP*TP*AP*TP*AP*GP*T)-3'
  • 5'-R(*CP*AP*AP*CP*CP*UP*AP*CP*UP*AP*CP*CP*UP*CP*G)-3'
  • Argonaute
キーワードNUCLEIC ACID BINDING PROTEIN/DNA/RNA / argonaute / PROTEIN-DNA_RNA COMPLEX / NUCLEIC ACID BINDING PROTEIN-DNA-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Hydrolases; Acting on ester bonds; Site specific endodeoxyribonucleases: cleavage is not sequence specific (deleted sub-subclass) / clearance of foreign intracellular DNA / DNA endonuclease activity / manganese ion binding / DNA replication / DNA binding / RNA binding
類似検索 - 分子機能
paz domain - #50 / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 - #60 / Alpha-Beta Plaits - #2620 / Argonaute, PAZ domain / : / : / Argonaute PAZ domain / Argonaute, N-terminal domain / Argonaute, middle domain / paz domain ...paz domain - #50 / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 - #60 / Alpha-Beta Plaits - #2620 / Argonaute, PAZ domain / : / : / Argonaute PAZ domain / Argonaute, N-terminal domain / Argonaute, middle domain / paz domain / Piwi domain profile. / Piwi domain / Piwi domain / Piwi / PAZ domain profile. / PAZ domain / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 / Response regulator / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Beta Complex / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Alpha-Beta Plaits / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / Protein argonaute
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.056 Å
データ登録者Wang, Y. / Li, H. / Sheng, G. / Patel, D.J.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2009
タイトル: Nucleation, propagation and cleavage of target RNAs in Ago silencing complexes.
著者: Wang, Y. / Juranek, S. / Li, H. / Sheng, G. / Wardle, G.S. / Tuschl, T. / Patel, D.J.
履歴
登録2009年5月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32021年10月13日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Argonaute
X: 5'-D(P*TP*GP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*TP*GP*TP*AP*TP*AP*GP*T)-3'
Y: 5'-R(*CP*AP*AP*CP*CP*UP*AP*CP*UP*AP*CP*CP*UP*CP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,0274
ポリマ－88,0033
非ポリマー241
水1629
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5520 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area33040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.868, 111.868, 177.035
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Argonaute


分子量: 76742.766 Da / 分子数: 1 / 変異: D546E / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB27 / 遺伝子: TT_P0026 / プラスミド: PET-Sumo / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA 2 (DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q746M7
#2: DNA鎖 5'-D(P*TP*GP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*TP*GP*TP*AP*TP*AP*GP*T)-3'


分子量: 6588.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: RNA鎖 5'-R(*CP*AP*AP*CP*CP*UP*AP*CP*UP*AP*CP*CP*UP*CP*G)-3'


分子量: 4671.841 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.91 %
結晶化温度: 308 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.3 M ammonium tartrate dibasic, 0.1 M bis-Tris, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 308 K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.05→50 Å / Num. obs: 21835 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): -3 / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 84.63 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 26.7
反射 シェル解像度: 3.05→3.16 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 2098 / % possible all: 97.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3DLH

3dlh


解像度: 3.056→43.554 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.81 / SU ML: 0.4 / Isotropic thermal model: Overall / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.09 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.255 1079 5.1 %RANDOM
Rwork0.202 ---
obs0.205 21166 96.31 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 71.752 Å2 / ksol: 0.292 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 253.33 Å2 / Biso mean: 97.376 Å2 / Biso min: 32.93 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.293 Å20 Å2-0 Å2
2--8.293 Å20 Å2
3----16.586 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.056→43.554 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4872 629 1 9 5511
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0095684
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3127868
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078894
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008927
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.1612096
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.056-3.1950.3561420.2742205234787
3.195-3.3640.3171180.2312379249793
3.364-3.5750.2811360.2112452258896
3.575-3.850.2731310.1992514264597
3.85-4.2380.271580.1762511266998
4.238-4.850.2121300.1562603273399
4.85-6.1080.2331240.1832644276899
6.108-43.5580.2211400.2122779291999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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