PDB-3hhh: Crystal structure of transcriptional regulator, a member of PadR ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3hhh

タイトル

Crystal structure of transcriptional regulator, a member of PadR family, from Enterococcus faecalis V583

要素

Transcriptional regulator, PadR family

キーワード

TRANSCRIPTION REGULATOR / transcriptional regulator / PadR family / PF03551 / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

Transcription regulator PadR, N-terminal / Transcriptional regulator PadR-like family / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Transcriptional regulator, PadR family

機能・相同性情報

生物種

Enterococcus faecalis (乳酸球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Nocek, B. / Zhou, M. / Moy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of transcriptional regulator, a membar of PadR family, from Enterococcus faecalis V583
著者: Nocek, B. / Zhou, M. / Moy, S. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2009年5月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年6月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	3hhh_full_validation.pdf.gz	452.4 KB	表示
XML形式データ	3hhh_validation.xml.gz	9.6 KB	表示
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hh/3hhh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hh/3hhh	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	3lif-2 3kwg-3 3lib-7 6py3-2 3lib-5 6d8v-d 4i0c-1 2ec2-2 3soh-2 3lib-8 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC29037

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Transcriptional regulator, PadR family

B: Transcriptional regulator, PadR family

ヘテロ分子

27.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.766, 86.766, 84.731
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

#1: タンパク質	Transcriptional regulator, PadR family 分子量: 13595.331 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 株: V583 / 遺伝子: EF_1297 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q835S6
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.51 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.05 M Ammonium Sulfate, 50mM Bis-Tris 6.5, 30% Pentaerythritol Ethoxylate (15/4 EO/OH), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月20日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→40 Å / Num. all: 6530 / Num. obs: 6515 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.7 % / B_iso Wilson estimate: 62 Å² / R_merge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 33
反射シェル	解像度: 2.7→2.75 Å / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.144 / Mean I/σ(I) obs: 12 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
SHELX		モデル構築
Coot		モデル構築
ARP/wARP		モデル構築
REFMAC	5.5.0054	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
SHELX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.7→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.93 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.898 / SU B: 33.968 / SU ML: 0.312 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / ESU R Free: 0.379 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26269	302	4.6 %	RANDOM
R_work	0.22088	-	-	-
all	0.23	6510	-	-
obs	0.223	6207	99.3 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.086 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.97 Å²	-1.99 Å²	0 Å²
2-	-	-3.97 Å²	0 Å²
3-	-	-	5.96 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1689	0	16	9	1714

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.022	1729
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1229
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.929	1.982	2320
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.74	3	3008
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.626	5	202
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.665	24.667	75
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.294	15	355
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.594	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.052	0.2	260
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	1813
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	331
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.237	1.5	1013
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.023	1.5	417
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.444	2	1636
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.486	3	716
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.835	4.5	684
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.7→2.768 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.433	25	-
R_work	0.32	462	-
obs	-	-	98.38 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.7789	-1.5421	0.1268	1.5482	-0.7298	0.665	-0.2187	-0.404	-0.2703	0.0752	0.2846	0.2378	0.1197	-0.1356	-0.0659	0.3213	-0.0735	-0.0209	0.3778	0.0107	0.3664	16.6105	32.1133	21.3557
2	3.2708	1.4752	-0.5023	0.9949	-1.0895	2.3624	-0.2155	-0.2243	0.3016	0.1035	-0.1044	-0.0058	-0.5652	0.0218	0.3199	0.3695	0.0064	-0.0852	0.2323	-0.0906	0.3567	32.5436	39.4223	27.1469
3	7.8096	-1.3258	0.0139	1.5638	-0.6409	4.7787	-0.0575	-0.4143	0.0941	0.3165	0.0223	0.067	-0.2059	-0.2729	0.0352	0.302	-0.0068	-0.0053	0.2775	-0.0406	0.2868	26.2189	37.3896	35.2697
4	0.1501	-1.2964	0.7382	12.2068	-8.1691	6.8496	0.0244	0.0175	-0.0602	-0.1626	-0.0212	0.3384	-0.0152	-0.2558	-0.0032	0.3549	0.0052	-0.0081	0.3646	-0.0399	0.3672	17.2761	37.2769	30.2824
5	8.8184	4.367	4.6681	2.9889	0.3478	7.277	0.5154	-0.8567	-0.2341	0.4676	-0.5069	-0.11	-0.0685	-0.1535	-0.0085	0.3249	0.0641	0.0635	0.3107	0.0267	0.2918	24.9194	27.5782	31.6202
6	3.6835	-0.7863	-0.6006	7.6293	-0.4231	0.3377	-0.0563	0.1111	-0.4775	-0.1768	-0.0381	-0.0438	0.1973	-0.1322	0.0944	0.1944	-0.0297	-0.0027	0.237	-0.0028	0.1829	33.9408	26.0865	24.401
7	2.7181	-0.8018	0.7604	5.3106	-4.265	3.4331	-0.0568	-0.8129	0.1993	0.8388	0.1074	0.0885	-0.6662	-0.0884	-0.0506	0.3677	0.0166	-0.021	0.4665	-0.0398	0.2908	38.2623	33.9012	40.3556
8	5.0994	-1.2865	1.9013	3.3681	-1.0143	1.7901	0.0121	-0.0555	0.0821	0.0861	-0.002	-0.0217	-0.0235	-0.0352	-0.0101	0.1209	-0.0222	0.0066	0.0919	-0.0225	0.2166	35.0282	34.8604	24.1426
9	3.7165	-1.7646	1.8061	6.3011	2.4862	2.9274	-0.1089	0.4065	0.5034	0.0828	-0.2209	-0.1305	-0.0246	0.1982	0.3298	0.159	-0.0209	-0.0175	0.2624	0.0854	0.3126	20.6818	40.8024	10.0301
10	11.6889	-0.4214	-3.8679	5.8266	-1.5451	3.3343	0.1916	0.4864	0.2826	-0.1019	-0.1036	0.6588	-0.0715	-0.5506	-0.0881	0.3194	-0.0153	-0.0236	0.3129	0.0083	0.3352	10.015	44.8873	5.7545
11	4.2455	-1.8229	4.6682	5.7847	-0.9718	5.3475	0.176	0.0412	-0.3228	-0.1153	0.1765	0.0723	0.188	0.0979	-0.3526	0.2488	0.0462	-0.0301	0.2154	0.0368	0.334	17.7116	30.2713	13.43
12	0.018	0.1044	0.0153	1.5746	0.2002	0.0263	-0.0041	0.0433	0.0495	-0.4459	-0.0411	0.4246	-0.0543	0.0104	0.0452	0.3099	0.0336	-0.0893	0.3244	0.0639	0.3304	5.4829	34.7117	6.9721
13	0.7126	-0.9927	-0.9903	5.6899	1.6777	3.5778	0.0515	0.3242	0.1945	-0.6432	0.1143	0.0458	-0.2624	0.0267	-0.1658	0.3355	-0.0389	-0.0438	0.3863	0.0088	0.349	2.812	32.9459	-0.6213
14	7.3394	3.3074	-4.702	4.6798	1.0634	6.3948	-0.3098	0.3251	-0.1639	-0.5808	0.3899	-0.2494	-0.2233	0.2929	-0.0801	0.2731	-0.0303	-0.0154	0.3644	0.0156	0.2524	13.9753	32.9723	0.1082
15	8.2637	-2.4175	-2.0272	2.3159	-1.1537	8.1396	0.0303	0.1742	-0.2267	-0.3927	0.0292	0.0689	0.1914	-0.0754	-0.0596	0.2884	0.0129	-0.0199	0.2465	-0.0107	0.308	10.9017	23.9229	4.8942
16	7.9227	0.7467	-0.7481	5.0892	6.178	7.8599	0.0197	-0.3589	-0.2582	0.4398	-0.2298	0.1492	0.5538	-0.257	0.2101	0.2163	-0.0489	-0.0378	0.253	0.091	0.3712	-0.8359	25.735	10.8909
17	2.1463	0.3885	-2.0178	0.9082	-2.4259	7.2942	0.1109	0.4667	0.3042	-0.2852	-0.2722	-0.2177	0.3475	0.5621	0.1612	0.5672	0.0201	0.1137	0.4128	0.0177	0.5577	-2.6921	24.7738	-8.5409
18	2.0753	-1.3501	-2.4738	3.5842	0.8481	3.2654	-0.2427	0.0337	-0.2486	0.1024	0.0093	0.7253	0.2814	-0.171	0.2333	0.1142	-0.0366	-0.0592	0.2551	-0.0105	0.3267	-0.6322	33.6176	10.1628
19	6.4919	1.2876	6.3602	6.409	2.5087	6.5236	0.2375	-0.4955	0.1334	0.1862	-0.3113	0.1276	0.2684	-0.4539	0.0738	0.2034	-0.0054	0.0001	0.2964	-0.0223	0.2845	10.9206	41.9883	18.1054
20	9.3581	-0.6862	-9.1399	4.6924	2.8139	9.9407	0.5778	-0.4965	0.2761	0.2661	-0.2638	-0.4045	-0.3923	0.3002	-0.3141	0.3206	0.0021	-0.086	0.1946	-0.0898	0.5907	22.5912	46.193	20.663

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 13
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	14 - 23
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	24 - 35
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	36 - 42
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	43 - 49
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	50 - 59
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	60 - 70
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	71 - 90
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	91 - 100
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	101 - 105
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	1 - 13
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	14 - 19
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	20 - 27
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	28 - 40
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	41 - 49
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	50 - 62
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	63 - 72
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	73 - 88
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	89 - 95
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	96 - 104

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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