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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3hhe | ||||||
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タイトル | Crystal structure of ribose-5-phosphate isomerase A from Bartonella henselae | ||||||
![]() | Ribose-5-phosphate isomerase A | ||||||
![]() | ISOMERASE / NIAID / SSGCID / deCODE / SBRI / UW / Bartonella / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
機能・相同性 | ![]() ribose-5-phosphate isomerase / ribose-5-phosphate isomerase activity / pentose-phosphate shunt, non-oxidative branch 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of ribose-5-phosphate isomerase A from Bartonella henselae 著者: Edwards, T.E. / Abendroth, J.A. / Staker, B.L. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 104.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 79 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1uj5S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27476.723 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Expressed with an N-terminal hexahistidine tag and 3C cleavage site. Not cleaved prior to crystallization. 由来: (組換発現) ![]() 株: Houston-1 / 遺伝子: rpiA, BH06410 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 糖 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-CL / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.07 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: JCSG+ sparse matrix screen condition D12, 40 mM KH2PO4, 16% PEG 8000, 20% Glycerol, 2.16 mg/mL Protein, crystal tracking ID 208597d12, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 22355 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.148 / Χ2: 1.031 / Net I/σ(I): 10.909 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.488 / Mean I/σ(I) obs: 2.38 / Num. unique all: 2180 / Χ2: 0.771 / % possible all: 99.3 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | |||||||||
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Phasing MR |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 1UJ5 解像度: 2.3→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / WRfactor Rfree: 0.252 / WRfactor Rwork: 0.207 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.792 / SU B: 7.002 / SU ML: 0.173 / SU R Cruickshank DPI: 0.359 / SU Rfree: 0.242 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.359 / ESU R Free: 0.242 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 69.72 Å2 / Biso mean: 32.847 Å2 / Biso min: 16.31 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
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