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- PDB-2f8m: Ribose 5-phosphate isomerase from Plasmodium falciparum -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2f8m
タイトルRibose 5-phosphate isomerase from Plasmodium falciparum
要素ribose 5-phosphate isomerase
キーワードISOMERASE / STRUCTURAL GENOMICS / PSI / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / STRUCTURAL GENOMICS OF PATHOGENIC PROTOZOA CONSORTIUM / SGPP
機能・相同性
機能・相同性情報


ribose-5-phosphate isomerase / ribose-5-phosphate isomerase activity / pentose-phosphate shunt, non-oxidative branch
類似検索 - 分子機能
: / Ribose 5-phosphate isomerase, type A / Ribose 5-phosphate isomerase A (phosphoriboisomerase A) / Rossmann fold - #1360 / ACT domain / NagB/RpiA transferase-like / Alpha-Beta Plaits / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Ribose-5-phosphate isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.087 Å
データ登録者Holmes, M.A. / Merritt, E.A. / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium (SGPP)
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2006
タイトル: Structure of ribose 5-phosphate isomerase from Plasmodium falciparum.
著者: Holmes, M.A. / Buckner, F.S. / Van Voorhis, W.C. / Verlinde, C.L. / Mehlin, C. / Boni, E. / DeTitta, G. / Luft, J. / Lauricella, A. / Anderson, L. / Kalyuzhniy, O. / Zucker, F. / Schoenfeld, ...著者: Holmes, M.A. / Buckner, F.S. / Van Voorhis, W.C. / Verlinde, C.L. / Mehlin, C. / Boni, E. / DeTitta, G. / Luft, J. / Lauricella, A. / Anderson, L. / Kalyuzhniy, O. / Zucker, F. / Schoenfeld, L.W. / Earnest, T.N. / Hol, W.G. / Merritt, E.A.
履歴
登録2005年12月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年12月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.description / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ribose 5-phosphate isomerase
B: ribose 5-phosphate isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,6574
ポリマ－54,4672
非ポリマー1902
水4,071226
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3140 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area19380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.689, 136.230, 45.011
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
詳細The biological assembly is the dimer in the asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質 ribose 5-phosphate isomerase


分子量: 27233.689 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 遺伝子: PFE0730c / プラスミド: BG1861 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Star / 参照: UniProt: Q8I3W2, ribose-5-phosphate isomerase
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 226 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.35 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.4 ul protein 8 mg/ml, 0.4 ul crystallization buffer 200mM NaCl, 0.6 mM KAu(CN)2, 20% PEG 3000,100 mM HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1.03492 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03492 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.08→50 Å / Num. obs: 32530 / % possible obs: 92.7 % / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Χ2: 1.896 / Net I/σ(I): 25.818
反射 シェル最高解像度: 2.08 Å / % possible obs: 96.6 % / Rmerge(I) obs: 0.368 / Mean I/σ(I) obs: 3.916 / Num. measured obs: 3332 / Χ2: 0.989 / % possible all: 96.6

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位相決定

Phasing MRRfactor: 0.598 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.169
最高解像度最低解像度
Translation4 Å15 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
EPMR2.5位相決定
PDB_EXTRACT1.7データ抽出
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMACrefmac_5.2.0005 24/04/2001精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1UJ5

1uj5


解像度: 2.087→50 Å / SU B: 8.291 / SU ML: 0.206 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.234 / ESU R Free: 0.213
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.2716 1571 random
Rwork0.2085 --
obs-31605 -
原子変位パラメータBiso mean: 25.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.087→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3595 0 10 226 3831
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0223646
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023472
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6251.9874935
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7238064
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.6835470
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.76325.113133
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.0215678
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.5651514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0530.2617
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023960
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.02662
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2080.3742
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1990.33522
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1830.51771
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0950.52124
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2180.5359
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0310.51
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1860.312
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2210.336
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1570.56
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.34922377
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.272979
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.22733773
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.02733140
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.07841394
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.91842770
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.63861162
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.91264924
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.087-2.1410.3211140.282228256691.27
2.141-2.1990.3031200.272254245196.858
2.199-2.2630.654340.483713243130.728
2.263-2.3320.284740.2821365234061.496
2.332-2.4090.3121270.2482129230198.044
2.409-2.4930.2881130.2312080222198.739
2.493-2.5870.3131080.2351991211799.15
2.587-2.6920.284910.2261975207599.566
2.692-2.8120.269960.2181912201299.801
2.812-2.9480.263840.2151789187599.893
2.948-3.1070.249880.2051722181199.945
3.107-3.2950.253860.1971627171699.825
3.295-3.5210.233690.18515581627100
3.521-3.8020.296680.2251139152579.148
3.802-4.1620.25700.171113140284.379
4.162-4.650.193640.1341215128199.844
4.65-5.3610.209540.15310901144100
5.361-6.5470.322510.19494099299.899
6.547-9.1810.194400.17174478599.873
9.181-500.302200.21845048297.51

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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