PDB-3hhc: Interferon-lambda is functionally an interferon but structurally ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3hhc

タイトル

Interferon-lambda is functionally an interferon but structurally related to the IL-10 family

要素

Interleukin-28B

キーワード

CYTOKINE / Interferon / IL-22 / antiviral / Antiviral defense / Secreted

機能・相同性

機能・相同性情報

type III interferon-mediated signaling pathway / Interleukin-20 family signaling / negative regulation of viral genome replication / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / cytokine activity / positive regulation of immune response / cellular response to virus / defense response to virus / signaling receptor binding / innate immune response ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多重同系置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Gad, H.H. / Hamming, O.J. / Hartmann, R.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Interferon-{lambda} Is Functionally an Interferon but Structurally Related to the Interleukin-10 Family
著者: Gad, H.H. / Dellgren, C. / Hamming, O.J. / Vends, S. / Paludan, S.R. / Hartmann, R.

履歴

登録	2009年5月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年7月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Advisory / Data collection / Refinement description カテゴリ: diffrn_source / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / software Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _software.classification ..._diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.3	2018年1月24日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.4	2024年10月16日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3hhc.cif.gz	242.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3hhc.ent.gz	198 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3hhc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3hhc_validation.pdf.gz	462.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3hhc_full_validation.pdf.gz	483.6 KB	表示
XML形式データ	3hhc_validation.xml.gz	28 KB	表示
CIF形式データ	3hhc_validation.cif.gz	35.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hh/3hhc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hh/3hhc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3rp7-d 7dmb-1 2h4r-d 2q6u-d 6q11-d 3rp8-d 4bk3-d 3qsm-2 6d6b-2 6cy3-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#128 - 2010年8月インターフェロン (Interferons) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Interleukin-28B

B: Interleukin-28B

C: Interleukin-28B

D: Interleukin-28B

ヘテロ分子

91.4 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Interleukin-28B

C: Interleukin-28B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Interleukin-28B

D: Interleukin-28B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
45 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	91.118, 91.118, 150.209
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	Interleukin-28B / IL-28B / IL-28C / Interferon lambda-3 / IFN-lambda-3 / Interferon lambda-4 / IFN-lambda-4 / Cytokine ZCYTO22 分子量: 21738.408 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL28B, IFNL3, IFNL4, IL28C, ZCYTO22 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8IZI9
#2: 化合物	... ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド分子量: 126.904 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.58 %
結晶化	温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 28 % w/v PEG 4000, 200 mM ammonium sulfate, 3 % v/v isopropyl alcohol , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 285K

-
データ収集

回折

ID	Crystal-ID
1	1
2	1
3	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	EMBL/DESY, HAMBURG	X12	1	0.907
シンクロトロン	MAX II	I911-3	2	1.65
シンクロトロン	MAX II	I911-3	3	0.9

検出器

タイプ	ID	検出器
MARMOSAIC 225 mm CCD	1	CCD
MARMOSAIC 225 mm CCD	2	CCD
MARMOSAIC 225 mm CCD	3	CCD

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.907	1
2	1.65	1
3	0.9	1

反射

解像度: 2.8→25 Å / Num. obs: 39210 / % possible obs: 91.3 % / 冗長度: 5.8 % / R_merge(I) obs: 0.062 / Χ²: 1.062 / Net I/σ(I): 24.389

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
2.6-2.69	3.7	0.308	2064	0.863	48.4
2.69-2.8	4.1	0.296	3085	0.81	72
2.8-2.93	4.8	0.249	4074	0.83	94.1
2.93-3.08	5.9	0.161	4269	0.881	99.6
3.08-3.27	6.4	0.105	4271	0.96	99.9
3.27-3.53	6.4	0.08	4310	1.095	99.9
3.53-3.88	6.4	0.068	4256	1.198	99.8
3.88-4.44	6.4	0.06	4309	1.059	99.8
4.44-5.58	6.4	0.068	4289	1.357	99.8
5.58-25	6.3	0.045	4283	1.179	99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
SHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換 / 解像度: 2.8→23.863 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.718 / SU ML: 1.23 / σ(F): 1.33 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.314	1226	6.77 %
R_work	0.261	-	-
obs	0.265	18103	98.82 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 54.646 Å² / k_sol: 0.268 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 330.34 Å² / B_iso mean: 94.783 Å² / B_iso min: 24.66 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	5.908 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	5.908 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-11.815 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→23.863 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4414	0	35	57	4506

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	4500
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.662	6068
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	715
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	780
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.852	1697

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.8-2.912	0.34	142	0.265	1793	1935	97
2.912-3.044	0.377	133	0.273	1859	1992	100
3.044-3.204	0.383	141	0.269	1865	2006	100
3.204-3.405	0.371	133	0.276	1851	1984	99
3.405-3.667	0.36	126	0.263	1837	1963	97
3.667-4.034	0.323	131	0.242	1847	1978	98
4.034-4.614	0.314	136	0.237	1900	2036	99
4.614-5.799	0.293	137	0.252	1925	2062	100
5.799-23.864	0.245	147	0.249	2000	2147	99

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -15.0892 Å / Origin y: 27.2206 Å / Origin z: 64.5259 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.6101 Å²	0.0139 Å²	0.2858 Å²	-	0.2795 Å²	-0.0391 Å²	-	-	0.2512 Å²
L	1.2865 °²	0.71 °²	-0.0605 °²	-	1.936 °²	-0.6847 °²	-	-	0.336 °²
S	-0.3253 Å °	0.1412 Å °	-0.2923 Å °	-0.9128 Å °	0.1924 Å °	-0.3095 Å °	0.2925 Å °	0.165 Å °	0.1669 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	1 - 163
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	4 - 163
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	2 - 163
4	X-RAY DIFFRACTION	1	all	D	14 - 152
5	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B - C	21 - 176
6	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	1 - 187
7	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	35 - 216

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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