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- PDB-3hh2: Crystal structure of the myostatin:follistatin 288 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hh2
タイトルCrystal structure of the myostatin:follistatin 288 complex
要素
  • Follistatin
  • Growth/differentiation factor 8
キーワードSIGNALING PROTEIN/CYTOKINE / protein-protein complex / TB domain / cystine knot motif / TGF-beta fold / disulfide linked dimer / follistatin domain (FSD) / Cleavage on pair of basic residues / Cytokine / Disulfide bond / Glycoprotein / Growth factor / Secreted / SIGNALING PROTEIN-CYTOKINE COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of muscle hypertrophy / activin receptor antagonist activity / negative regulation of skeletal muscle tissue growth / negative regulation of myoblast proliferation / myoblast migration involved in skeletal muscle regeneration / skeletal muscle satellite cell differentiation / negative regulation of skeletal muscle satellite cell proliferation / Antagonism of Activin by Follistatin / ameloblast differentiation / ovulation cycle process ...negative regulation of muscle hypertrophy / activin receptor antagonist activity / negative regulation of skeletal muscle tissue growth / negative regulation of myoblast proliferation / myoblast migration involved in skeletal muscle regeneration / skeletal muscle satellite cell differentiation / negative regulation of skeletal muscle satellite cell proliferation / Antagonism of Activin by Follistatin / ameloblast differentiation / ovulation cycle process / skeletal muscle atrophy / negative regulation of satellite cell differentiation / positive regulation of hair follicle development / response to gravity / regulation of BMP signaling pathway / gamete generation / skeletal muscle tissue regeneration / pattern specification process / activin binding / negative regulation of activin receptor signaling pathway / negative regulation of myoblast differentiation / heparan sulfate proteoglycan binding / response to muscle activity / hair follicle morphogenesis / negative regulation of epithelial cell differentiation / negative regulation of kinase activity / muscle cell cellular homeostasis / positive regulation of macrophage chemotaxis / female gonad development / odontogenesis of dentin-containing tooth / response to testosterone / keratinocyte proliferation / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / BMP signaling pathway / response to electrical stimulus / hematopoietic progenitor cell differentiation / positive regulation of lamellipodium assembly / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / cellular response to dexamethasone stimulus / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / skeletal system development / cytokine activity / growth factor activity / response to organic cyclic compound / response to estrogen / heparin binding / cellular response to hypoxia / response to ethanol / cell differentiation / signaling receptor binding / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Follistatin, N-terminal / : / Extracellular Matrix Fibrillin / TGF-beta binding (TB) domain / Follistatin/Osteonectin EGF domain / Follistatin/Osteonectin-like EGF domain / TB domain / TGF-beta binding (TB) domain superfamily / TGF-beta binding (TB) domain profile. / Follistatin-like, N-terminal ...Follistatin, N-terminal / : / Extracellular Matrix Fibrillin / TGF-beta binding (TB) domain / Follistatin/Osteonectin EGF domain / Follistatin/Osteonectin-like EGF domain / TB domain / TGF-beta binding (TB) domain superfamily / TGF-beta binding (TB) domain profile. / Follistatin-like, N-terminal / Follistatin-N-terminal domain-like / Kazal-type serine protease inhibitor domain / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 - #30 / TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / Transforming growth factor-beta-related / Kazal type serine protease inhibitors / Transforming growth factor-beta (TGF-beta) family / Transforming growth factor-beta, C-terminal / Kazal domain superfamily / Transforming growth factor beta like domain / TGF-beta family profile. / Kazal domain / Kazal domain profile. / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 / Cystine-knot cytokine / Ribbon / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / PHOSPHATE ION / Growth/differentiation factor 8 / Follistatin
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Cash, J.N. / Thompson, T.B.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2009
タイトル: The structure of myostatin:follistatin 288: insights into receptor utilization and heparin binding
著者: Cash, J.N. / Rejon, C.A. / McPherron, A.C. / Bernard, D.J. / Thompson, T.B.
履歴
登録2009年5月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Growth/differentiation factor 8
B: Growth/differentiation factor 8
C: Follistatin
D: Follistatin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,6989
ポリマ－88,0294
非ポリマー6695
水6,287349
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11050 Å2
ΔGint-66.7 kcal/mol
Surface area39490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.634, 59.540, 286.126
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological unit is a heterotetramer (dimer of dimers).

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要素

#1: タンパク質 Growth/differentiation factor 8 / GDF-8 / Myostatin


分子量: 12422.212 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 268-376 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Mstn, Gdf8 / 細胞株 (発現宿主): CHO
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: O08689
#2: タンパク質 Follistatin / FS / Activin-binding protein


分子量: 31592.205 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 30-317 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FST / 細胞株 (発現宿主): CHO
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P19883
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 349 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.11 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: PEG 1000, Ethanol, Phosphate/citrate, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 53203 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 8.9 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Χ2: 1.016 / Net I/σ(I): 16.536
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.15-2.235.50.42747051.008188.9
2.23-2.3270.42252140.982199
2.32-2.428.40.35753200.9951100
2.42-2.559.50.30753050.9981100
2.55-2.719.80.22153640.9011100
2.71-2.929.80.16753311.0631100
2.92-3.219.80.12653671.0571100
3.21-3.689.80.09654101.0941100
3.68-4.639.60.07654821.045199.9
4.63-508.90.0657050.992199.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å28.96 Å
Translation3 Å28.96 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER1.3.3位相決定
REFMAC5.4.0077精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.15→28.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 10.798 / SU ML: 0.127 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.227 / ESU R Free: 0.193 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. U VALUES: RESIDUAL ONLY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.249 2702 5.1 %RANDOM
Rwork0.208 ---
obs0.21 53005 98.55 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 81.37 Å2 / Biso mean: 25.35 Å2 / Biso min: 3.67 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20 Å2
2---0.02 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→28.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5818 0 41 349 6208
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0226068
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0251.9598243
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2645778
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.30923.871248
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.834151002
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.6871539
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.2877
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0214567
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.11323846
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.29236159
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.87322222
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.03932076
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.21 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.302 154 -
Rwork0.267 3191 -
all-3345 -
obs--85.33 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.0453-2.36981.28716.0654-2.96957.93730.0158-0.13530.3399-0.2676-0.1849-0.3141-0.32420.38280.16910.1832-0.03250.00170.12820.04110.2247-18.4249-1.934829.6109
21.9355-0.7361.10571.7981-3.582612.0328-0.0732-0.20240.18580.2176-0.0624-0.0445-0.51640.42370.13560.1731-0.0054-0.01410.1237-0.0170.1866-17.9295-2.319947.3989
32.8517-0.327-1.29024.8394-2.04282.8092-0.17750.05770.064-0.04690.29910.3987-0.3815-0.2145-0.12160.14990.0331-0.03440.1526-0.02770.1784-18.3751-8.157158.4662
43.5639-0.2193.29322.0549-1.04926.0065-0.1773-0.15780.28190.1498-0.0242-0.088-0.4777-0.11260.20150.17760.01660.00830.1163-0.01850.1935-17.8506-4.469443.4909
53.47470.8152-1.47195.8322-0.06462.6920.02510.07140.3284-0.21030.07950.2068-0.0375-0.2343-0.10460.16680.0212-0.02880.16680.0130.1673-29.3078-15.395523.109
66.5495-1.72360.901710.714910.364311.07730.12970.02410.265-0.2098-0.22370.4345-0.6103-0.19130.0940.13690.00190.00050.21440.04130.2528-41.6458-17.289326.239
79.9433-4.05735.98435.4633-1.18427.81720.0765-0.1204-0.0498-0.17960.00980.33250.0216-0.3006-0.08630.1949-0.02050.02960.15690.03650.1637-25.1914-12.507632.9771
81.7189-0.18870.58732.14490.41414.5014-0.0217-0.09810.06370.099-0.0053-0.0307-0.0679-0.06290.02690.13470.0327-0.01640.1773-0.02070.2086-13.7316-16.283956.9248
90.7938-0.76711.87231.0128-2.21548.41660.1650.0662-0.0253-0.1573-0.03270.03990.2980.2701-0.13230.17190.0135-0.00480.1428-0.00610.1753-15.6461-14.697244.3777
102.0472-0.5772-3.72475.23953.58378.041-0.1080.101-0.2585-0.0019-0.39260.52680.5306-0.76420.50060.1143-0.01580.07350.2601-0.04890.2425-41.4588-26.112740.1591
112.0241-0.4624-0.31621.94832.30957.7732-0.07120.1430.01530.017-0.19540.31130.0182-0.38060.26670.10620.00030.0150.1781-0.00930.2133-38.4746-25.041429.8832
126.7131-0.2231-0.31730.3807-1.11333.39910.12060.20480.5865-0.1081-0.14610.3168-0.3448-0.47950.02560.16160.0156-0.00050.1806-0.02030.1459-32.3872-26.860812.2181
133.6979-1.9758-2.61335.82844.15458.5702-0.08880.3774-0.2112-0.1317-0.14560.2970.1712-0.48790.23430.1136-0.0119-0.0020.2152-0.00670.1772-36.4119-29.324723.4909
145.78554.04314.68213.17354.47747.9643-0.1162-0.06040.3329-0.0506-0.28010.3213-0.4314-0.35290.39630.11360.05460.0280.16660.00020.1959-35.359-14.874145.2926
158.7450.5929-0.77112.6645-4.22971.45030.05210.06260.0621-0.0953-0.03010.08230.0305-0.0537-0.02190.17550.0008-0.00430.2044-0.01140.1628-24.3154-12.565445.8434
161.64830.05930.19689.79354.9443.1167-0.11540.09130.5676-0.51260.15470.4704-0.3197-0.1869-0.03930.22040.00170.01590.2246-0.00410.2788-27.6135-1.891143.3729
171.9899-1.391-2.74573.36885.45959.08930.0504-0.10510.1396-0.0850.02670.0339-0.12640.0946-0.07710.17750.01360.01090.18880.00770.208-28.1723-24.582630.8948
181.5191-1.2004-2.28661.24262.1346.0796-0.0122-0.08470.0384-0.01850.10690.02570.02010.2779-0.09470.169-0.0103-0.00780.1775-0.01040.1814-24.9635-28.794220.0035
192.28860.78360.78773.12560.42364.05970.0515-0.0423-0.00560.1024-0.02270.29510.2136-0.2616-0.02880.11580.00340.02840.188-0.00470.1863-35.6731-26.480154.0172
203.65072.47620.44363.19860.23391.32140.0422-0.15190.23750.3182-0.05940.2427-0.0659-0.17190.01720.12670.0340.01320.1794-0.02960.14-28.6115-20.44658.9055
214.7127-1.32640.83995.1442-1.29779.63840.15650.4101-0.4404-0.2179-0.1180.60760.5704-0.2943-0.03850.2583-0.03690.01720.1975-0.03650.1692-38.37-42.1547.5864
220.1944-0.7101-1.10982.60243.89049.54660.0008-0.0114-0.10180.1024-0.08920.19130.148-0.24380.08840.2383-0.0355-0.00650.1799-0.00570.18-34.2213-48.526638.3788
233.1029-1.44670.50147.1695-0.25924.0777-0.064-0.11310.20750.2885-0.00930.0477-0.2956-0.16240.07340.24940.0179-0.04240.11230.00290.1416-29.2974-45.76626.4492
243.24251.4553-0.73383.3059-0.30412.0685-0.12270.0935-0.1355-0.08220.1373-0.11650.2364-0.0702-0.01470.21190.02790.00030.1357-0.01320.139-26.2578-46.824411.2933
257.01122.3849-1.77587.621-5.14873.48280.0674-0.12260.036-0.32190.48671.19160.0112-1.0299-0.55410.13570.1414-0.02060.38050.02660.1232-34.8252-27.836-1.3119
262.66830.123-0.34352.5702-1.49474.5419-0.03330.11620.2137-0.21670.04210.033-0.1691-0.187-0.00890.22270.0451-0.02130.1966-0.00450.1157-21.9734-28.5262-5.5951
273.062-0.4239-0.00933.86611.79582.52910.1197-0.37630.24740.3113-0.07-0.2168-0.04320.104-0.04960.2152-0.00410.01950.175-0.02180.1071-8.9401-26.7307-0.2736
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2911.4829-3.63692.30581.1991-1.3939.7655-0.2121-0.3243-0.48640.14160.382-0.96460.47550.7563-0.16980.4141-0.0446-0.07720.09680.01580.29250.9484-41.57514.8269
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316.1555-0.8245-0.8192.7629-0.736912.2047-0.3301-0.20860.37640.26-0.0041-0.1493-0.25760.25720.33410.2428-0.0184-0.01860.21990.0260.2052-0.7928-4.199323.3471
320.2413-0.1036-0.96161.77953.55439.5209-0.2112-0.02930.407-0.2944-0.2344-0.3535-1.28930.49010.44560.3009-0.1705-0.04910.14080.06520.24677.4763-2.281641.1505
336.1944-0.74190.56593.0062-1.03059.372-0.11020.3532-0.0023-0.1858-0.07310.1292-0.3181-0.04020.18330.06270.0090.00250.1767-0.0470.1853.0274-10.260645.2714
342.40570.8841-0.9022.489-1.23114.16670.1117-0.0743-0.01290.177-0.168-0.3143-0.23040.30140.05630.06380.0191-0.03350.1804-0.0180.20381.2962-11.884359.3432
356.8884-2.0937-5.27459.1959-0.60234.6070.7208-0.20481.1462-0.00830.2457-0.3609-0.5857-0.1799-0.96650.29760.1139-0.03180.1788-0.10350.0651-17.8597-5.474872.8005
361.7468-0.0943-1.76371.84580.28292.91260.0608-0.1530.09830.0875-0.0667-0.0223-0.35-0.01280.0060.18830.0441-0.02950.1892-0.03050.1111-14.4073-14.809574.965
373.6852-1.26252.62444.29291.44069.7871-0.0316-0.2705-0.33280.1983-0.00510.34920.0049-0.82560.03670.15760.00540.04750.2540.05130.1168-23.6289-27.645179.9363
381.9779-1.15021.0682.5053-1.10440.70390.23480.3036-0.2948-0.3182-0.11290.00430.20780.2931-0.12190.13330.0587-0.03130.2344-0.01560.1175-13.9692-33.283570.8552
394.8707-1.9248-1.12346.58753.52498.91990.11480.4625-0.0115-0.4970.00820.00210.0515-0.0255-0.1230.19240.0449-0.05270.17630.01230.2096-15.3022-36.948667.5641
407.9946-1.6771-2.092214.69125.226614.85390.26920.4306-0.5381-0.4823-0.3159-0.4576-0.02051.10780.04670.14850.03370.04510.37990.02170.2317-3.6187-36.96666.0799
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 17
2X-RAY DIFFRACTION2A18 - 25
3X-RAY DIFFRACTION3A26 - 34
4X-RAY DIFFRACTION4A35 - 47
5X-RAY DIFFRACTION5A48 - 62
6X-RAY DIFFRACTION6A63 - 70
7X-RAY DIFFRACTION7A71 - 78
8X-RAY DIFFRACTION8A79 - 92
9X-RAY DIFFRACTION9A93 - 109
10X-RAY DIFFRACTION10B1 - 13
11X-RAY DIFFRACTION11B14 - 24
12X-RAY DIFFRACTION12B25 - 34
13X-RAY DIFFRACTION13B35 - 43
14X-RAY DIFFRACTION14B44 - 53
15X-RAY DIFFRACTION15B54 - 60
16X-RAY DIFFRACTION16B61 - 71
17X-RAY DIFFRACTION17B72 - 84
18X-RAY DIFFRACTION18B85 - 109
19X-RAY DIFFRACTION19C1 - 37
20X-RAY DIFFRACTION20C38 - 63
21X-RAY DIFFRACTION21C64 - 79
22X-RAY DIFFRACTION22C80 - 99
23X-RAY DIFFRACTION23C100 - 128
24X-RAY DIFFRACTION24C129 - 162
25X-RAY DIFFRACTION25C163 - 177
26X-RAY DIFFRACTION26C178 - 222
27X-RAY DIFFRACTION27C223 - 253
28X-RAY DIFFRACTION28C254 - 280
29X-RAY DIFFRACTION29C281 - 288
30X-RAY DIFFRACTION30D1 - 63
31X-RAY DIFFRACTION31D64 - 86
32X-RAY DIFFRACTION32D87 - 99
33X-RAY DIFFRACTION33D100 - 124
34X-RAY DIFFRACTION34D125 - 162
35X-RAY DIFFRACTION35D163 - 177
36X-RAY DIFFRACTION36D178 - 211
37X-RAY DIFFRACTION37D212 - 227
38X-RAY DIFFRACTION38D228 - 261
39X-RAY DIFFRACTION39D262 - 279
40X-RAY DIFFRACTION40D280 - 287

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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