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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5jhw | ||||||||||||
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Title | Crystal Structure of the GDF11:Follistatin 288 complex | ||||||||||||
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![]() | CYTOKINE/Signaling Protein / GDF11 / follistatin / TGFbeta / Ligand / CYTOKINE-Signaling Protein complex | ||||||||||||
Function / homology | ![]() spinal cord anterior/posterior patterning / type B pancreatic cell maturation / negative regulation of amacrine cell differentiation / activin receptor antagonist activity / Antagonism of Activin by Follistatin / amacrine cell differentiation / ameloblast differentiation / positive regulation of hair follicle development / regulation of BMP signaling pathway / gamete generation ...spinal cord anterior/posterior patterning / type B pancreatic cell maturation / negative regulation of amacrine cell differentiation / activin receptor antagonist activity / Antagonism of Activin by Follistatin / amacrine cell differentiation / ameloblast differentiation / positive regulation of hair follicle development / regulation of BMP signaling pathway / gamete generation / camera-type eye morphogenesis / pattern specification process / activin binding / activin receptor signaling pathway / SMAD protein signal transduction / negative regulation of activin receptor signaling pathway / metanephros development / heparan sulfate proteoglycan binding / ureteric bud development / negative regulation of epithelial cell differentiation / hair follicle morphogenesis / female gonad development / roof of mouth development / odontogenesis of dentin-containing tooth / mesoderm development / positive regulation of SMAD protein signal transduction / keratinocyte proliferation / BMP signaling pathway / hematopoietic progenitor cell differentiation / skeletal system development / cytokine activity / growth factor activity / response to organic cyclic compound / nervous system development / cell population proliferation / cell differentiation / negative regulation of cell population proliferation / intracellular membrane-bounded organelle / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / extracellular space / extracellular region / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | ![]() | ||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Walker, R.G. / Thompson, T.B. | ||||||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structural basis for potency differences between GDF8 and GDF11. Authors: Walker, R.G. / Czepnik, M. / Goebel, E.J. / McCoy, J.C. / Vujic, A. / Cho, M. / Oh, J. / Aykul, S. / Walton, K.L. / Schang, G. / Bernard, D.J. / Hinck, A.P. / Harrison, C.A. / Martinez- ...Authors: Walker, R.G. / Czepnik, M. / Goebel, E.J. / McCoy, J.C. / Vujic, A. / Cho, M. / Oh, J. / Aykul, S. / Walton, K.L. / Schang, G. / Bernard, D.J. / Hinck, A.P. / Harrison, C.A. / Martinez-Hackert, E. / Wagers, A.J. / Lee, R.T. / Thompson, T.B. | ||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 325.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 267.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 5ji1C ![]() 5uhmC ![]() 3hh2S C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1
NCS ensembles :
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Components
#1: Protein | Mass: 12471.309 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 299-407 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 31592.205 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 30-317 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-FLC / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.74 Å3/Da / Density % sol: 55.09 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4.2 Details: 100mM Phosphate/Citrate pH 4.2, 14% EtOH, 1% PEG 1000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Mar 11, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.03321 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.2→72.11 Å / Num. obs: 49861 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 3.7 % / CC1/2: 0.74 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 10 |
Reflection shell | Resolution: 2.35→2.43 Å / Redundancy: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.519 / % possible all: 100 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3HH2 Resolution: 2.35→41.276 Å / SU ML: 0.3 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 25.04
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 144.58 Å2 / Biso mean: 60.65 Å2 / Biso min: 25.32 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.35→41.276 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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