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- PDB-5ji1: Crystal Structure of GDF8 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ji1
タイトルCrystal Structure of GDF8
要素Growth/differentiation factor 8
キーワードCYTOKINE / GDF8 / myostatin / TGFbeta / Ligand
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of muscle hypertrophy / negative regulation of skeletal muscle tissue growth / negative regulation of myoblast proliferation / skeletal muscle satellite cell differentiation / myoblast migration involved in skeletal muscle regeneration / negative regulation of skeletal muscle satellite cell proliferation / negative regulation of kinase activity / ovulation cycle process / skeletal muscle atrophy / negative regulation of satellite cell differentiation ...negative regulation of muscle hypertrophy / negative regulation of skeletal muscle tissue growth / negative regulation of myoblast proliferation / skeletal muscle satellite cell differentiation / myoblast migration involved in skeletal muscle regeneration / negative regulation of skeletal muscle satellite cell proliferation / negative regulation of kinase activity / ovulation cycle process / skeletal muscle atrophy / negative regulation of satellite cell differentiation / response to gravity / negative regulation of myoblast differentiation / skeletal muscle tissue regeneration / muscle cell cellular homeostasis / response to muscle activity / positive regulation of macrophage chemotaxis / response to testosterone / response to electrical stimulus / positive regulation of lamellipodium assembly / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cellular response to dexamethasone stimulus / protein serine/threonine kinase activator activity / cytokine activity / growth factor activity / response to estrogen / heparin binding / cellular response to hypoxia / response to ethanol / signaling receptor binding / positive regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / Transforming growth factor-beta-related / Transforming growth factor-beta (TGF-beta) family / Transforming growth factor-beta, C-terminal / Transforming growth factor beta like domain / TGF-beta family profile. / Cystine-knot cytokine
類似検索 - ドメイン・相同性
Growth/differentiation factor 8
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Walker, R.G. / Thompson, T.B.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM114640 米国
Muscular Dystrophy Association240087 米国
American Heart Association12PRE11790027 米国
引用ジャーナル: BMC Biol. / 年: 2017
タイトル: Structural basis for potency differences between GDF8 and GDF11.
著者: Walker, R.G. / Czepnik, M. / Goebel, E.J. / McCoy, J.C. / Vujic, A. / Cho, M. / Oh, J. / Aykul, S. / Walton, K.L. / Schang, G. / Bernard, D.J. / Hinck, A.P. / Harrison, C.A. / Martinez- ...著者: Walker, R.G. / Czepnik, M. / Goebel, E.J. / McCoy, J.C. / Vujic, A. / Cho, M. / Oh, J. / Aykul, S. / Walton, K.L. / Schang, G. / Bernard, D.J. / Hinck, A.P. / Harrison, C.A. / Martinez-Hackert, E. / Wagers, A.J. / Lee, R.T. / Thompson, T.B.
履歴
登録2016年4月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Growth/differentiation factor 8
B: Growth/differentiation factor 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6729
ポリマ－24,8442
非ポリマー8277
水54030
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2990 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area12140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)29.606, 77.739, 119.544
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Auth seq-ID: 1 - 109 / Label seq-ID: 1 - 109

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1chain AAA
2chain BBB

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要素

#1: タンパク質 Growth/differentiation factor 8 / GDF-8 / Myostatin


分子量: 12422.212 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 268-376 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Mstn, Gdf8 / Cell (発現宿主): CHO
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: O08689
#2: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.57 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 100mM 2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid pH 6.0, 40% 2-Methyl-2,4-pentanediol
PH範囲: 5-10.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→47.38 Å / Num. obs: 13830 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 44.99 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.085 / Net I/σ(I): 18.2 / Num. measured all: 98443
反射 シェル解像度: 2.25→2.32 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 1.102 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
Aimless0.5.23データスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3HH2

3hh2


解像度: 2.25→36.965 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 28.37
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2773 985 7.15 %
Rwork0.2348 --
obs0.2377 13776 99.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 152.73 Å2 / Biso mean: 66.8889 Å2 / Biso min: 23.68 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.25→36.965 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1435 0 56 30 1521
Biso mean--84.82 53.53 -
残基数----187
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0031540
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9512076
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039211
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006263
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.274548
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A774X-RAY DIFFRACTION11.368TORSIONAL
12B774X-RAY DIFFRACTION11.368TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.2502-2.36880.34781320.335517801912
2.3688-2.51720.35281460.31717991945
2.5172-2.71150.33081490.287617801929
2.7115-2.98430.31581300.266918231953
2.9843-3.41580.25671280.232418091937
3.4158-4.30250.26011600.192418462006
4.3025-36.96960.25211400.219719542094
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.17771.53110.06172.0257-0.16942.5561-0.3228-0.22050.1671-0.27650.4815-0.23330.1077-0.0151-0.00350.5242-0.00860.02230.4650.03640.54035.8459-2.9145-36.9344
20.24850.66330.56473.10912.71462.38320.1648-0.3860.09640.34680.4530.4380.1623-1.74380.05820.42280.14040.06370.90120.39130.558-3.8798-3.956-19.5276
31.0615-0.29170.32770.9217-0.06611.4080.2110.2036-1.8365-0.8520.5250.12441.28810.32160.02210.82430.0802-0.05580.63110.10811.058711.4-16.7247-31.1697
43.67281.99022.21012.0357-0.20053.72360.368-1.31140.15450.3674-0.1337-0.076-0.05970.4090.08270.50080.001-0.03280.75150.20230.46442.7399-6.8289-11.6846
50.55940.6060.2122.2812-0.60220.9341-0.20091.1551-0.6155-0.32660.43580.11980.5889-0.4037-0.00070.7993-0.101-0.010.8659-0.05960.4937.9255-33.9605-38.4001
62.35290.5981-1.28172.37270.40261.98380.04810.7263-0.30750.09480.95030.2524-0.68681.17020.05970.4303-0.04440.05160.3538-0.15460.471618.041-32.4864-25.2871
70.1155-0.2093-0.15172.3496-1.23491.5670.1732-1.07680.9590.6404-0.7242-0.8119-1.40471.2122-0.30840.4994-0.1723-0.08120.8146-0.41850.366222.9932-32.1007-12.0379
81.48661.0403-0.46191.61040.65041.2144-0.1789-0.02980.3827-0.00460.4035-0.11840.05670.8575-0.00060.42840.01050.01980.3892-0.10210.351114.2068-32.8245-26.1565
90.5021-0.2005-0.49410.31320.47030.9631-0.48830.97150.2224-0.2342-0.88741.3046-1.4168-0.4565-0.02451.0352-0.1226-0.0570.61760.20711.03883.3216-17.5052-31.9384
102.25270.5782-0.18950.7080.58580.7726-0.0253-0.93510.36630.205-0.08010.208-0.4208-0.2802-0.00540.4969-0.06370.00360.3824-0.11910.510410.1059-31.0219-17.0258
111.4341-0.7496-0.12160.38850.06380.0093-0.3055-0.83810.2626-0.00230.55790.1175-0.6376-0.0749-0.01131.0022-0.21920.11341.6733-0.25571.094521.5113-28.05310.8805
124.58271.9449-1.57862.96451.30652.9722-0.0266-1.20890.26460.05530.03270.4824-0.7163-0.97120.09540.35030.00840.06940.4018-0.11280.41197.7647-30.7252-18.4776
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 15 )A1 - 15
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 16 through 44 )A16 - 44
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 45 through 78 )A45 - 78
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 79 through 109 )A79 - 109
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 1 through 15 )B1 - 15
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 16 through 27 )B16 - 27
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 28 through 36 )B28 - 36
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 37 through 44 )B37 - 44
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 45 through 73 )B45 - 73
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 74 through 87 )B74 - 87
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 88 through 92 )B88 - 92
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 93 through 109 )B93 - 109

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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