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万見
- PDB-3hgt: Structural and functional studies of the yeast class II Hda1 HDAC... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hgt
タイトルStructural and functional studies of the yeast class II Hda1 HDAC complex
要素HDA1 complex subunit 3
キーワードTRANSCRIPTION / RecA-like domain / SWI2/SNF2 helical domain / Chromatin regulator / Coiled coil / Nucleus / Repressor / Transcription regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


HDA1 complex / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / chromosome segregation / chromatin remodeling / chromatin binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Rossmann fold - #12360 / HDA1 complex subunit 2/3 / HDA1 complex subunit 3 / HDA1 complex subunit 2/3 superfamily / Class II histone deacetylase complex subunits 2 and 3 / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HDA1 complex subunit 3
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Lee, J.H. / Maskos, K. / Huber, R.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Structural and Functional Studies of the Yeast Class II Hda1 Histone Deacetylase Complex.
著者: Lee, J.H. / Maskos, K. / Huber, R.
履歴
登録2009年5月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年11月10日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HDA1 complex subunit 3
B: HDA1 complex subunit 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,5252
ポリマ－75,5252
非ポリマー00
水2,684149
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1540 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area27270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.180, 116.570, 55.190
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.42, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain A and (resseq 27:165 or resseq 173:223 or resseq 233:328 )
211chain B and (resseq 27:165 or resseq 173:223 or resseq 233:328 )

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要素

#1: タンパク質 HDA1 complex subunit 3 / scHda3pDBD3 / Histone deacetylase complex 1 subunit 3


分子量: 37762.480 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 6-333 / 変異: K168A, Q169A, K170A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: HDA3, PLO1, YPR179C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q06623
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.22 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 103 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.0007 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2008年9月2日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0007 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: L,-K,H / Fraction: 0.296
反射解像度: 2.2→30 Å / Num. obs: 33474 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Rsym value: 0.043
反射 シェル解像度: 2.2→2.34 Å / Rsym value: 0.11 / % possible all: 88.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→19.983 Å / σ(F): 1.52 / 位相誤差: 32.33 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2367 1741 5.21 %random
Rwork0.1975 ---
all0.1995 33474 --
obs0.1995 33430 95.45 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50.784 Å2 / ksol: 0.373 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.1162 Å2-0 Å24.4999 Å2
2--9.3349 Å20 Å2
3----6.5787 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→19.983 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4664 0 0 149 4813
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074774
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.086482
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.431752
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072746
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004808
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A2333X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B2333X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.029
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 17 / % reflection obs: 98 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
2.2-2.24480.3626790.30671503
2.2448-2.29360.3622980.2981872
2.2936-2.34690.3178950.2781796
2.3469-2.40550.2939980.27441860
2.4055-2.47040.2492990.26981878
2.4704-2.54290.3195970.26671858
2.5429-2.62480.34031000.27091896
2.6248-2.71840.287990.26521884
2.7184-2.8270.32421000.26651882
2.827-2.95530.30931000.23941909
2.9553-3.11050.26351000.22021906
3.1105-3.30460.20811010.20891908
3.3046-3.55840.2111990.17941896
3.5584-3.91410.19761020.15631933
3.9141-4.47490.19191000.12721895
4.4749-5.61710.19961030.13411950
5.6171-19.98360.16631010.16731933

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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