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- PDB-3hgr: Crystal structure of tomato OPR1 in complex with pHB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hgr
タイトルCrystal structure of tomato OPR1 in complex with pHB
要素12-oxophytodienoate reductase 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / alpha beta barrel / reductase / complex / flavoprotein / enantioselectivity / Cytoplasm / Fatty acid biosynthesis / FMN / Lipid synthesis / NADP / Oxylipin biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


12-oxophytodienoate reductase / 12-oxophytodienoate reductase activity / oxylipin biosynthetic process / fatty acid biosynthetic process / FMN binding / oxidoreductase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Oxidoreductase Oye-like / NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase, N-terminal / NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / P-HYDROXYBENZOIC ACID / 12-oxophytodienoate reductase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Solanum lycopersicum (トマト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Clausen, T. / Breithaupt, C.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Structural basis of substrate specificity of plant 12-oxophytodienoate reductases.
著者: Breithaupt, C. / Kurzbauer, R. / Schaller, F. / Stintzi, A. / Schaller, A. / Huber, R. / Macheroux, P. / Clausen, T.
履歴
登録2009年5月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32021年10月13日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 12-oxophytodienoate reductase 1
B: 12-oxophytodienoate reductase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,0756
ポリマ－84,8862
非ポリマー1,1894
水5,206289
1
A: 12-oxophytodienoate reductase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0383
ポリマ－42,4431
非ポリマー5942
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: 12-oxophytodienoate reductase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0383
ポリマ－42,4431
非ポリマー5942
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.440, 71.990, 72.040
Angle α, β, γ (deg.)63.090, 84.450, 78.060
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 12-oxophytodienoate reductase 1 / 12-oxophytodienoate-10 / 11-reductase 1 / OPDA-reductase 1 / LeOPR1


分子量: 42443.035 Da / 分子数: 2 / 変異: R142M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Solanum lycopersicum (トマト) / 遺伝子: OPR1 / プラスミド: pGEX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3) / 参照: UniProt: Q9XG54, 12-oxophytodienoate reductase
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 化合物 ChemComp-PHB / P-HYDROXYBENZOIC ACID / 4-ヒドロキシ安息香酸


分子量: 138.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 289 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.82 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100 mM Tris/HCl, 2% PEG400, 1.45 M ammonium sulfate, pH 7.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年11月24日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→20 Å / Num. all: 41232 / Num. obs: 40037 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.93 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.2 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 80.1

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
MAR345dtbデータ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→20 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.254 1969 4.7 %random
Rwork0.203 ---
all0.208 ---
obs0.208 40035 96.2 %-
溶媒の処理Bsol: 44.505 Å2
原子変位パラメータBiso max: 71.95 Å2 / Biso mean: 34.462 Å2 / Biso min: 14.14 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--9.58 Å29.757 Å213.382 Å2
2--2.624 Å2-6.436 Å2
3---6.956 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5544 0 80 289 5913
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.6691.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.8322
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.5692
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.9292.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2fmn.par
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION4phb.par

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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