PDB-3hgm: Universal Stress Protein TeaD from the TRAP transporter TeaABC of...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3hgm

タイトル

Universal Stress Protein TeaD from the TRAP transporter TeaABC of Halomonas elongata

要素

Universal Stress Protein TeaD

キーワード

SIGNALING PROTEIN / universal Stress protein / Rossmann fold

機能・相同性

機能・相同性情報

ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Halomonas elongata (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Schweikhard, E.S. / Kuhlmann, S.I. / Ziegler, C.M.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Structure and function of the universal stress protein TeaD and its role in regulating the ectoine transporter TeaABC of Halomonas elongata DSM 2581(T)
著者: Schweikhard, E.S. / Kuhlmann, S.I. / Kunte, H.J. / Grammann, K. / Ziegler, C.M.

履歴

登録	2009年5月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2010年3月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2014年2月12日	Group: Database references
改定 1.3	2014年11月12日	Group: Structure summary
改定 1.4	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3hgm.cif.gz	220.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3hgm.ent.gz	176.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3hgm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3hgm_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3hgm_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	3hgm_validation.xml.gz	23.7 KB	表示
CIF形式データ	3hgm_validation.cif.gz	31.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hg/3hgm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hg/3hgm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2z09S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5zky-d 2nqd-d 3it9-2 3itb-2 5jyl-2 3ita-2 1a6q-d 4j38-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Universal Stress Protein TeaD

B: Universal Stress Protein TeaD

C: Universal Stress Protein TeaD

D: Universal Stress Protein TeaD

ヘテロ分子

65.1 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Universal Stress Protein TeaD

B: Universal Stress Protein TeaD

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32.6 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Universal Stress Protein TeaD

D: Universal Stress Protein TeaD

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.050, 74.650, 97.000
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 2

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	MET	MET	PHE	PHE	A	A	1 - 39	1 - 39
2	1	MET	MET	PHE	PHE	B	B	1 - 39	1 - 39
3	1	MET	MET	PHE	PHE	C	C	1 - 39	1 - 39
4	1	MET	MET	PHE	PHE	D	D	1 - 39	1 - 39
1	2	LEU	LEU	GLY	GLY	A	A	82 - 96	82 - 96
2	2	LEU	LEU	GLY	GLY	B	B	82 - 96	82 - 96
3	2	LEU	LEU	GLY	GLY	C	C	82 - 96	82 - 96
4	2	LEU	LEU	GLY	GLY	D	D	82 - 96	82 - 96
1	3	ARG	ARG	THR	THR	A	A	109 - 121	109 - 121
2	3	ARG	ARG	THR	THR	B	B	109 - 121	109 - 121
3	3	ARG	ARG	THR	THR	C	C	109 - 121	109 - 121
4	3	ARG	ARG	THR	THR	D	D	109 - 121	109 - 121
1	4	GLY	GLY	VAL	VAL	A	A	130 - 147	130 - 147
2	4	GLY	GLY	VAL	VAL	B	B	130 - 147	130 - 147
3	4	GLY	GLY	VAL	VAL	C	C	130 - 147	130 - 147
4	4	GLY	GLY	VAL	VAL	D	D	130 - 147	130 - 147

#1: タンパク質	Universal Stress Protein TeaD 分子量: 15746.361 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Halomonas elongata (バクテリア) / 遺伝子: TeaD / プラスミド: pET 22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: D4AEP4, UniProt: E1VBK4*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP 分子量: 507.181 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.1 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 100mM Tris pH 7.5, 200mM (NH4)2SO4, 15% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 74 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9765 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9765 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→20 Å / Num. all: 43071 / Num. obs: 42968 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 13.21 / 冗長度: 4.8 % / B_iso Wilson estimate: 40.4 Å² / R_merge(I) obs: 0.081
反射シェル	解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.734 / Mean I/σ(I) obs: 2.21 / Num. unique all: 3183 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0072	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Poly alanine model of pdb entry 2Z09

2z09

解像度: 1.9→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.933 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.1 / SU B: 9.429 / SU ML: 0.123 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 2 / ESU R: 2.032 / ESU R Free: 0.161 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.251	2166	5 %	RANDOM
R_work	0.218	40803	-	-
obs	0.22	40803	99.88 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 63.15 Å² / B_iso mean: 36.271 Å² / B_iso min: 21.72 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.72 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.56 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.27 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4258	0	128	96	4482

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.022	4472
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3068
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.075	2.021	6061
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.759	3	7483
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.597	5	569
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.543	22.727	165
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.27	15	783
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.612	15	43
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.048	0.2	711
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.021	4849
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	870
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.836	3	2829
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.29	3	1168
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.465	5	4526
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.654	6	1643
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.784	8	1531
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	0.694	3	7540
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	2.087	3	101
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	0.747	3	7479

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
A	494	TIGHT POSITIONAL	0.11	0.05
B	494	TIGHT POSITIONAL	0.12	0.05
C	494	TIGHT POSITIONAL	0.1	0.05
D	494	TIGHT POSITIONAL	0.13	0.05
A	536	MEDIUM POSITIONAL	0.29	0.5
B	536	MEDIUM POSITIONAL	0.31	0.5
C	536	MEDIUM POSITIONAL	0.33	0.5
D	536	MEDIUM POSITIONAL	0.43	0.5
A	494	TIGHT THERMAL	0.31	0.5
B	494	TIGHT THERMAL	0.34	0.5
C	494	TIGHT THERMAL	0.32	0.5
D	494	TIGHT THERMAL	0.24	0.5
A	536	MEDIUM THERMAL	0.21	2
B	536	MEDIUM THERMAL	0.22	2
C	536	MEDIUM THERMAL	0.22	2
D	536	MEDIUM THERMAL	0.19	2

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.291	153	-
R_work	0.287	2959	-
all	-	3112	-
obs	-	-	99.58 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6325	-1.1096	0.2054	1.8219	-1.0485	2.4848	-0.0483	-0.0843	-0.2242	0.096	0.0868	0.0615	0.3535	-0.0225	-0.0385	0.1001	0.0067	-0.0051	0.0159	-0.0055	0.0389	23.4531	3.9043	13.825
2	1.9742	-0.4999	-1.6413	1.7025	0.0397	2.881	0.0814	0.074	0.0884	-0.0969	0.073	-0.0198	0.0043	0.0168	-0.1544	0.0093	0.0035	0.0029	0.0221	0.0028	0.0321	32.0978	14.8227	-12.0115
3	1.4675	-0.8129	-0.1561	1.6615	0.3244	2.7997	-0.1565	0.0031	0.193	0.1073	-0.0594	-0.0346	-0.2407	0.1516	0.2158	0.0916	-0.01	-0.0879	0.0475	0.0238	0.1048	49.21	-9.9713	14.1179
4	1.7552	0.3811	0.2948	3.1543	-0.2939	3.8703	-0.0521	0.0939	-0.0664	0.0448	0.0283	-0.0481	0.1547	-0.1115	0.0238	0.0123	-0.0041	-0.0017	0.0174	-0.0134	0.0211	44.9854	-10.6074	-14.5146

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 147
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 147
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 147
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 147

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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