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- PDB-3hgk: crystal structure of effect protein AvrptoB complexed with kinase Pto -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hgk
タイトルcrystal structure of effect protein AvrptoB complexed with kinase Pto
要素
  • Effector protein hopAB2
  • Protein kinase
キーワードTRANSFERASE / five helices / Pto P+1 loop / ATP-binding / Kinase / Nucleotide-binding / Serine/threonine-protein kinase / Hypersensitive response elicitation / Ligase / Secreted / Ubl conjugation / Ubl conjugation pathway / Virulence
機能・相同性
機能・相同性情報


effector-mediated suppression of host pattern-triggered immunity / symbiont-mediated perturbation of host defense-related programmed cell death / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / transferase activity / protein serine/threonine kinase activity / extracellular region / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Monooxygenase - #110 / Effector protein HopAB, E3 ubiquitin ligase domain / Effector protein HopAB, E3 ubiquitin ligase domain superfamily / AvrPtoB E3 ubiquitin ligase / Effector protein HopAB, BAK1-binding domain / Effector protein HopAB, BAK1-binding domain superfamily / Avirulence AvrPtoB, BAK1-binding domain / Effector protein HopAB, Pto-binding domain / Receptor-like protein kinase ANXUR1-like / Monooxygenase ...Monooxygenase - #110 / Effector protein HopAB, E3 ubiquitin ligase domain / Effector protein HopAB, E3 ubiquitin ligase domain superfamily / AvrPtoB E3 ubiquitin ligase / Effector protein HopAB, BAK1-binding domain / Effector protein HopAB, BAK1-binding domain superfamily / Avirulence AvrPtoB, BAK1-binding domain / Effector protein HopAB, Pto-binding domain / Receptor-like protein kinase ANXUR1-like / Monooxygenase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein kinase / Effector protein HopAB2
類似検索 - 構成要素
生物種Solanum pimpinellifolium (ナス科)
Pseudomonas syringae pv. tomato (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Dong, J. / Fan, F. / Gu, L. / Chai, J.
引用ジャーナル: Plant Cell / 年: 2009
タイトル: Crystal Structure of the Complex between Pseudomonas Effector AvrPtoB and the Tomato Pto Kinase Reveals Both a Shared and a Unique Interface Compared with AvrPto-Pto
著者: Dong, J. / Xiao, F. / Fan, F. / Gu, L. / Cang, H. / Martin, G.B. / Chai, J.
履歴
登録2009年5月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年11月10日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein kinase
B: Protein kinase
C: Protein kinase
D: Protein kinase
E: Effector protein hopAB2
F: Effector protein hopAB2
G: Effector protein hopAB2
H: Effector protein hopAB2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)187,0368
ポリマ－187,0368
非ポリマー00
水00
1
A: Protein kinase
F: Effector protein hopAB2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7592
ポリマ－46,7592
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1790 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area18410 Å2
手法PISA
2
B: Protein kinase
E: Effector protein hopAB2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7592
ポリマ－46,7592
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1890 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area18080 Å2
手法PISA
3
C: Protein kinase
G: Effector protein hopAB2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7592
ポリマ－46,7592
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1930 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area17880 Å2
手法PISA
4
D: Protein kinase
H: Effector protein hopAB2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7592
ポリマ－46,7592
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1800 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area18250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.070, 104.470, 298.860
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
Protein kinase / Pto / Pto disease resistance protein / Pto kinase / Serine/threonine protein kinase Pto


分子量: 37330.395 Da / 分子数: 4 / 変異: D193G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Solanum pimpinellifolium (ナス科) / 遺伝子: Pto / プラスミド: PET-30A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q40234
#2: タンパク質
Effector protein hopAB2 / AvrPtoB / Avirulence protein avrPtoB / E3 ubiquitin-protein ligase


分子量: 9428.645 Da / 分子数: 4 / Fragment: UNP residues 121-205 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas syringae pv. tomato (バクテリア)
遺伝子: hopAB2, avrPtoB, PSPTO_3087 / 生物種 (発現宿主): plasmid / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Tissue fraction (発現宿主): PGEX-6P-1
参照: UniProt: Q8RSY1, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.74 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.9
詳細: 0.1M tri-Sodium Citrate dihydrate, 17.5% (w/v) Polyethylene Glycol 3350, 0.1mM Tris-HCl pH 7.9, 10.0mM phenol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2008年1月7日
放射モノクロメーター: Si(111) double-crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→99 Å / Num. obs: 29886 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2.9 / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 22.3
反射 シェル解像度: 3.3→3.37 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.53 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SOLVE位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 3HGL for AvrPtoB AND 2QKW for Pto

3hgl

2qkw


解像度: 3.3→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.916 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 120.055 / SU ML: 0.79 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.714 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3305 1506 5.1 %RANDOM
Rwork0.31706 ---
obs0.31775 28059 99.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 119.92 Å2 / Biso mean: 81.806 Å2 / Biso min: 44.12 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.99 Å20 Å20 Å2
2--14.94 Å20 Å2
3----8.95 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11599 0 0 0 11599
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.02111823
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.321.96115960
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.64151450
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.74623.611576
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.92915.0282124
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.83215100
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.21763
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.028912
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2720.26563
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3120.28047
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1910.2511
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.270.2123
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.060.24
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4851.57457
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.856211635
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.72534856
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.4014.54325
LS精密化 シェル解像度: 3.297→3.38 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.462 94 -
Rwork0.482 1976 -
all-2070 -
obs--98.15 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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