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- PDB-3hgd: Crystal Structure of 2-Se-Thymidine Derivatized DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hgd
タイトルCrystal Structure of 2-Se-Thymidine Derivatized DNA
要素5'-D(*GP*(UMS)P*GP*(US3)P*AP*CP*AP*C)-3'
キーワードDNA / 2-Se-thymidine DNA
機能・相同性DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.57 Å
データ登録者Sheng, J. / Hassan, A.E. / Zhang, W. / Huang, Z.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2010
タイトル: High fidelity of base pairing by 2-selenothymidine in DNA.
著者: Hassan, A.E. / Sheng, J. / Zhang, W. / Huang, Z.
履歴
登録2009年5月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*GP*(UMS)P*GP*(US3)P*AP*CP*AP*C)-3'
B: 5'-D(*GP*(UMS)P*GP*(US3)P*AP*CP*AP*C)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,1372
ポリマ－5,1372
非ポリマー00
水63135
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1920 Å2
ΔGint6 kcal/mol
Surface area2850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.828, 45.828, 42.501
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*GP*(UMS)P*GP*(US3)P*AP*CP*AP*C)-3'


分子量: 2568.538 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: the 2-Se-thymidine residue was chemically synthesized and incorporated into DNA oligonucleotide through solid phase synthesis
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.96 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: MPD,sodium cacodylate,spermine tetra-HCl, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC Q210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月7日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SAD / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.57→50 Å / Num. obs: 6839 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 17 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 21.159
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obs% possible all
1.57-1.646.60.60774.9
1.64-1.78.70.41985.3
1.7-1.7811.10.27196.3
1.78-1.8715.50.229100
1.87-1.9921.40.192100
1.99-2.1421.70.161100
2.14-2.3621.70.142100
2.36-2.721.70.118100
2.7-3.420.90.08899.6
3.4-5016.80.07194.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
CBASSデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.57→50 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.7 / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.22 725 10.1 %
Rwork0.204 --
obs0.204 6688 93.3 %
溶媒の処理Bsol: 56.701 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 27.42 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.09 Å20.292 Å20 Å2
2--0.09 Å20 Å2
3----0.179 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.57→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 324 0 35 359
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it01.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it02
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.5672
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.2662.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1dna-rna_rep_jia.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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