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- PDB-3hfe: A trimeric form of the Kv7.1 A domain Tail -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hfe
タイトルA trimeric form of the Kv7.1 A domain Tail
要素Potassium voltage-gated channel subfamily KQT member 1
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / trimer / Atrial fibrillation / Cell membrane (細胞膜) / Cytoplasmic vesicle / Deafness (難聴) / Disease mutation / Glycoprotein (糖タンパク質) / Ion transport / Ionic channel (イオンチャネル) / Long QT syndrome / Membrane (生体膜) / Phosphoprotein / Potassium (カリウム) / Potassium channel (カリウムチャネル) / Potassium transport / Short QT syndrome (QT短縮症候群) / Transmembrane (膜貫通型タンパク質) / Transport / Voltage-gated channel (電位依存性イオンチャネル)
機能・相同性
機能・相同性情報


gastrin-induced gastric acid secretion / corticosterone secretion / voltage-gated potassium channel activity involved in atrial cardiac muscle cell action potential repolarization / basolateral part of cell / lumenal side of membrane / negative regulation of voltage-gated potassium channel activity / rhythmic behavior / regulation of gastric acid secretion / stomach development / membrane repolarization during atrial cardiac muscle cell action potential ...gastrin-induced gastric acid secretion / corticosterone secretion / voltage-gated potassium channel activity involved in atrial cardiac muscle cell action potential repolarization / basolateral part of cell / lumenal side of membrane / negative regulation of voltage-gated potassium channel activity / rhythmic behavior / regulation of gastric acid secretion / stomach development / membrane repolarization during atrial cardiac muscle cell action potential / Phase 3 - rapid repolarisation / voltage-gated potassium channel activity involved in cardiac muscle cell action potential repolarization / membrane repolarization during action potential / iodide transport / membrane repolarization during ventricular cardiac muscle cell action potential / regulation of atrial cardiac muscle cell membrane repolarization / Phase 2 - plateau phase / membrane repolarization during cardiac muscle cell action potential / potassium ion export across plasma membrane / intracellular chloride ion homeostasis / renal sodium ion absorption / negative regulation of delayed rectifier potassium channel activity / voltage-gated potassium channel activity involved in ventricular cardiac muscle cell action potential repolarization / atrial cardiac muscle cell action potential / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of sound / auditory receptor cell development / regulation of membrane repolarization / protein phosphatase 1 binding / positive regulation of potassium ion transmembrane transport / Voltage gated Potassium channels / potassium ion homeostasis / ventricular cardiac muscle cell action potential / non-motile cilium assembly / delayed rectifier potassium channel activity / regulation of ventricular cardiac muscle cell membrane repolarization / outward rectifier potassium channel activity / intestinal absorption / regulation of heart contraction / monoatomic ion channel complex / ciliary base / inner ear morphogenesis / positive regulation of heart rate / cochlea development / renal absorption / adrenergic receptor signaling pathway / potassium ion import across plasma membrane / voltage-gated potassium channel activity / protein kinase A regulatory subunit binding / regulation of heart rate by cardiac conduction / protein kinase A catalytic subunit binding / social behavior / inner ear development / cellular response to cAMP / cardiac muscle contraction / potassium ion transmembrane transport / voltage-gated potassium channel complex / 小胞 / positive regulation of cardiac muscle contraction / cellular response to epinephrine stimulus / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / 赤血球形成 / sensory perception of sound / response to insulin / cytoplasmic vesicle membrane / 血圧 / glucose metabolic process / cellular response to xenobiotic stimulus / late endosome / heart development / scaffold protein binding / basolateral plasma membrane / transmembrane transporter binding / リソソーム / エンドソーム / calmodulin binding / neuron projection / 脂質ラフト / apical plasma membrane / neuronal cell body / 小胞体 / 生体膜 / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Potassium channel, voltage dependent, KCNQ1 / Potassium channel, voltage dependent, KCNQ / Potassium channel, voltage dependent, KCNQ, C-terminal / KCNQ voltage-gated potassium channel / Voltage-dependent channel domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Potassium voltage-gated channel subfamily KQT member 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Xu, Q. / Minor, D.L.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2009
タイトル: Crystal structure of a trimeric form of the K(V)7.1 (KCNQ1) A-domain tail coiled-coil reveals structural plasticity and context dependent changes in a putative coiled-coil trimerization motif.
著者: Xu, Q. / Minor, D.L.
履歴
登録2009年5月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年9月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Refinement description / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_special_symmetry / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Potassium voltage-gated channel subfamily KQT member 1
B: Potassium voltage-gated channel subfamily KQT member 1
C: Potassium voltage-gated channel subfamily KQT member 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,1603
ポリマ－10,1603
非ポリマー00
水1,18966
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2910 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area5170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.789, 40.838, 34.830
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 118.410, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-59-

HOH

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Potassium voltage-gated channel subfamily KQT member 1 / Voltage-gated potassium channel subunit Kv7.1 / IKs producing slow voltage-gated potassium channel ...Voltage-gated potassium channel subunit Kv7.1 / IKs producing slow voltage-gated potassium channel subunit alpha KvLQT1 / KQT-like 1


分子量: 3386.797 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 583-611 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KCNQ1, KCNA8, KCNA9, KVLQT1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(pLys)S / 参照: UniProt: P51787
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.17 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.6M sodium citrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年9月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.7→30 Å / Num. obs: 8174 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.102 / Χ2: 1.6 / Net I/σ(I): 16.986
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.23 / Num. unique all: 746 / Χ2: 1.016 / % possible all: 88.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.4.0067精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→27.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 5.022 / SU ML: 0.085 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.128 / ESU R Free: 0.131 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.251 377 4.6 %RANDOM
Rwork0.198 ---
obs0.201 8174 97.72 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 74.06 Å2 / Biso mean: 10.419 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.66 Å20 Å20.66 Å2
2---1.48 Å20 Å2
3---1.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→27.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数627 0 0 66 693
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.022633
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6911.99855
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.675578
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.13824.11834
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.56815127
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.8131510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1230.2110
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02466
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1141.5395
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.0222641
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.4433238
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.6554.5213
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.735 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.323 17 -
Rwork0.187 498 -
all-515 -
obs--84.01 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.40611.9691-5.81022.1873-3.800910.09730.0322-0.1175-0.05710.1163-0.1274-0.0568-0.14850.21720.09520.0624-0.01870.05980.10080.0103-0.09720.7674.4345.022
21.3672-0.5494-3.7110.4610.379915.21370.03060.0715-0.03590.0028-0.03060.13420.0524-0.059400.0680.00320.09220.0032-0.0013-0.054813.4668.3371.764
35.1080.5259-5.8520.3993-0.48687.57520.07230.04610.04030.037-0.03620.0353-0.0758-0.017-0.03610.091-0.00580.10730.0153-0.0066-0.057114.055-1.2451.48
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 31
2X-RAY DIFFRACTION2B8 - 31
3X-RAY DIFFRACTION3C6 - 23

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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