PDB-3hf6: Crystal structure of human tryptophan hydroxylase type 1 with bou...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3hf6

タイトル

Crystal structure of human tryptophan hydroxylase type 1 with bound LP-521834 and FE

要素

Tryptophan 5-hydroxylase 1

トリプトファンヒドロキシラーゼ

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) /

TRYPTOPHAN 5-HYDROXYLASE 1 (トリプトファンヒドロキシラーゼ) /

Alternative splicing (選択的スプライシング) /

Iron (鉄) / Metal-binding /

Monooxygenase /

Phosphoprotein / Serotonin biosynthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of hemostasis /

トリプトファンヒドロキシラーゼ /

tryptophan 5-monooxygenase activity / Serotonin and melatonin biosynthesis / aromatic amino acid metabolic process / serotonin biosynthetic process / platelet degranulation /

bone remodeling / NGF-stimulated transcription / negative regulation of ossification ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Tari, L.W. / Swanson, R.V. / Hunter, M.J.

引用

ジャーナル: Curr Chem Genomics / 年: 2010
タイトル: Mechanism of Inhibition of Novel Tryptophan Hydroxylase Inhibitors Revealed by Co-crystal Structures and Kinetic Analysis
著者: Cianchetta, G. / Stouch, T. / Yu, W. / Shi, Z.-C. / Tari, L.W. / Swanson, R.V. / Hunter, M.J. / Hoffman, I.D. / Liu, Q.

履歴

登録	2009年5月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年11月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3hf6.cif.gz	77.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3hf6.ent.gz	56.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3hf6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hf/3hf6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hf/3hf6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5hkq-d 6t8v-2 1mlw-d 5l01-d 1s5v-4 6uuy-1 5tix-1 2p25-1 7akc-d 1ptd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#61 - 2005年1月フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase) 類似性 (17) #263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (2) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Tryptophan 5-hydroxylase 1

ヘテロ分子

33.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.199, 57.893, 55.604
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 93.00, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Tryptophan 5-hydroxylase 1 / トリプトファンヒドロキシラーゼ / Tryptophan 5-monooxygenase 1 分子量: 33287.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) 参照: UniProt: P17752, トリプトファンヒドロキシラーゼ
#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION / 鉄分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物	ChemComp-LX0 / 4-(4-amino-6-{[(1R)-1-naphthalen-2-ylethyl]amino}-1,3,5-triazin-2-yl)-L-phenylalanine / 4-[2-アミノ-6-[[(R)-1-(2-ナフチル)エチル]アミノ]-1,3,5-トリアジン-4-イル]-L-フェニ(以下略) 分子量: 428.486 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₂₄N₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 274 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.03 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 1:1 ratio of the concentrated protein solution and a reservoir comprising 24-28% (w/v) PEG 6000, and 100 mM, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 20 CK, temperature 293K

-
データ収集

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.0000 1.5418

検出器

タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1	1
2	1.5418	1

反射

解像度: 1.8→47.13 Å / Num. obs: 24850

-
解析

ソフトウェア

名称: REFMAC / バージョン: 5.2.0005 / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 最高解像度: 1.8 Å

	R_factor	反射数
R_free	0.21683	-
R_work	0.18099	-
all	0.18285	24850
obs	-	24850

精密化ステップ

サイクル: LAST / 最高解像度: 1.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2267	0	33	274	2574

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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