PDB-3he0: The Structure of a Putative Transcriptional Regulator TetR Family...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3he0

タイトル

The Structure of a Putative Transcriptional Regulator TetR Family Protein from Vibrio parahaemolyticus.

要素

Transcriptional regulator, TetR family

キーワード

transcription regulator / TetR / AcrR / transcriptional regulator / Vibrio parahaemolyticus / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / DNA-binding / Transcription / Transcription regulation

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio parahaemolyticus (腸炎ビブリオ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Cuff, M.E. / Hendricks, R. / Moy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: The Structure of a Putative Transcriptional Regulator TetR Family Protein from Vibrio parahaemolyticus.
著者: Cuff, M.E. / Hendricks, R. / Moy, S. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2009年5月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年7月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3he0.cif.gz	125.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3he0.ent.gz	103.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3he0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3he0_validation.pdf.gz	468.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3he0_full_validation.pdf.gz	474.5 KB	表示
XML形式データ	3he0_validation.xml.gz	24.1 KB	表示
CIF形式データ	3he0_validation.cif.gz	34.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/he/3he0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/he/3he0	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	5h9t-4 5h9t-1 4ab5-d 5daj-4 6kju-d 5daj-3 5ljw-1 3bt9-1 6of0-2 2vmx-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC91430

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Transcriptional regulator, TetR family

B: Transcriptional regulator, TetR family

C: Transcriptional regulator, TetR family

ヘテロ分子

67.8 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Transcriptional regulator, TetR family

B: Transcriptional regulator, TetR family

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
45.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Transcriptional regulator, TetR family

ヘテロ分子

C: Transcriptional regulator, TetR family

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
44.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.272, 95.548, 190.541
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

詳細

Likely a dimer, as formed by A and B in the asymmetric unit, and by C with its x,-y,-z symmetry mate.

#1: タンパク質	Transcriptional regulator, TetR family 分子量: 22180.186 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Vibrio parahaemolyticus (腸炎ビブリオ) 株: RIMD 2210633 / 遺伝子: VP0040 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q87TM9
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 242 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THERE IS INDEED A DISCREPANCY BETWEEN THE PROTEIN STRUCTURE AND THE UNIPROT/UNP ENTRY. THE ELECTRON ...THERE IS INDEED A DISCREPANCY BETWEEN THE PROTEIN STRUCTURE AND THE UNIPROT/UNP ENTRY. THE ELECTRON DENSITY CLEARLY DISPLAYS AN R INSTEAD OF C IN ALL THREE MONOMERS OF THE ASYMMETRIC UNIT. THESE RESIDUE CODONS DIFFER IN ONE BASE. THIS IS LIKELY A SEQUENCING OR CLONING ERROR.

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.82 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.8M ammonium sulfate,0.1M tri-sodium citrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97942, 0.97931

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月23日

放射

モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97942	1
2	0.97931	1

Reflection

冗長度: 9.5 % / Av σ(I) over netI: 33.88 / 数: 329969 / R_merge(I) obs: 0.089 / Χ²: 1.7 / D res high: 2.15 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 34848 / % possible obs: 99.7

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
5.83	50	97.7	1	0.061	6.009	9.3
4.63	5.83	98.8	1	0.068	4.019	9.4
4.05	4.63	99.4	1	0.066	3.556	9.6
3.68	4.05	99.4	1	0.071	2.892	9.7
3.41	3.68	99.7	1	0.069	2.081	9.8
3.21	3.41	99.8	1	0.077	1.636	9.9
3.05	3.21	99.8	1	0.087	1.336	9.8
2.92	3.05	99.8	1	0.113	1.125	9.9
2.81	2.92	99.9	1	0.139	1.075	9.9
2.71	2.81	100	1	0.166	1.069	9.9
2.62	2.71	100	1	0.199	0.994	9.9
2.55	2.62	100	1	0.231	0.959	10
2.48	2.55	100	1	0.253	0.923	9.9
2.42	2.48	100	1	0.295	0.872	9.8
2.37	2.42	100	1	0.333	0.848	9.6
2.32	2.37	100	1	0.384	0.815	9.2
2.27	2.32	100	1	0.429	0.813	9
2.23	2.27	100	1	0.486	0.806	8.7
2.19	2.23	100	1	0.551	0.789	8.4
2.15	2.19	99.9	1	0.58	0.736	7.8

反射

解像度: 2.15→50 Å / Num. all: 34848 / Num. obs: 34848 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.5 % / B_iso Wilson estimate: 41.4 Å² / R_merge(I) obs: 0.089 / Χ²: 1.699 / Net I/σ(I): 33.882

反射シェル

解像度: 2.15→2.19 Å / 冗長度: 7.8 % / R_merge(I) obs: 0.58 / Num. unique all: 1762 / Χ²: 0.736 / % possible all: 99.9

-
位相決定

位相決定

手法:

多波長異常分散

Phasing MAD

D res high: 2.15 Å / D res low: 50 Å / FOM : 0.293 / FOM acentric: 0.31 / FOM centric: 0.116 / 反射: 34803 / Reflection acentric: 31683 / Reflection centric: 3120

Phasing MAD set

最高解像度: 2.15 Å / 最低解像度: 50 Å

ID	R cullis acentric	R cullis centric	Loc acentric	Loc centric	Power acentric	Power centric	Reflection acentric	Reflection centric
1	1.86	1	0.2	0.2	0	0	31683	3120
2	0.99	0.96	19.1	25.5	0.24	0.21	22662	2468

Phasing MAD set shell

ID	解像度 (Å)	R cullis acentric	R cullis centric	Loc acentric	Loc centric	Power acentric	Power centric	Reflection acentric	Reflection centric
1	13.22-50	1.21	1	0.9	0.6	0	0	108	72
1	7.62-13.22	1.22	1	1	0.9	0	0	529	158
1	5.35-7.62	2.33	1	1	0.4	0	0	1285	243
1	4.12-5.35	1.24	1	0.5	0.4	0	0	2419	342
1	3.35-4.12	1.26	1	0.3	0.2	0	0	3884	437
1	2.83-3.35	2.02	1	0.2	0.1	0	0	5673	529
1	2.44-2.83	5.02	1	0.1	0	0	0	7849	641
1	2.15-2.44	8.4	1	0.1	0	0	0	9936	698
2	13.22-50	0.87	0.85	16.8	21.5	0.99	0.7	108	72
2	7.62-13.22	0.92	0.91	18.7	24.7	0.75	0.48	529	158
2	5.35-7.62	0.91	0.84	14.7	19.6	0.79	0.55	1284	242
2	4.12-5.35	0.98	0.95	20.6	28.4	0.4	0.25	2417	338
2	3.35-4.12	0.99	0.97	21.8	30.5	0.25	0.17	3869	433
2	2.83-3.35	0.99	0.99	18.7	24.4	0.18	0.13	5606	519
2	2.44-2.83	1	1	18.3	24.3	0.11	0.08	7753	631
2	2.15-2.44	1	1	19.2	24.7	0.08	0.06	1096	75

Phasing MAD set site

ID	Atom type symbol	B iso	Fract x	Fract y	Fract z	Occupancy
1	Se	85.46245	-0.828	-0.854	-0.031	0
2	Se	77.18037	-0.304	-0.799	-0.162	0
3	Se	82.76672	-0.386	-0.368	-0.138	0
4	Se	115.33519	-0.282	-0.06	-0.227	0
5	Se	89.79949	-0.886	-0.35	-0.185	0
6	Se	72.49677	-0.302	-0.45	-0.09	0
7	Se	106.65742	-0.788	-0.774	-0.184	0
8	Se	83.78969	-0.447	-0.292	-0.076	0
9	Se	59.26997	-0.648	-0.812	-0.006	0
10	Se	82.90631	-0.846	-0.348	-0.007	0
11	Se	108.85275	-0.29	-0.653	-0.154	0
12	Se	91.07994	-0.167	-0.462	-0.195	0
13	Se	71.81986	-0.476	-0.508	-0.194	0
14	Se	80.67454	-0.984	-0.157	-0.047	0
15	Se	92.1755	-0.328	-0.407	-0.1	0
16	Se	81.50076	-0.891	-0.82	-0.069	0
17	Se	69.1389	-0.828	-0.854	-0.031	-0.064
18	Se	68.29311	-0.304	-0.799	-0.162	-0.064
19	Se	70.94778	-0.386	-0.368	-0.138	-0.06
20	Se	90.8536	-0.281	-0.06	-0.227	-0.041
21	Se	75.78542	-0.887	-0.35	-0.184	-0.041
22	Se	53.98891	-0.302	-0.449	-0.09	-0.035
23	Se	83.49982	-0.788	-0.774	-0.184	-0.037
24	Se	64.89809	-0.447	-0.292	-0.075	-0.03
25	Se	53.00464	-0.649	-0.812	-0.006	-0.012
26	Se	49.03548	-0.847	-0.347	-0.007	-0.019
27	Se	87.16106	-0.289	-0.653	-0.153	-0.022
28	Se	64.3568	-0.167	-0.462	-0.195	-0.03
29	Se	60.40377	-0.473	-0.509	-0.194	-0.02
30	Se	79.81557	-0.984	-0.157	-0.047	-0.022
31	Se	96.93533	-0.326	-0.408	-0.1	-0.009
32	Se	64.12686	-0.89	-0.819	-0.069	-0.01

Phasing MAD shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
13.22-50	0.582	0.728	0.362	180	108	72
7.62-13.22	0.587	0.681	0.272	687	529	158
5.35-7.62	0.647	0.704	0.343	1528	1285	243
4.12-5.35	0.55	0.6	0.197	2761	2419	342
3.35-4.12	0.481	0.518	0.15	4321	3884	437
2.83-3.35	0.365	0.391	0.086	6202	5673	529
2.44-2.83	0.219	0.233	0.045	8490	7849	641
2.15-2.44	0.092	0.098	0.004	10634	9936	698

Phasing dm

手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 34803

Phasing dm shell

解像度 (Å)	Delta phi final	FOM	反射
9.16-100	55	0.722	513
7.2-9.16	49.4	0.902	508
6.13-7.2	43	0.891	606
5.42-6.13	45.6	0.884	676
4.92-5.42	50.5	0.894	761
4.53-4.92	49.2	0.927	842
4.22-4.53	45.8	0.916	896
3.97-4.22	51	0.909	950
3.76-3.97	54.2	0.898	1017
3.58-3.76	51.9	0.893	1064
3.42-3.58	51.8	0.896	1125
3.28-3.42	51.2	0.893	1132
3.16-3.28	55.8	0.881	1223
3.05-3.16	59	0.872	1242
2.95-3.05	59	0.859	1282
2.86-2.95	61.9	0.849	1346
2.78-2.86	61.7	0.853	1356
2.7-2.78	60.9	0.85	1382
2.63-2.7	67.3	0.847	1459
2.57-2.63	68.7	0.85	1465
2.51-2.57	70.3	0.831	1513
2.45-2.51	72	0.832	1556
2.4-2.45	76.3	0.834	1582
2.35-2.4	78.6	0.823	1602
2.3-2.35	77.5	0.847	1665
2.26-2.3	77.7	0.82	1659
2.22-2.26	80.7	0.808	1702
2.15-2.22	82.5	0.747	2679

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MLPHARE		位相決定
直接法	6	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
SHELXD		位相決定
SHELXE		モデル構築
SOLVE		位相決定
RESOLVE		位相決定
ARP/wARP		モデル構築
CCP4		位相決定
O		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.2→48.67 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / WR_factor R_free: 0.229 / WR_factor R_work: 0.188 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.881 / SU B: 11.554 / SU ML: 0.132 / SU R Cruickshank DPI: 0.258 / SU R_free: 0.198 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.254 / ESU R Free: 0.196
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.227	1649	5 %	RANDOM
R_work	0.187	-	-	-
all	0.189	-	-	-
obs	0.189	32866	99.68 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 150.29 Å² / B_iso mean: 29.556 Å² / B_iso min: 7.76 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.31 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.47 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.84 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→48.67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4295	0	73	242	4610

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	4463
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3003
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.436	1.959	6025
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.914	3	7300
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.272	5	551
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.517	24.753	223
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.148	15	780
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.134	15	31
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	654
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	4984
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	899
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.788	1.5	2727
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.18	1.5	1118
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.511	2	4327
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.584	3	1736
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.095	4.5	1695

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.285	127	-
R_work	0.229	2233	-
all	-	2360	-
obs	-	-	99.75 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2672	1.1618	-0.0807	8.3015	-0.5827	0.9422	0.1823	0.0471	-0.0108	0.6222	-0.0426	-0.0254	0.0843	0.0069	-0.1397	0.2679	-0.0951	0.0419	0.2152	-0.0503	0.1358	18.3782	11.6627	37.3043
2	4.701	-0.6637	4.0629	8.4187	-0.0414	9.7039	0.0291	0.869	-0.2221	-0.9483	-0.0687	-0.5645	0.4639	0.8082	0.0396	0.4221	-0.1911	0.0912	0.3171	0.0114	0.2468	22.7358	12.4465	26.4802
3	3.2042	0.7803	-0.9016	3.9687	-0.3259	4.8425	0.1022	-0.1524	-0.2164	0.462	-0.1574	0.0572	0.2938	-0.0829	0.0552	0.1742	-0.0482	0.0475	0.208	-0.0057	0.2005	21.0924	30.2457	28.3783
4	6.5515	0.6741	1.5626	5.5741	1.4074	9.4919	0.0598	-0.3463	0.2635	0.6042	-0.078	0.3575	-0.1293	-0.4312	0.0182	0.2022	0.0314	0.0881	0.1533	-0.0216	0.2072	22.6303	40.2587	32.3778
5	17.958	0.6831	-0.8082	11.5135	-2.8821	7.9517	0.073	-0.2898	-0.2327	0.2413	0.1773	-0.0343	0.3842	-0.0241	-0.2503	0.602	0.103	-0.1403	0.1553	0.0164	0.2502	49.9321	8.8552	33.5496
6	0.5793	-2.2573	1.2031	9.9797	-4.5672	3.8924	-0.0581	-0.0804	-0.0669	0.6914	0.1534	-0.245	0.4121	0.0905	-0.0952	0.5146	0.0765	-0.1539	0.1938	0.0329	0.2724	50.7246	13.4654	37.0251
7	2.6408	-0.4118	0.4689	3.3149	0.6437	1.7247	0.0563	-0.2099	-0.2292	0.5583	0.0788	-0.0247	0.2256	0.0407	-0.1351	0.2454	-0.0014	-0.0188	0.0851	0.0171	0.1023	40.5315	32.5529	29.9304
8	4.0357	0.0355	0.3199	3.9152	-1.8435	4.4929	-0.0085	0.4963	-0.3578	-0.3623	0.1565	0.2811	0.5077	-0.4499	-0.148	0.1402	-0.0493	0.0019	0.1566	-0.014	0.1251	29.5591	31.9312	19.1125
9	8.4734	3.3297	-1.372	9.6724	0.6843	6.199	-0.2547	0.1039	-0.9015	-0.5237	0.2661	-0.665	0.2766	0.4114	-0.0114	0.1767	-0.032	0.0499	0.1654	-0.1345	0.2864	42.298	13.2314	-7.514
10	3.8042	1.9038	1.0996	1.1887	0.483	0.6871	-0.0399	0.0343	-0.0866	-0.0494	0.1043	-0.1965	-0.1003	0.0595	-0.0644	0.1563	-0.022	0.0277	0.1191	-0.0308	0.1522	24.1899	14.7021	-6.0437
11	6.8409	-0.0067	-0.0858	3.4883	1.9444	6.8608	0.2991	-1.2893	-0.7244	0.8007	-0.1727	-0.1657	0.4134	0.1943	-0.1264	0.2247	-0.1319	-0.0103	0.3078	0.058	0.4436	28.6156	10.6553	3.4283
12	1.899	0.5005	0.008	3.4659	0.026	2.1082	0.0148	0.0165	-0.0681	-0.0958	0.0223	-0.2133	0.1561	0.0956	-0.0371	0.1369	0.0225	0.0086	0.1029	0.0264	0.1107	9.6785	5.6587	-3.487

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	8 - 99
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	100 - 126
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	127 - 174
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	175 - 193
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	8 - 26
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	27 - 77
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	78 - 165
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	166 - 193
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	8 - 42
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	43 - 97
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	98 - 126
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	127 - 193

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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