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- PDB-3hcy: The crystal structure of the domain of putative two-component sen... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hcy
タイトルThe crystal structure of the domain of putative two-component sensor histidine kinase protein from Sinorhizobium meliloti 1021
要素Putative two-component sensor histidine kinase protein
キーワードstructural genomics / unknown function / Two-component sensor histidine kinase protein / PSI / MCSG / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / Kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / photoreceptor activity / regulation of DNA-templated transcription / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Signal transduction histidine kinase, HWE region / HWE histidine kinase / HWE histidine kinase / GAF domain / PAS fold-4 / PAS fold / PAS fold-3 / PAS fold / GAF domain / PAS domain ...Signal transduction histidine kinase, HWE region / HWE histidine kinase / HWE histidine kinase / GAF domain / PAS fold-4 / PAS fold / PAS fold-3 / PAS fold / GAF domain / PAS domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / Beta-Lactamase / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Blue-light-activated histidine kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Sinorhizobium meliloti (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Zhang, R. / Xu, X. / Cui, H. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of the domain of putative two-component sensor histidine kinase protein from Sinorhizobium meliloti 1021
著者: Zhang, R. / Xu, X. / Cui, H. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A.
履歴
登録2009年5月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative two-component sensor histidine kinase protein
B: Putative two-component sensor histidine kinase protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8182
ポリマ－33,8182
非ポリマー00
水21612
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2020 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area15040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.346, 73.346, 257.258
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
詳細This protein exists as dimer. The deposited MolA and MolB represent the dimer in the asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質 Putative two-component sensor histidine kinase protein


分子量: 16908.912 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sinorhizobium meliloti (根粒菌) / 株: 1021 / 遺伝子: exsG, GI:16264804, RB1056, SMb20933, SM_b20933 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q92UP1
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.35 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.1M Sodium Acetate, 2.0M Sodium Formate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794, 0.9796
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月11日 / 詳細: Si 111 channel
放射モノクロメーター: mirror / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97941
20.97961
反射解像度: 2.8→61.66 Å / Num. all: 10343 / Num. obs: 10322 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 25.7 % / Rmerge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 30.2
反射 シェル解像度: 2.8→2.873 Å / 冗長度: 24.5 % / Rmerge(I) obs: 0.84 / Mean I/σ(I) obs: 3.38 / Num. unique all: 774 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
SOLVE位相決定
REFMAC5.5.0054精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.8→61.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.894 / SU B: 34.245 / SU ML: 0.297 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.796 / ESU R Free: 0.356 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26018 523 4.8 %RANDOM
Rwork0.20674 ---
obs0.20969 10322 99.8 %-
all-10343 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.36 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.12 Å2-1.06 Å20 Å2
2---2.12 Å20 Å2
3---3.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→61.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2254 0 0 12 2266
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0222298
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021560
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0521.953103
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.12833755
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg10.7385285
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.42123.445119
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.72715368
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.4741521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1220.2334
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022616
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02511
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9391.51428
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1411.5588
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.79322266
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4183870
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.1014.5837
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.305 40 -
Rwork0.283 727 -
obs-767 99.1 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 26.486 Å / Origin y: 19.81 Å / Origin z: 131.66 Å
111213212223313233
T0.3195 Å20.0075 Å2-0.0401 Å2-0.1678 Å20.0847 Å2--0.21 Å2
L3.0295 °2-0.101 °21.5506 °2-0.9359 °2-0.6812 °2--1.9028 °2
S0.1681 Å °-0.1222 Å °-0.2593 Å °-0.2096 Å °0.0248 Å °0.0058 Å °0.2053 Å °0.0619 Å °-0.1929 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-2 - 145
2X-RAY DIFFRACTION1B-2 - 146

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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