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- PDB-3hcv: Crystal structure of HLA-B*2709 complexed with the double citrull... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hcv
タイトルCrystal structure of HLA-B*2709 complexed with the double citrullinated vasoactive intestinal peptide type 1 receptor (VIPR) peptide (residues 400-408)
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • DOUBLE CITRULLINATED VASOACTIVE INTESTINAL POLYPEPTIDE RECEPTOR
  • HLA class I histocompatibility antigen, B-27 alpha chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / IMMUNE SYSTEM-COMPLEX / MHC (MAJOR HISTOCOMPATIBILITY COMPLEX) I / HLA-B*2709 / GLYCOPROTEIN / HOST-VIRUS / IMMUNE RESPONSE / POLYMORPHISM / IMMUNOGLOBULIN DOMAIN / HOST-VIRUS INTERACTION / MEMBRANE / TRANSMEMBRANE / UBL CONJUGATION / DISEASE MUTATION / GLYCATION / PYRROLIDONE CARBOXYLIC ACID / SECRETED / Disulfide bond / MHC I
機能・相同性
機能・相同性情報


vasoactive intestinal polypeptide receptor activity / G protein-coupled peptide receptor activity / regulation of interleukin-12 production / regulation of dendritic cell differentiation / regulation of T cell anergy / regulation of interleukin-6 production / peptide hormone binding / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity ...vasoactive intestinal polypeptide receptor activity / G protein-coupled peptide receptor activity / regulation of interleukin-12 production / regulation of dendritic cell differentiation / regulation of T cell anergy / regulation of interleukin-6 production / peptide hormone binding / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / detection of bacterium / secretory granule membrane / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / defense response / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / Glucagon-type ligand receptors / negative regulation of neurogenesis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / specific granule lumen / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / peptide antigen binding / negative regulation of epithelial cell proliferation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / positive regulation of immune response / Modulation by Mtb of host immune system / Interferon alpha/beta signaling / sensory perception of smell / positive regulation of T cell activation / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / negative regulation of neuron projection development / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / iron ion transport / ER-Phagosome pathway / early endosome membrane / protein-folding chaperone binding / T cell differentiation in thymus / protein refolding / G alpha (s) signalling events / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / adaptive immune response / amyloid fibril formation / learning or memory / cell surface receptor signaling pathway / receptor complex / immune response / G protein-coupled receptor signaling pathway / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / Golgi membrane / innate immune response / focal adhesion / signaling receptor binding / positive regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / Golgi apparatus / cell surface / endoplasmic reticulum
類似検索 - 分子機能
GPCR, family 2, vasoactive intestinal peptide receptor 1 / GPCR, family 2, vasoactive intestinal peptide receptor / G-protein coupled receptors family 2 signature 1. / Hormone receptor domain / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / G-protein coupled receptors family 2 profile 1. / Domain present in hormone receptors / GPCR family 2, extracellular hormone receptor domain superfamily / G-protein coupled receptors family 2 signature 2. / GPCR, family 2, secretin-like, conserved site ...GPCR, family 2, vasoactive intestinal peptide receptor 1 / GPCR, family 2, vasoactive intestinal peptide receptor / G-protein coupled receptors family 2 signature 1. / Hormone receptor domain / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / G-protein coupled receptors family 2 profile 1. / Domain present in hormone receptors / GPCR family 2, extracellular hormone receptor domain superfamily / G-protein coupled receptors family 2 signature 2. / GPCR, family 2, secretin-like, conserved site / GPCR, family 2, secretin-like / 7 transmembrane receptor (Secretin family) / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2. / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain / HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain / Vasoactive intestinal polypeptide receptor 1 / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Beltrami, A. / Gabdulkhakov, A. / Rossmann, M. / Ziegler, A. / Uchanska-Ziegler, B. / Saenger, W.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Citrullination-and mhc polymorphism-dependent conformational changes of a self peptide
著者: Beltrami, A. / Rossmann, M. / Gabdulkhakov, A. / Ziegler, A. / Uchanska-Ziegler, B. / Saenger, W.
履歴
登録2009年5月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年6月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.32018年1月31日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen, B-27 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: DOUBLE CITRULLINATED VASOACTIVE INTESTINAL POLYPEPTIDE RECEPTOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,2303
ポリマ－45,2303
非ポリマー00
水4,792266
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5430 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area18820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.176, 82.428, 67.017
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.150, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 HLA class I histocompatibility antigen, B-27 alpha chain / MHC class I antigen B*27


分子量: 31951.219 Da / 分子数: 1 / 断片: EXTRACELLUAR DOMAIN, RESIDUES 25-300 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-B, HLAB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03989, UniProt: P01889*PLUS
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin / Beta-2-microglobulin form pI 5.3


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 21-119 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド DOUBLE CITRULLINATED VASOACTIVE INTESTINAL POLYPEPTIDE RECEPTOR


分子量: 1399.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: SYNTHETIC CONSTRUCT / 参照: UniProt: P32241*PLUS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 266 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.08 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1M TRIS HCL,25% PEG 8000, , pH 8.000000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.982 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.982 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 48072 / Num. obs: 39804 / % possible obs: 82.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.75 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rsym value: 0.06
反射 シェル解像度: 1.8→1.84 Å / 冗長度: 3.76 % / Rmerge(I) obs: 0.432 / Mean I/σ(I) obs: 2.49 / Num. unique all: 2914 / % possible all: 91.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ogt

1ogt


解像度: 1.95→48.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / WRfactor Rfree: 0.28 / WRfactor Rwork: 0.227 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.809 / SU B: 8.565 / SU ML: 0.109 / SU Rfree: 0.173 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R Free: 0.173 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.245 1614 5 %RANDOM
Rwork0.199 ---
all0.227 38149 --
obs0.201 32389 84.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 52.24 Å2 / Biso mean: 19.765 Å2 / Biso min: 6.85 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.96 Å20 Å2-0.43 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0.66 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→48.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3236 0 0 266 3502
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0213331
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.131.9364525
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6735389
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.31523.027185
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.6315551
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.6231535
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2459
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022636
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2060.21483
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2980.22188
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1250.2301
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1440.230
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1530.216
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6811.52005
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.0823138
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.54631554
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0524.51382
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr4.13433559
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free3.3893267
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded2.16933236
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.404 129 -
Rwork0.289 2504 -
all-2633 -
obs--94.31 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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