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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3hce | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of E185D hPNMT in Complex With Octopamine and AdoHcy | ||||||
![]() | Phenylethanolamine N-methyltransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / methyltransferase / Catecholamine biosynthesis / Polymorphism / S-adenosyl-L-methionine | ||||||
機能・相同性 | ![]() phenylethanolamine N-methyltransferase / phenylethanolamine N-methyltransferase activity / epinephrine biosynthetic process / Catecholamine biosynthesis / catecholamine biosynthetic process / methylation / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Drinkwater, N. / Martin, J.L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Molecular recognition of physiological substrate noradrenaline by the adrenaline-synthesizing enzyme PNMT and factors influencing its methyltransferase activity. 著者: Drinkwater, N. / Gee, C.L. / Puri, M. / Criscione, K.R. / McLeish, M.J. / Grunewald, G.L. / Martin, J.L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 224.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 181.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 946.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 958 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 23.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 31.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31831.939 Da / 分子数: 2 / 変異: E185D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P11086, phenylethanolamine N-methyltransferase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.88 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8 詳細: PEG6K, LiCl, cacodylate, pH 5.8, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.95667 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.85→50 Å / Num. obs: 20186 / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 50.35 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 9.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.85→2.9 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.833 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1HNN 解像度: 2.85→45.445 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.828 / SU ML: 0.37 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.07 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 19.201 Å2 / ksol: 0.288 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 135.35 Å2 / Biso mean: 52.524 Å2 / Biso min: 14.27 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.85→45.445 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 24.1876 Å / Origin y: 51.3494 Å / Origin z: -5.2075 Å
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精密化 TLSグループ |
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