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- PDB-3hbn: Crystal structure PseG-UDP complex from Campylobacter jejuni -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hbn
タイトルCrystal structure PseG-UDP complex from Campylobacter jejuni
要素UDP-sugar hydrolase
キーワードHYDROLASE / udp-sugar hydrolase / PseG
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-2,4-diacetamido-2,4,6-trideoxy-beta-L-altropyranose hydrolase / hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
Rossmann fold - #11190 / UDP-2,4-diacetamido-2,4,6-trideoxy-beta-L-altropyranose hydrolase / Glycogen Phosphorylase B; / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP-2,4-diacetamido-2,4,6-trideoxy-beta-L-altropyranose hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Campylobacter jejuni subsp. jejuni (カンピロバクター)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Rangarajan, E.S. / Proteau, A. / Cygler, M. / Matte, A. / Sulea, T. / Schoenhofen, I.C.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Structural and functional analysis of Campylobacter jejuni PseG: a udp-sugar hydrolase from the pseudaminic acid biosynthetic pathway.
著者: Rangarajan, E.S. / Proteau, A. / Cui, Q. / Logan, S.M. / Potetinova, Z. / Whitfield, D. / Purisima, E.O. / Cygler, M. / Matte, A. / Sulea, T. / Schoenhofen, I.C.
履歴
登録2009年5月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22021年10月13日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42023年11月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-sugar hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,1965
ポリマ－32,5721
非ポリマー6244
水4,125229
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.442, 94.442, 43.566
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41
詳細Monomer

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要素

#1: タンパク質 UDP-sugar hydrolase / Nucleotidase specific for PseC product / UDP-4-amino-4 / 6-dideoxy-beta-L-AltNAc


分子量: 32572.018 Da / 分子数: 1 / 変異: E155K / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C-term His tag (LEHHHHHH)
由来: (組換発現) Campylobacter jejuni subsp. jejuni (カンピロバクター)
株: NCTC 11168 / 遺伝子: PseG (Cj1312) / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q0P8U5
#2: 化合物 ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O12P2 / コメント: UDP*YM
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 229 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.76 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M Bis-Tris, 0.2M Ammonium sulfate, 23% (v/v) PEG monomethyl ether 550, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月29日
放射モノクロメーター: silicon / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→39.6 Å / Num. all: 32759 / Num. obs: 32741 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 30.4 Å2 / Rsym value: 0.056 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル解像度: 1.85→1.92 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.285 / Num. unique all: 2981 / % possible all: 91.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3HBM

3hbm


解像度: 1.85→39.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 2.242 / SU ML: 0.07 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.118 / ESU R Free: 0.113 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20819 1631 5 %RANDOM
Rwork0.17707 ---
all0.194 32741 --
obs0.17866 31109 99.09 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.469 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.29 Å20 Å20 Å2
2--0.29 Å20 Å2
3----0.58 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→39.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2283 0 38 229 2550
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0222389
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.251.9863222
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8115287
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.63724.953107
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.48915455
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.628157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2357
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021741
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7171.51419
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.37622297
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0683970
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4694.5923
LS精密化 シェル解像度: 1.852→1.9 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.242 102 -
Rwork0.213 2062 -
obs-2062 89.61 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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