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- PDB-3hb3: High resolution crystal structure of Paracoccus denitrificans cyt... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hb3
タイトルHigh resolution crystal structure of Paracoccus denitrificans cytochrome c oxidase
要素
  • (ANTIBODY FV FRAGMENT) x 2
  • (Cytochrome c oxidase subunit ...) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / Electron transfer / Proton transfer / Proton pumping / Membrane protein / Cell inner membrane / Cell membrane / Copper / Disulfide bond / Electron transport / Heme / Hydrogen ion transport / Ion transport / Iron / Membrane / Metal-binding / Respiratory chain / Transmembrane / Transport / Pyrrolidone carboxylic acid
機能・相同性
機能・相同性情報


respiratory chain complex IV / cytochrome-c oxidase / oxidative phosphorylation / cytochrome-c oxidase activity / immunoglobulin complex / electron transport coupled proton transport / immunoglobulin mediated immune response / antigen binding / ATP synthesis coupled electron transport / respiratory electron transport chain ...respiratory chain complex IV / cytochrome-c oxidase / oxidative phosphorylation / cytochrome-c oxidase activity / immunoglobulin complex / electron transport coupled proton transport / immunoglobulin mediated immune response / antigen binding / ATP synthesis coupled electron transport / respiratory electron transport chain / adaptive immune response / immune response / copper ion binding / heme binding / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c oxidase, subunit I bacterial type / Helix Hairpins - #90 / Cytochrome C Oxidase; Chain A / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome c oxidase, subunit II / Cytochrome c oxidase subunit I domain / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / : / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome oxidase subunit II transmembrane region profile. ...Cytochrome c oxidase, subunit I bacterial type / Helix Hairpins - #90 / Cytochrome C Oxidase; Chain A / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome c oxidase, subunit II / Cytochrome c oxidase subunit I domain / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / : / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome oxidase subunit II transmembrane region profile. / Cytochrome c/quinol oxidase subunit II / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain superfamily / Copper centre Cu(A) / CO II and nitrous oxide reductase dinuclear copper centers signature. / Cytochrome c oxidase, subunit I, copper-binding site / Heme-copper oxidase catalytic subunit, copper B binding region signature. / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome oxidase subunit I profile. / Cytochrome c oxidase subunit I / Cytochrome c oxidase-like, subunit I superfamily / Cytochrome C and Quinol oxidase polypeptide I / Cytochrome C oxidase subunit II, periplasmic domain / Cytochrome c oxidase subunit II-like C-terminal / Cytochrome oxidase subunit II copper A binding domain profile. / : / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Helix Hairpins / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (I) ION / HEME-A / : / HYDROGEN PEROXIDE / Ig kappa chain V-V region MOPC 149 / Cytochrome c oxidase subunit 2 / Ig heavy chain V region 5-84 / Cytochrome c oxidase subunit 1-beta
類似検索 - 構成要素
生物種Paracoccus denitrificans (バクテリア)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Koepke, J. / Angerer, H. / Peng, G.
引用ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2009
タイトル: High resolution crystal structure of Paracoccus denitrificans cytochrome c oxidase: New insights into the active site and the proton transfer pathways
著者: Koepke, J. / Olkhova, E. / Angerer, H. / Muller, H. / Peng, G. / Michel, H.
履歴
登録2009年5月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月27日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / pdbx_entry_details ...chem_comp_atom / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_validate_chiral
Item: _chem_comp_atom.pdbx_stereo_config

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c oxidase subunit 1-beta
B: Cytochrome c oxidase subunit 2
C: ANTIBODY FV FRAGMENT
D: ANTIBODY FV FRAGMENT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,10436
ポリマ－122,6364
非ポリマー11,46832
水9,980554
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area28690 Å2
ΔGint-146 kcal/mol
Surface area37820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.403, 150.473, 157.185
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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Cytochrome c oxidase subunit ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 1-beta / Cytochrome c oxidase polypeptide I-beta / Cytochrome aa3 subunit 1-beta


分子量: 62486.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paracoccus denitrificans (バクテリア)
遺伝子: ctaDII / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P98002, cytochrome-c oxidase
#2: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 2 / Cytochrome c oxidase polypeptide II / Cytochrome aa3 subunit 2 / Oxidase aa(3) subunit 2


分子量: 32563.643 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paracoccus denitrificans (バクテリア)
遺伝子: ctaC, coiI, ctaB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P08306, cytochrome-c oxidase

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抗体 , 2種, 2分子 CD

#3: 抗体 ANTIBODY FV FRAGMENT


分子量: 14324.923 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P18525*PLUS
#4: 抗体 ANTIBODY FV FRAGMENT


分子量: 13260.795 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01636*PLUS

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糖 , 1種, 14分子

#10: 糖
ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 7種, 572分子

#5: 化合物 ChemComp-HEA / HEME-A


分子量: 852.837 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C49H56FeN4O6
#6: 化合物 ChemComp-CU1 / COPPER (I) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#7: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#8: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#9: 化合物
ChemComp-LDA / LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE / ドデシルジメチルアミンオキシド


分子量: 229.402 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H31NO / コメント: LDAO, 可溶化剤*YM
#11: 化合物 ChemComp-PEO / HYDROGEN PEROXIDE


分子量: 34.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2O2
#12: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 554 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.41 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5
詳細: 25% glycerol, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9198 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月4日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9198 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→111.8 Å / Num. all: 90709 / Num. obs: 90709 / % possible obs: 99.04 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.124 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル解像度: 2.25→2.32 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.379 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 98.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
EPMR位相決定
REFMAC5.1.24精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1AR1

1ar1


解像度: 2.25→19.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.89 / SU B: 7.585 / SU ML: 0.176 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): -3 / ESU R: 0.209 / ESU R Free: 0.205 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27996 2819 3 %RANDOM
Rwork0.21836 ---
all0.22024 90709 --
obs0.22024 90709 99.04 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.272 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→19.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7956 0 883 554 9393
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0310.0219217
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.6831.95612425
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.79551003
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.230.21419
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.026381
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2640.25033
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2340.2598
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3230.246
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3130.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3811.55040
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.40728088
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.53834134
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.1664.54331
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.308 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.427 194
Rwork0.369 6525
obs-6525

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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