PDB-3hav: Structure of the streptomycin-ATP-APH(2")-IIa ternary complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3hav

タイトル

Structure of the streptomycin-ATP-APH(2")-IIa ternary complex

要素

Aminoglycoside phosphotransferase

キーワード

TRANSFERASE / aminoglycoside / streptomycin / antibiotic resistance

機能・相同性

機能・相同性情報

transferase activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterococcus faecium (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多重同系置換 / 解像度: 2.45 Å

データ登録者

Young, P.G. / Baker, E.N. / Vakulenko, S.B. / Smith, C.A.

引用

ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2009
タイトル: The crystal structures of substrate and nucleotide complexes of Enterococcus faecium aminoglycoside-2''-phosphotransferase-IIa [APH(2'')-IIa] provide insights into substrate selectivity ...
著者: Young, P.G. / Walanj, R. / Lakshmi, V. / Byrnes, L.J. / Metcalf, P. / Baker, E.N. / Vakulenko, S.B. / Smith, C.A.

履歴

登録	2009年5月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年11月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3hav.cif.gz	203.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3hav.ent.gz	164.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3hav.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3hav_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3hav_full_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示
XML形式データ	3hav_validation.xml.gz	40.9 KB	表示
CIF形式データ	3hav_validation.cif.gz	53.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ha/3hav ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ha/3hav	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3hamSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7c3f-3 7c3f-1 6tep-1 7c3f-2 3sgc-d 4dt9-2 5fwv-d 6w7x-d 7c3f-6 7c2b-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (3) #10 - 2000年10月リボソーム (Ribosome) 類似性 (1) #226 - 2018年10月アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Aminoglycoside phosphotransferase

B: Aminoglycoside phosphotransferase

C: Aminoglycoside phosphotransferase

ヘテロ分子

110 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Aminoglycoside phosphotransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Aminoglycoside phosphotransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.5 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Aminoglycoside phosphotransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.5 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	128.620, 128.620, 57.870
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	144
Space group name H-M	P3₁

#1: タンパク質	Aminoglycoside phosphotransferase 分子量: 35398.238 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterococcus faecium (バクテリア) 遺伝子: aph(2')-Ib / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9EVD7
#2: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP 分子量: 507.181 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-SRY / STREPTOMYCIN / STREPTOMYCIN A / ストレプトマイシン分子量: 581.574 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₉N₇O₁₂ / コメント: 薬剤, 抗生剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 202 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.74 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3 詳細: 30% mPEG5000, 0.2 M MOPS/KOH pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月25日
放射	モノクロメーター: LN cooled, double crystal, Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.45→42.9 Å / Num. obs: 41774 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / R_merge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 20.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換
開始モデル: PDB ENTRY 3ham

3ham

解像度: 2.45→19.78 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.932 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.886 / SU B: 19.776 / SU ML: 0.242 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.568 / ESU R Free: 0.32 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28382	1943	5 %	RANDOM
R_work	0.21756	-	-	-
obs	0.22075	37057	99.26 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.756 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.91 Å²	0.96 Å²	0 Å²
2-	-	1.91 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.87 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.45→19.78 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7284	0	216	202	7702

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	7480
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.192	1.989	10134
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.008	5	879
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.858	24.935	387
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.733	15	1282
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.106	15	36
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.096	0.2	1113
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	5649
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.233	0.2	3753
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.312	0.2	5157
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.178	0.2	382
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.253	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.205	0.2	94
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.184	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.465	1.5	4488
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.806	2	7022
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.333	3	3363
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.009	4.5	3110

LS精密化シェル

解像度: 2.45→2.513 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.378	141	-
R_work	0.29	2734	-
obs	-	-	98.26 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.7155	-0.6527	0.4804	2.2462	0.2	4.3293	0.0203	-0.0112	0.2226	-0.0303	-0.0169	0.0588	-0.6203	-0.2663	-0.0035	-0.264	0.04	0.0078	-0.3497	0.0005	-0.3215	-6.984	5.705	2.006
2	5.0695	-1.4763	0.1757	9.7787	0.3401	3.8329	0.0377	0.6815	-0.1548	-0.9249	0.146	0.9138	0.0642	-0.785	-0.1838	-0.3115	-0.1538	-0.1502	0.0288	0.1029	-0.0045	-26.142	-3.131	-8.545
3	3.4324	-3.716	2.7444	6.3713	-3.7052	6.8093	0.3155	0.7367	0.2615	-0.5733	0.254	-0.1171	-1.2027	0.0937	-0.5695	0.2316	0.0726	0.0542	0.4885	0.081	0.2447	-29.24	19.205	-19.397
4	6.3604	0.1647	1.1287	3.9068	-0.5319	4.1553	0.084	0.0413	0.49	0.0426	-0.1474	-0.2073	-0.5292	0.1319	0.0634	-0.0618	-0.0449	0.0121	-0.226	0.015	-0.3727	-56.585	41.699	-3.925
5	5.3998	0.551	1.7085	8.1694	-2.0548	4.7698	-0.1906	-0.6632	-0.2031	0.4421	-0.0735	-0.6561	0.0667	0.5491	0.2641	-0.1431	0.1547	0.0035	0.0286	0.0603	-0.0635	-38.747	30.502	6.581
6	3.3551	0.8819	1.5129	3.5902	1.3128	4.3222	-0.1115	-1.1046	1.0689	0.9627	0.2358	-0.2757	-0.9452	0.2416	-0.1243	0.5291	-0.1738	-0.1772	0.7703	-0.1303	0.6235	-32.502	51.986	17.085
7	4.237	1.3982	0.6261	3.6102	0.7541	5.9725	-0.0998	0.127	0.2801	0.1425	-0.0029	-0.064	-0.791	0.0578	0.1026	-0.2711	-0.0503	-0.0255	-0.3506	0.0355	-0.329	-59.256	-29.727	-6.183
8	5.1168	-0.235	1.1715	7.7079	-1.4239	5.0265	0.1551	-0.3699	-0.5428	0.5156	-0.2321	-0.7313	-0.0831	1.1798	0.077	-0.3085	-0.1775	-0.2251	0.2182	0.119	0.0587	-37.75	-34.052	3.31
9	3.265	1.6539	-2.0571	1.8686	-5.6181	21.6107	-0.3852	-0.9538	0.5065	0.9911	-0.5517	-0.1377	-1.8496	-0.4998	0.9369	1.1397	-0.2267	-0.2171	0.3627	-0.0883	0.386	-40.174	-13.442	16.412

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 88
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	89 - 130
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	184 - 250
4	X-RAY DIFFRACTION	3	A	131 - 183
5	X-RAY DIFFRACTION	3	A	251 - 299
6	X-RAY DIFFRACTION	4	B	1 - 88
7	X-RAY DIFFRACTION	5	B	89 - 130
8	X-RAY DIFFRACTION	5	B	184 - 250
9	X-RAY DIFFRACTION	6	B	131 - 183
10	X-RAY DIFFRACTION	6	B	251 - 299
11	X-RAY DIFFRACTION	7	C	1 - 88
12	X-RAY DIFFRACTION	8	C	89 - 130
13	X-RAY DIFFRACTION	8	C	184 - 250
14	X-RAY DIFFRACTION	9	C	131 - 183
15	X-RAY DIFFRACTION	9	C	251 - 299

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