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- PDB-3hae: Rational development of high-affinity T-cell receptor-like antibodies -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hae
タイトルRational development of high-affinity T-cell receptor-like antibodies
要素
  • Antibody heavy chain
  • Antibody light chain
  • Beta-2-microglobulin
  • HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
  • NYESO-1 peptide
キーワードIMMUNE SYSTEM / Fab / Major Histocompatability Complex / Immunity / Disulfide bond / Glycoprotein / Host-virus interaction / Immune response / Membrane / MHC I / Phosphoprotein / Transmembrane / Disease mutation / Glycation / Immunoglobulin domain / Pyrrolidone carboxylic acid / Secreted
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA threonylcarbamoyladenosine metabolic process / positive regulation of memory T cell activation / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / TAP complex binding / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / CD8 receptor binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I ...tRNA threonylcarbamoyladenosine metabolic process / positive regulation of memory T cell activation / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / TAP complex binding / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / CD8 receptor binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / beta-2-microglobulin binding / endoplasmic reticulum exit site / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / detection of bacterium / T cell receptor binding / : / : / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / cellular response to iron ion / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / response to molecule of bacterial origin / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / MHC class I protein complex / positive regulation of immune response / peptide antigen binding / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of T cell activation / cellular response to nicotine / positive regulation of type II interferon production / specific granule lumen / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / negative regulation of epithelial cell proliferation / Interferon gamma signaling / Interferon alpha/beta signaling / MHC class II protein complex binding / positive regulation of protein binding / Modulation by Mtb of host immune system / antibacterial humoral response / late endosome membrane / sensory perception of smell / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / T cell receptor signaling pathway / negative regulation of neuron projection development / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / lysosomal membrane / innate immune response / focal adhesion / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / cell surface / endoplasmic reticulum
類似検索 - 分子機能
CTAG/Pcc1 family / Transcription factor Pcc1 / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : ...CTAG/Pcc1 family / Transcription factor Pcc1 / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / Beta-2-microglobulin / Cancer/testis antigen 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Stewart-Jones, G. / Wadle, A. / Hombach, A. / Shenderov, E. / Held, G. / Fischer, E.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: Rational development of high-affinity T-cell receptor-like antibodies
著者: Stewart-Jones, G. / Wadle, A. / Hombach, A. / Shenderov, E. / Held, G. / Fischer, E. / Kleber, S. / Stenner-Liewen, F. / Bauer, S. / McMichael, A. / Knuth, A. / Abken, H. / Hombach, A.A. / ...著者: Stewart-Jones, G. / Wadle, A. / Hombach, A. / Shenderov, E. / Held, G. / Fischer, E. / Kleber, S. / Stenner-Liewen, F. / Bauer, S. / McMichael, A. / Knuth, A. / Abken, H. / Hombach, A.A. / Cerundolo, V. / Jones, E.Y. / Renner, C.
履歴
登録2009年5月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
置き換え2009年5月19日ID: 3GJG
改定 1.02009年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
D: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
E: Beta-2-microglobulin
J: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
K: Beta-2-microglobulin
P: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
Q: Beta-2-microglobulin
C: NYESO-1 peptide
F: NYESO-1 peptide
M: NYESO-1 peptide
R: NYESO-1 peptide
L: Antibody light chain
G: Antibody light chain
N: Antibody light chain
S: Antibody light chain
H: Antibody heavy chain
I: Antibody heavy chain
O: Antibody heavy chain
T: Antibody heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)362,21920
ポリマ－362,21920
非ポリマー00
水00
1
A: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: NYESO-1 peptide
L: Antibody light chain
H: Antibody heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,5555
ポリマ－90,5555
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9990 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area36400 Å2
手法PISA
2
D: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
E: Beta-2-microglobulin
F: NYESO-1 peptide
G: Antibody light chain
I: Antibody heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,5555
ポリマ－90,5555
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10020 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area36390 Å2
手法PISA
3
J: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
K: Beta-2-microglobulin
M: NYESO-1 peptide
N: Antibody light chain
O: Antibody heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,5555
ポリマ－90,5555
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
P: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
Q: Beta-2-microglobulin
R: NYESO-1 peptide
S: Antibody light chain
T: Antibody heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,5555
ポリマ－90,5555
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)70.794, 105.596, 256.451
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.26, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21D
31J
41P
12A
22D
32J
42P
13B
23E
33K
43Q
14C
24F
34M
44R
15L
25G
35N
45S
16L
26G
36N
46S
17H
27I
37O
47T
18H
28I
38O
48T

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLYGLNGLN2AA1 - 1801 - 180
21GLYGLYGLNGLN2DC1 - 1801 - 180
31GLYGLYGLNGLN2JE1 - 1801 - 180
41GLYGLYGLNGLN2PG1 - 1801 - 180
12ARGARGTRPTRP2AA181 - 274181 - 274
22ARGARGTRPTRP2DC181 - 274181 - 274
32ARGARGTRPTRP2JE181 - 274181 - 274
42ARGARGTRPTRP2PG181 - 274181 - 274
13METMETMETMET4BB0 - 991 - 100
23METMETMETMET4ED0 - 991 - 100
33METMETMETMET4KF0 - 991 - 100
43METMETMETMET4QH0 - 991 - 100
14SERSERVALVAL1CI1 - 91 - 9
24SERSERVALVAL1FJ1 - 91 - 9
34SERSERVALVAL1MK1 - 91 - 9
44SERSERVALVAL1RL1 - 91 - 9
15GLNGLNGLNGLN4LM1 - 1111 - 111
25GLNGLNGLNGLN4GN1 - 1111 - 111
35GLNGLNGLNGLN4NO1 - 1111 - 111
45GLNGLNGLNGLN4SP1 - 1111 - 111
16PROPROPROPRO4LM112 - 211112 - 211
26PROPROPROPRO4GN112 - 211112 - 211
36PROPROPROPRO4NO112 - 211112 - 211
46PROPROPROPRO4SP112 - 211112 - 211
17GLUGLUSERSER4HQ1 - 1191 - 119
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18ALAALAPROPRO4HQ120 - 219120 - 219
28ALAALAPROPRO4IR120 - 219120 - 219
38ALAALAPROPRO4OS120 - 219120 - 219
48ALAALAPROPRO4TT120 - 219120 - 219

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8

-
要素

#1: タンパク質
HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain / MHC class I antigen A*2


分子量: 31951.316 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 25-300 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PETT22 b+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01892, UniProt: P04439*PLUS
#2: タンパク質
Beta-2-microglobulin / Beta-2-microglobulin form pI 5.3


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PETT22 b+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド
NYESO-1 peptide


分子量: 1090.335 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in humans. / 参照: UniProt: P78358*PLUS
#4: 抗体
Antibody light chain


分子量: 22740.143 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pHEN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HB2151
#5: 抗体
Antibody heavy chain


分子量: 22893.605 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pHEN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HB2151
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.48 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.9
詳細: 12% PEG 8000, 50mM Mes, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, temperature 294K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年5月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→30 Å / Num. obs: 84609 / % possible obs: 97.8 % / Rmerge(I) obs: 0.118

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.924 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.853 / SU B: 32.96 / SU ML: 0.387 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.478 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28284 4103 5 %RANDOM
Rwork0.20083 ---
obs0.2049 78384 98.42 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.88 Å20 Å22.85 Å2
2---3.09 Å20 Å2
3---2.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数25472 0 0 0 25472
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.02126180
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8271.93735624
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.13153244
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.82623.631168
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.706154120
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.93415152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1240.23812
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0220160
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.250.211318
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3220.217563
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1670.2819
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2770.2110
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2830.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it01.516562
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0226144
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0311205
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it04.59480
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
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12D720tight positional0.080.05
13J720tight positional0.070.05
14P720tight positional0.070.05
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22D383medium positional0.380.5
23J383medium positional0.420.5
24P383medium positional0.540.5
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33K836medium positional0.560.5
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LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.974 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.36 302 -
Rwork0.273 5419 -
obs--93.91 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.75380.02350.82382.5657-1.29614.08780.02210.04680.09780.0682-0.01490.0302-0.102-0.0377-0.0072-0.4485-0.06190.0095-0.05640.0105-0.3594.58412.82127.71
28.62211.9778-5.84362.7469-2.85318.0825-0.0152-0.12160.26050.12490.19960.26060.0893-0.2477-0.1844-0.43130.0437-0.10830.0579-0.004-0.2441-28.9677.39437.597
36.7209-0.14260.22315.2610.25094.2927-0.20690.5464-0.7769-0.3111-0.05890.48950.4954-0.7340.2657-0.3898-0.17890.06310.0299-0.1128-0.196-14.671-5.61825.468
410.25216.3882-6.39886.6089-2.46144.8795-0.851.28920.93940.105-0.3146-0.8017-0.06510.51261.1646-0.47990.00240.0281-0.0396-0.1077-0.347512.80915.78826.195
54.45141.87360.76383.97480.88273.48150.0239-0.13950.56370.1691-0.12940.2676-0.3886-0.51240.1056-0.23850.05460.0733-0.0780.0051-0.256823.13432.18421.01
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75.0341.9928-1.10744.3613-1.10593.9799-0.20070.3906-0.2888-0.5480.102-0.59230.16590.05160.0987-0.3784-0.01560.0354-0.1758-0.0445-0.280932.28314.67611.217
85.43961.9055-0.82789.11471.89435.35-0.3929-0.1822-0.02610.45020.0309-0.729-0.311.06710.362-0.2554-0.0645-0.09910.11890.1587-0.198759.57741.45410.354
94.2836-0.1080.44351.49240.53794.3748-0.08520.26440.171-0.06510.0406-0.01780.024-0.08720.0447-0.45470.07760.0242-0.07660.0539-0.332432.4644.48271.318
108.40980.0508-5.63920.00070.0087.84230.0644-0.1425-0.0289-0.20570.0216-0.0014-0.16250.4314-0.086-0.3648-0.0435-0.1273-0.05570.0698-0.278166.0353.63760.215
119.3501-2.07912.51146.808-1.50944.6468-0.05130.1895-1.1517-0.2756-0.0808-0.25440.52680.32250.132-0.4340.04590.0737-0.09420.0374-0.173952.165-13.16167.37
128.9147-5.45952.5543.7026-0.71652.7326-1.01510.03850.70580.08590.2886-0.57490.5444-0.26650.7265-0.4707-0.06010.0805-0.02630.1325-0.286724.3176.47373.672
134.38480.2303-2.00862.96210.09632.8469-0.0131-0.2261-0.26890.2121-0.00760.45850.22350.01030.0207-0.42250.0259-0.0584-0.16690.0416-0.31474.3470.70286.872
144.1548-2.993-2.664717.72442.53533.6192-0.48060.1116-0.3536-0.0864-0.04291.34420.3188-0.56830.5236-0.2595-0.15440.17060.1642-0.1657-0.0066-22.3426.07597.065
154.1548-2.6154-0.75454.7588-0.63380.89620.2231-0.37390.29690.0378-0.0542-0.0965-0.1390.2632-0.1689-0.3989-0.05050.0081-0.1311-0.039-0.374314.04920.13283.821
163.53171.095-1.08963.6644-0.15979.1975-0.2265-0.59370.03830.4382-0.2640.52960.4053-0.34430.4905-0.22270.02930.1159-0.031-0.0873-0.0841-8.32332.389101.943
173.4847-0.25990.00722.2955-0.39165.85040.1779-0.07610.5029-0.15110.0362-0.1619-0.24390.0236-0.2141-0.3265-0.08060.1638-0.039-0.0115-0.084930.42560.19357.209
187.3248-2.4555-6.94641.82452.906412.00820.28870.18140.3793-0.2266-0.0892-0.0593-0.5352-0.7043-0.1994-0.3230.0408-0.0509-0.03850.0656-0.1299-3.06262.29268.987
195.08581.51450.75735.5774-0.95593.9698-0.1035-0.0006-0.1036-0.34290.18910.28030.1011-0.2456-0.0856-0.3380.00560.0497-0.11830.0261-0.341110.25344.36464.955
208.69411.2116-0.37192.5729-5.542412.55580.43020.7908-0.5839-0.1855-0.5883-0.60280.89941.78250.15810.05640.03170.1106-0.0712-0.1134-0.030738.77961.6354.354
214.7651.1412-1.28626.2516-0.17353.34640.12090.15680.5173-0.04890.01560.2516-0.486-0.2672-0.1365-0.1614-0.06980.163-0.12190.0578-0.156350.70972.08439.837
223.4310.5818-0.13086.1442.89394.5690.36190.47850.1806-0.93220.0123-0.7689-0.33930.3943-0.37420.0953-0.08930.1870.13380.08120.174.23474.28318.126
235.3731-1.9435-1.70952.94940.21883.9279-0.0383-0.1067-0.2198-0.1650.0229-0.04570.28990.41570.0154-0.229-0.02850.0316-0.1670.0183-0.24557.18351.09141.736
244.9763-0.1238-3.62710.7566-0.8523.35640.3055-0.3890.588-0.07410.1862-1.9877-0.16991.0306-0.4917-0.1891-0.16440.11950.4922-0.06740.187887.49569.02425.386
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 181
2X-RAY DIFFRACTION2A182 - 275
3X-RAY DIFFRACTION3B0 - 99
4X-RAY DIFFRACTION4C1 - 9
5X-RAY DIFFRACTION5H1 - 119
6X-RAY DIFFRACTION6H120 - 219
7X-RAY DIFFRACTION7L4 - 111
8X-RAY DIFFRACTION8L112 - 211
9X-RAY DIFFRACTION9D1 - 181
10X-RAY DIFFRACTION10D182 - 275
11X-RAY DIFFRACTION11E0 - 99
12X-RAY DIFFRACTION12F1 - 9
13X-RAY DIFFRACTION13G4 - 111
14X-RAY DIFFRACTION14G112 - 211
15X-RAY DIFFRACTION15I1 - 119
16X-RAY DIFFRACTION16I120 - 219
17X-RAY DIFFRACTION17J1 - 181
18X-RAY DIFFRACTION18J182 - 275
19X-RAY DIFFRACTION19K0 - 99
20X-RAY DIFFRACTION20M1 - 9
21X-RAY DIFFRACTION21O1 - 119
22X-RAY DIFFRACTION22O120 - 219
23X-RAY DIFFRACTION23N4 - 111
24X-RAY DIFFRACTION24N112 - 211

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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