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万見
- PDB-3h9y: Crystal structure of the IgE-Fc3-4 domains -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3h9y
タイトルCrystal structure of the IgE-Fc3-4 domains
要素Ig epsilon chain C region
キーワードIMMUNE SYSTEM / Immunoglobin / IgE / Fc / flexibility / hydrophobic pocket / Disulfide bond / Glycoprotein / Immunoglobulin C region / Immunoglobulin domain
機能・相同性
機能・相同性情報


adaptive immune memory response / primary adaptive immune response / IgE B cell receptor complex / B cell antigen processing and presentation / type I hypersensitivity / Fc receptor-mediated immune complex endocytosis / eosinophil degranulation / IgE immunoglobulin complex / macrophage activation / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling ...adaptive immune memory response / primary adaptive immune response / IgE B cell receptor complex / B cell antigen processing and presentation / type I hypersensitivity / Fc receptor-mediated immune complex endocytosis / eosinophil degranulation / IgE immunoglobulin complex / macrophage activation / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / antibody-dependent cellular cytotoxicity / type 2 immune response / immunoglobulin receptor binding / immunoglobulin complex, circulating / mast cell degranulation / B cell proliferation / macrophage differentiation / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / complement activation, classical pathway / antigen binding / FCERI mediated Ca+2 mobilization / B cell receptor signaling pathway / FCERI mediated MAPK activation / FCERI mediated NF-kB activation / antibacterial humoral response / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / adaptive immune response / immune response / inflammatory response / extracellular space / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold ...: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
AMMONIUM ION / Immunoglobulin heavy constant epsilon
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.23 Å
データ登録者Wurzburg, B.A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Conformational flexibility in immunoglobulin E-Fc 3-4 revealed in multiple crystal forms.
著者: Wurzburg, B.A. / Jardetzky, T.S.
履歴
登録2009年4月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年9月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32018年5月30日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / struct_biol
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12021年10月13日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.22024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.32024年11月27日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ig epsilon chain C region
B: Ig epsilon chain C region
E: Ig epsilon chain C region
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,6737
ポリマ－74,7603
非ポリマー2,9134
水4,450247
1
A: Ig epsilon chain C region
ヘテロ分子

B: Ig epsilon chain C region
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,8244
ポリマ－49,8402
非ポリマー1,9842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_556x,y,z+11
Buried area5530 Å2
ΔGint21 kcal/mol
Surface area22630 Å2
手法PISA
2
E: Ig epsilon chain C region
ヘテロ分子

E: Ig epsilon chain C region
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,6986
ポリマ－49,8402
非ポリマー1,8584
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_658-x+1,y,-z+31
Buried area5400 Å2
ΔGint27 kcal/mol
Surface area22870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)153.676, 104.994, 49.222
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.61, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Ig epsilon chain C region


分子量: 24920.146 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 209-428 / 変異: N252Q, N264Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGHE / プラスミド: pAcGP67A / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): Hi5 / 参照: UniProt: P01854
#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-6DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e6-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 化合物 ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION / アンモニウム


分子量: 18.038 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4N
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 247 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.72 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.3
詳細: 1 microliter of protein at 10 mg/mL in 20 mM sodium chloride was added to 1 microliter well solution (100 mM ammonium acetate, 100 mM sodium acetate pH 4.6, 30% (w/v) PEG 4000) and mixed by ...詳細: 1 microliter of protein at 10 mg/mL in 20 mM sodium chloride was added to 1 microliter well solution (100 mM ammonium acetate, 100 mM sodium acetate pH 4.6, 30% (w/v) PEG 4000) and mixed by pipetting., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 5ID-B / 波長: 1.00796 Å
検出器タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 1998年8月30日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.23→30 Å / Num. all: 36675 / Num. obs: 36675 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 20.943
反射 シェル解像度: 2.23→2.38 Å / 冗長度: 3.45 % / Rsym value: 0.513 / % possible all: 89.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å28.94 Å
Translation2.5 Å28.94 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER1.3.1位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
MAR345CCDデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Partially-refined monomer (chain C) from the IgE-Fc3-4 carbohydrate mutant P21 crystal form.

解像度: 2.23→29.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 15.167 / SU ML: 0.192 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.338 / ESU R Free: 0.236 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26212 1866 5.1 %RANDOM
Rwork0.23101 ---
obs0.23263 36671 97.91 %-
all-36671 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.18 Å20 Å2-0.08 Å2
2--0.86 Å20 Å2
3----0.71 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.23→29.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4968 0 195 247 5410
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0225313
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023713
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2321.997259
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7523.0038929
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.575625
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg26.49922.267225
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.73715847
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.4321554
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0670.2852
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0215717
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021060
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.15323159
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.19921234
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.92835168
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.04922154
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.62132091
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.23→2.35 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.447 234 -
Rwork0.36 4440 -
obs--86.48 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.29570.39130.5864.6031-0.78073.28490.114-0.1669-0.02990.0545-0.12370.59140.1455-0.54250.0098-0.0233-0.0314-0.0218-0.1526-0.04380.014511.664649.46659.2828
210.9997-4.12955.55171.5503-2.08422.8020.11960.034-0.0522-0.0722-0.1396-0.0339-0.0410.08370.02010.0413-0.0219-0.010.00260.00620.012430.002950.014168.781
31.5837-0.21980.2892.6348-0.05182.18250.05950.29020.0967-0.0423-0.1015-0.17420.03720.05880.0419-0.1067-0.00480.018-0.03670.0242-0.068327.114725.564866.0729
42.77130.329-0.08043.4153-0.32562.5266-0.0202-0.0160.3799-0.0180.03980.2611-0.325-0.0607-0.0196-0.0784-0.01310.0225-0.0028-0.0419-0.12188.317335.498441.6861
52.7712-2.9049-3.58743.51734.78436.86340.0119-0.10660.0056-0.03810.0531-0.28630.04580.2847-0.065-0.0277-0.03450.02130.08330.0177-0.03149.730217.391533.3219
62.91360.0911-0.38081.10490.02581.6455-0.0237-0.03490.1570.1541-0.0054-0.1104-0.01130.00320.0291-0.0149-0.0165-0.0298-0.0897-0.0061-0.070834.419722.442134.2315
71.91180.2706-0.17771.87840.48542.33720.0905-0.2782-0.39350.3246-0.08150.18890.2210.027-0.0089-0.0566-0.07430.0128-0.1567-0.0125-0.012557.082237.217355.0462
89.6506-10.5621-10.715711.559711.727711.8982-1.0079-0.0673-0.06060.50320.11190.4518-0.0397-0.18740.8960.1066-0.04770.10670.0184-0.0502-0.013641.88449.472161.6624
92.7426-0.07650.14541.0899-0.12051.31590.02880.0791-0.05990.0145-0.05870.01790.00150.14850.0299-0.1050.01550.00440.0566-0.0079-0.119561.364564.119363.7129
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 6
2X-RAY DIFFRACTION1A336 - 433
3X-RAY DIFFRACTION2A434 - 440
4X-RAY DIFFRACTION3A441 - 544
5X-RAY DIFFRACTION4B1 - 5
6X-RAY DIFFRACTION4B335 - 433
7X-RAY DIFFRACTION5B434 - 440
8X-RAY DIFFRACTION6B441 - 544
9X-RAY DIFFRACTION7E1 - 5
10X-RAY DIFFRACTION7E336 - 433
11X-RAY DIFFRACTION8E434 - 440
12X-RAY DIFFRACTION9E441 - 544

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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