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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3h8b | ||||||
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タイトル | A combined crystallographic and molecular dynamics study of cathepsin-L retro-binding inhibitors(compound 9) | ||||||
要素 | Cathepsin L1 | ||||||
キーワード | HYDROLASE / cysteine proteases / Cathepsin L / Disulfide bond / Glycoprotein / Lysosome / Protease / Thiol protease / Zymogen | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 enkephalin processing / cathepsin L / CD4-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / macrophage apoptotic process / chromaffin granule / elastin catabolic process / antigen processing and presentation of peptide antigen / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of keratinocytes / endolysosome lumen / cellular response to thyroid hormone stimulus ...enkephalin processing / cathepsin L / CD4-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / macrophage apoptotic process / chromaffin granule / elastin catabolic process / antigen processing and presentation of peptide antigen / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of keratinocytes / endolysosome lumen / cellular response to thyroid hormone stimulus / Trafficking and processing of endosomal TLR / zymogen activation / proteoglycan binding / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures / antigen processing and presentation / cysteine-type endopeptidase activator activity involved in apoptotic process / fibronectin binding / protein autoprocessing / Collagen degradation / collagen catabolic process / serpin family protein binding / cysteine-type peptidase activity / Attachment and Entry / endocytic vesicle lumen / collagen binding / MHC class II antigen presentation / Degradation of the extracellular matrix / multivesicular body / lysosomal lumen / proteolysis involved in protein catabolic process / Endosomal/Vacuolar pathway / positive regulation of apoptotic signaling pathway / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / histone binding / collagen-containing extracellular matrix / adaptive immune response / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / lysosome / symbiont entry into host cell / immune response / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / cysteine-type endopeptidase activity / intracellular membrane-bounded organelle / fusion of virus membrane with host endosome membrane / Golgi apparatus / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / nucleus / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Tulsidas, S.R. / Chowdhury, S.F. / Kumar, S. / Joseph, L. / Purisima, E.O. / Sivaraman, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2009 タイトル: A combined crystallographic and molecular dynamics study of cathepsin L retrobinding inhibitors 著者: Shenoy, R.T. / Chowdhury, S.F. / Kumar, S. / Joseph, L. / Purisima, E.O. / Sivaraman, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3h8b.cif.gz | 268.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3h8b.ent.gz | 228.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3h8b.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3h8b_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3h8b_full_validation.pdf.gz | 2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 3h8b_validation.xml.gz | 68.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3h8b_validation.cif.gz | 84.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h8/3h8b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h8/3h8b | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24191.701 Da / 分子数: 6 断片: Cathepsin L Heavy Chain and Light Chain, UNP residues 114-333 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: Cathepsin L / 発現宿主: SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P07711, cathepsin L #2: 化合物 | ChemComp-NSY / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.77 % |
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.79→50 Å / Num. obs: 116974 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 17.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→45 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3874
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溶媒の処理 | Bsol: 40.919 Å2 | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 101.66 Å2 / Biso mean: 27.671 Å2 / Biso min: 8.22 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→45 Å
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拘束条件 |
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