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- PDB-3h5h: LeuD_1-186 small subunit of isopropylmalate isomerase (Rv2987c) f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3h5h
タイトルLeuD_1-186 small subunit of isopropylmalate isomerase (Rv2987c) from mycobacterium tuberculosis
要素3-isopropylmalate dehydratase small subunit
キーワードLYASE / Leucine biosynthesis / isopropylmalate isomerase / LeuD / M.tuberculosis / Amino-acid biosynthesis / Branched-chain amino acid biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


3-isopropylmalate dehydratase complex / 3-isopropylmalate dehydratase / 3-isopropylmalate dehydratase activity / L-leucine biosynthetic process / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
3-isopropylmalate dehydratase, small subunit / 3-isopropylmalate dehydratase, swivel domain / : / Aconitase; domain 4 / Aconitase, domain 4 / Aconitase A/isopropylmalate dehydratase small subunit, swivel domain / Aconitase C-terminal domain / Aconitase/3-isopropylmalate dehydratase, swivel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-isopropylmalate dehydratase small subunit / 3-isopropylmalate dehydratase small subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Manikandan, K. / Geerlof, A. / Weiss, M.S.
引用
ジャーナル: Proteins / 年: 2011
タイトル: Structural studies on the enzyme complex isopropylmalate isomerase (LeuCD) from Mycobacterium tuberculosis
著者: Manikandan, K. / Geerlof, A. / Zozulya, A.V. / Svergun, D.I. / Weiss, M.S.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2009
タイトル: Cloning, expression, purification, crystallization and preliminary X-ray diffraction analysis of the small subunit of isopropylmalate isomerase (Rv2987c) from Mycobacterium tuberculosis
著者: Manikandan, K. / Geerlof, A. / Schuldt, L. / Mueller-Dieckmann, C. / Weiss, M.S.
履歴
登録2009年4月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-isopropylmalate dehydratase small subunit
B: 3-isopropylmalate dehydratase small subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,2652
ポリマ－41,2652
非ポリマー00
水70339
1
A: 3-isopropylmalate dehydratase small subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,6321
ポリマ－20,6321
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: 3-isopropylmalate dehydratase small subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,6321
ポリマ－20,6321
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.480, 70.290, 59.650
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 124.05, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-187-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 2

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11HISHISPHEPHEAA5 - 298 - 32
21HISHISPHEPHEBB5 - 298 - 32
12ARGARGLEULEUAA35 - 16738 - 170
22ARGARGLEULEUBB35 - 16738 - 170
詳細AS THE STRUCTURE REPRESENTS ONLY A PART OF A SUBUNIT OF AN ENZYME COMPLEX, THE ASSEMBLIES DESCRIBED IN REMARK350 IS NOT RELEVANT TO THE REAL BIOLOGICAL ASSEMBLIES

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要素

#1: タンパク質 3-isopropylmalate dehydratase small subunit / Isopropylmalate isomerase small subunit / Alpha-IPM isomerase / IPMI


分子量: 20632.318 Da / 分子数: 2 / 断片: LeuD, residues 1-186 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: Rv2987c / プラスミド: pETM11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P65277, UniProt: P9WK95*PLUS, 3-isopropylmalate dehydratase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE SER 1A WAS INTRODUCED WHILE CLONING.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.41 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: 0.1M NaCl, 0.1M Hepes pH 7.0, 1.2M Ammonium sulphate, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月11日
放射モノクロメーター: Crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→51 Å / Num. all: 10727 / Num. obs: 10727 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 37.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.171 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル解像度: 2.5→2.56 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.447 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 92.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.4.0069精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3H5E

3h5e


解像度: 2.5→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.903 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.843 / SU B: 13.29 / SU ML: 0.295 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.348 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26863 518 4.8 %RANDOM
Rwork0.2257 ---
obs0.22788 10185 99.04 %-
all-10727 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.42 Å20 Å2-1.22 Å2
2---1.04 Å20 Å2
3---0.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2593 0 0 39 2632
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0222647
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0741.9443597
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0765333
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.41122.951122
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.9515411
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.3081523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.2403
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0212037
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5531.51655
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.1032.52651
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3985992
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.05910946
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A632tight positional0.050.05
2B587medium positional0.040.5
1A632tight thermal0.251.5
2B587medium thermal0.412.5
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.331 29 -
Rwork0.241 708 -
obs--93.77 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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