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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3h3u
タイトルCrystal structure of CRP (cAMP receptor Protein) from Mycobacterium tuberculosis
要素PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN (PROBABLY CRP/FNR-FAMILY)
キーワードTRANSCRIPTION / Apo CRP / Allostery / Dimer / DNA-binding / Transcription regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


cell wall / cAMP binding / peptidoglycan-based cell wall / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
helix_turn_helix, cAMP Regulatory protein / : / Crp-like helix-turn-helix domain / Crp-type HTH domain profile. / Crp-type HTH domain / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily ...helix_turn_helix, cAMP Regulatory protein / : / Crp-like helix-turn-helix domain / Crp-type HTH domain profile. / Crp-type HTH domain / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Jelly Rolls / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE / CRP-like cAMP-activated global transcriptional regulator / CRP-like cAMP-activated global transcriptional regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Kumar, P. / Joshi, D.C. / Akif, M. / Akhter, Y. / Hasnain, S.E. / Mande, S.C.
引用ジャーナル: Biophys.J. / 年: 2010
タイトル: Mapping conformational transitions in cyclic AMP receptor protein: crystal structure and normal-mode analysis of Mycobacterium tuberculosis apo-cAMP receptor protein
著者: Kumar, P. / Joshi, D.C. / Akif, M. / Akhter, Y. / Hasnain, S.E. / Mande, S.C.
履歴
登録2009年4月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN (PROBABLY CRP/FNR-FAMILY)
B: PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN (PROBABLY CRP/FNR-FAMILY)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,1745
ポリマ－49,6532
非ポリマー5213
水68538
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3710 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area21880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.064, 84.618, 101.215
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN (PROBABLY CRP/FNR-FAMILY) / CRP / Transcriptional regulator / Crp/Fnr family


分子量: 24826.346 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: Rv3676 / プラスミド: pET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: O69644, UniProt: P9WMH3*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-CMP / ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE / CYCLIC AMP / CAMP / cAMP


分子量: 329.206 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12N5O6P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.24 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.2M Lithium Sulphate, 15% Ethanol, 0.1M Sodium Citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 94 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月24日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→33.86 Å / Num. all: 10732 / Num. obs: 10723 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 15.6 % / Biso Wilson estimate: 41.67 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 16.2
反射 シェル解像度: 2.9→3.2 Å / Rmerge(I) obs: 0.273 / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / Num. unique all: 1056

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
AMoRE位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3D0S

3d0s


解像度: 2.9→33.319 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU ML: 0.14 / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.04 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: Extra Density at the N-terminal of B Chain Modeled as cAMP. Our interpretation is subjective
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2966 514 4.79 %
Rwork0.223 10209 -
obs0.2265 10723 99.5 %
all-10732 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 24.451 Å2 / ksol: 0.314 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 104.46 Å2 / Biso mean: 44.556 Å2 / Biso min: 7.28 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-12.254 Å2-0 Å2-0 Å2
2---5.314 Å20 Å2
3----8.594 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→33.319 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3328 0 32 38 3398
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043408
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6314568
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002605
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.7061293
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9001-3.19170.37241400.27642478X-RAY DIFFRACTION100
3.1917-3.6530.27411140.23062530X-RAY DIFFRACTION100
3.653-4.60050.28291220.18382559X-RAY DIFFRACTION100
4.6005-33.32130.27691380.21222642X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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